fosforüleerimisprotsesse läbi viia • Taimedes saadakse ATP sünteesiks vajalik energia kaudselt fotosünteesi valgusstaadiumist • Vee lõhustamisel vabanenud H+ ioonid tekitavad prootongradiendi, mille tulemusel liiguvad vesinikioonid läbi ATP süntaasi membraanse osa • Prootonite liikumine läbi ATP süntaasi paneb ensüümi roteeruva kompleksi pöörlema • Prootonite liikumine paneb ATP süntaasi aktiivtsentri roteeruma kolme oleku vahel: 1. Aktiivsait on “avatud”, sellega saavad liituda ADP ja fosfaatrühm 2. Aktiivsaidi struktuur muutub, ADP ja fosfaatrühm seotakse ATP-ks, eraldub vesi 3. ATP vabaneb ning aktiivsaidi struktuur taastub Süsiniku sidumine • Süsiniku assimilatsioon on tsükliline protsess, mida nimetatakse ka Calvini või PCR tsükliks • PCR tsükkel on 13-astmeline karboksüleerimisprotsess, millest võtab osa 11 ensüümi. • PCR tsükkel saab alguse esmasest CO2
aksepteerida vaid paarikaupa. Redutseeritud vormid võivad elektrone samuti loovutada vaid paarikaupa. Hüdriidiooni liitumisega, mis toimub redutseerumise käigus, muutub ka koensüümi laeng. NADH seoselise ensüümi näiteks on oksidoreduktaaside hulka kuuluv maksast pärinev alkoholi dehüdrogenaas (ADH). Alkoholi dehüdrogenaas katalüüsib mitme erineva alkoholi oksüdeerimist. Kõigis reaktsioonides osaleb elektronide akseptorina NAD+. Aktiivsait on seega nendel ansüümidel alkoholi suhtes mitte eriti kõrge spetsiifikaga. Samal ajal on koensüümi suhtes spetsiifika tunduvalt suurem, kuna NADP+ ei saa elektronide akseptorina funktsioneerida. Substraadi puudumisel on ADH aktiivsait okupeeritud vee molekulide poolt. Aktiivsaidis paikneb ka Zn2+ ioon, mis on vajalik katalüütiliseks aktiivsuseks. Zn on seotud ensüümiga kahe tsüsteiini jäägi ja ühe histidiiniga.
Allosteerilised efektorid sünteesitakse sama betaboolse raja mõnes teises etapis. Efektorid võivad olla nii otseside ektivaatorid kui ka tagasiisde inhibiitorid. Efektoreid, mis suurendavad valgu aktiivsust, nimetatakse allosteerilisteks aktivaatoriteks, kusjuures neid, mis vähendavad valgu aktiivsust, nimetatakse allosteerilisteks inhibiitoriteks. Termin allosteeria tuleneb kreeka keelest vihjates faktile, et allosteerilise valgu regulatoorne sait on füüsiliselt kaugemal kui ta aktiivsait. Mõned oligomeersed valgud, kel on kvaternaarne struktuur, toimivad rakumetabolismis regulaatoritena – regulatoorsed ensüümid. Biokeemias tähendab allosteeriline regulatsioon ensüümi ja teiste valkude reguleerimist, seondudes efektormolekulile valgu allosteerilises saidis (see tähendab kohta, mis pole valgu aktiivsait). VALKUDE UURIMISMEETODID 1. Tsentrifuugimine, diferentsiaal ja gradientfuugimine Tsentrifuugimisega on võimalik eraldada osakesed, mis erinevad massi või
Järgmise tRNA sisenemisel katkeb side eelmise tRNA ja aminohappejäägi vahel. Ribosoom on n.-ö ensüüm, mis tekitab peptiidsidemeid aminohapet vahele. Prokarüootne ja eukarüootne ribosoom erinevad üksteisest teatud määral, üldistelt omadustest on nad küllaltki sarnased. Funktsionaalne ribosoom koosneb kahest subühikust, mida kutsutakse suureks ja väikeseks subühikuks, mis omakorda koosnevad erinevatest valgumolekulidest ja rRNA molekulidest. Ribosoomi aktiivsait, ehk siis koht, kus leiab aset uute peptiidsidemete teke, paikneb suure ja väikese subühiku piirpinnal. Struktuur on umbes nii suur, et sinna mahuks korraga üheks nukleotiidi (kolm koodonit). tRNA'd suudavad olla interaktsioonis mRNA'ga ainult siis, kui see toimub ribosoomi sees. Aktiivsaidis eristatakse erinevaid kohti. A-sait (aktseptorsait): see koht, kus aminoatsüleeritud-tRNA'd sisenevad ribosoomi. A-saidi
VP1 valgu N-terminaalses osas asub 30 AH pikkune amphipaatiline heeliks , mis interageerub raku memmbraaniga. Selle tulemusena moodustub virioni ühes tipus membraani läbiv kanal, mille kaudu virionis sisalduv RNA kantakse üle rakku. Polioviiruse RNA polümeraas Katalüütiliselt aktiivne on vaid vaba 3D. Puhtal kujul on 3D praimerist sõltuv ensüüm. Ruumiliselt struktuurilt on RdRp nn. “parema käe” struktuuriga- on olemas “sõrmede”, “peopesa” ja “pöidla” domeen. Aktiivsait asub ensüümi “peopesas”; “sõrmed” ja “pöial” puutuvad omavahel kokku. 3D-l on ka NTP-st sõltumatu RNA dupleksit lahtiharutav aktiivsus. RNA polümeraasi kaks peamist funktsiooni on: Praimeri süntees (Vg- VPg- pUpU) RNA süntees (elongatsioon) Polioviiruse genoomse RNA replikatsioon RNA süntees toimub sileda ER membraanidest moodustatud vesiikulites ja algab siis kui on kogunenud viirus-kodeeritud mittestrukturaalsed valgud. Replikatsioonil
16. ATP süntaasi paiknemine rakus, struktuur ja funktsioonid. Paikneb mitokondri sisemembraanis. L konformatsioon: ADP ja Pi seonduvad. T: ADP + Pi ATP. O: ATP vabaneb. Kõikides konformatsioonides kasutatakse H+ gradiendi energiat konformatsiooni muutmiseks. F1 alfa3 beeta3 teisi1 Fo ab2c9-12 Alfa,beeta subühikud moodustavad 6 osalise sfääri. Igal ab dimeeril on üks aktiivsait, enamik substraadi kontakte on beeta subühikuga. 17. ATP sünteesi mehhanism, katalüüsi kooperatiivsus konformatsioonilised muutused katalüütilises tsüklis. ATP sünteesitsükkel läbib järgmised olekud: 1. L: (loose) seob ADP ja Pi nõrgalt. ADP ja Pi seonduvad -> (H+grad.energia kasutatakse konformats.muutmiseks) 2. T: (tight) seob ADP ja Pi või ATP tugevalt. ADP + Pi-> ATP ->(H+grad.energia kasutatakse konformats.muutmiseks) 3
Võib jagada kaheks. Ülekande-eelne ja ülekande järgne. Ülekande-eelne editeerimine toimub aminoatsüül- adenülaadi tasemel. Kontrollitakse aminoatsüleerimisreaktsiooni esimest etappi. Kui süntetaasi pinnal moodustub vale aminoatsüüladenülaat, siis see hüdrolüüsitakse (või hüdrolüüsub ebastabiilsuse tõttu ise) enne estersideme tekkimist aminohappe ja tRNA vahel. Reaktsiooni toimumiskohaks on enamasti ensüümi aktiivsait või eraldi editeerimissait. Reaktsiooni tulemusena vabanevad aminohape ja AMP. Ülekande-järgsest editeerimisest räägitakse siis, kui esterside vale aminoatsüül-adenülaadi ja tRNA vahele on juba moodustunud. Ülekande-järgne editeerimine liigitatakse omakorda: editeerimine in cis – toimub enne valesti laetud aa-tRNA vabanemist editeerimine in trans – toimub pärast aa-tRNA vabanemist
annaabi.ee 
