protsessingul küpseks mRNA ks enne eksporti tuumast tsütoplasmasse Väike interfereeriv RNA( siRNA) osaleb transkrriptsioonijärgses geenide vaigistamises RNA on disainitud kasutamiseks ja siis hävitamiseks Nukleaasid: Ensüümid, mis degradeerivad nukleiinhapet, lõhkudes fosfodiestersidemeid. Eksonukleaasid lagundavad nukleiinhappe ahelat kas 5' või 3' otsast (5'eksonukleaasid ja 3'eksonukleaasid). Endonukleaasid lagundavad nukleiinhapet, lõhkudes fosfodiestersidemeid ahelasiseselt Nukleiinhapete struktuurid: - Primaarstruktuur: Lämastikaluste järjestus polünukleotiidahelas - Sekundaarstruktuur : Polünukleotiidahela ruumilie struktuur - Tertsiaalstruktuur: Polünukleotiidahela ,,pakend" rakus v rakutuumas DNA molekuli võimalikud sekundaarstruktuurid: - Lineaarne kaksikspiraalne (biheeliks) - Tsükliline kaksikspiraalne - Üheahelaline DNA ja RNA erinevused : Sekundaarne strukuur RNA:
hüdrofoobsed ühendused Elektrostaatilised jõud erinimelise languga R- rühmade vahel Tervikheeliksi polaarsus Amfipaatse polüpeptiidi ühendus polaarse või mitte polaarse keskkonnaga (Zilmer… joon.11, lk. 37) SEKUNDAARSTRUKTUURI Β-HEELIKS (PÕHILISELT FIBRILLAARSETE VALKUDE 3D ALUSEKS) Kihilis - voldiline struktuur, mida tagavad: Peamiselt H-sidemed – lühikestes polüpeptiidides ahelasiseselt, pikkades polüpeptiidides ka naaberahelate vahel AH-jääkide R-rühmade vahelised hüdrofoobsed jõud Elektrostaatilised jõud erinimelise languga R- rühmade vahel Tertsiaalstruktuur -aktiivne, funktsiooni täitev valk (3D) – polüpeptiidahela spetsiifiline ülitihe kokkupakkimine, tagab valgu biofunktsiooni Kerajas-ellipsoidne (gloobul, globulaarsed valgud, enamus valke, kõik ensüümid) Niitjas (fibrill, fibrillaarsed valgud –
kiirgus (UV-kiirgus) 3) Kemikaalid (bensopüreenid) ja keskkonnategurid 4) Oksüdatiivne stress (superoksiid, O2-) * DNA kahjustuste tüübid 1) Lämmastikaluste eemaldamine DNA-st 2) Nukleotiidide desamiinimine (aminogrupi eemaldamine lämmastikalusest) ja nukleotiidide valesti paardumine [DNA polümeraas viib läbi ebakorrektse DNA korrektuuri (ingl. k. proofreading)] 3) DNA-ahelate katkemine 4) Kovalentsete ristsidemete teke (DNA ahelasiseselt või ahelate vaheliselt) * DNA kahjustuste kõrvaldamise viisid/mehhanismid sh kaks põhilist DNA parandamise viisi DNA kahjustuste kõrvaldamise viisid: 1) Kahjustatud või valede lämmastikaluste asendamine 2) DNA-ahelate katkemiskohtade parandamine DNA kahjustuste kõrvaldamise mehhanismid: 1) Otsesed keemilised pöördreaktsioonid (kahjustatud koha kõrvaldamine ja algse oleku taastamine, näitek T-T dimeeri kõrvaldamine)
Naaberrakkude tsütoplasmad ühenduvad tsütoplasmaväätide ehk plasmodesmide kaudu. Taimerakus on vakuoolid, plastiidid(proplastid, kloroplastid, kromoplastid, leukoplastid), ribosoomid, karedapinnaline ja siledapinnaline tsütoplasma võrgustik, tuum, mitokonder, Golgi kompleks, tsütoplasma, lüsosoomid. 43. Restriktaasid. Ehk endonukleaasid lagundavad nukleiinhapet, lõhkudes suhkur-fosfaat selgroos nukleotiidide vahelist sidet ehk fosfodiestersidet ahelasiseselt, mitte otstest. Restriktaase toodavad bakterid. Restriktaasid on järjestusspetsiifilised. 44. DNA kloneerimise etapid. 1. Lõigatakse nii vektorit B-saidis(vektoriteks kasutatakse tihti plasmiide) kui ka uuritavat DNA- d retriktaasiga, mis genereerib "kleepuvad" otsad. (kui nii kloneerimisvektori DNA-d kui ka kloneeritavat DNA-d on lõigatud ühe ja sama restriktaasiga, saame klonerimisvektoi otste vahele "kleepida" uuritava DNA lõigu
Pöördtranskriptaas ehk revertaas sünteesib RNA ahelale komplementaarse DNA; vajab sünteesil praimerit · Muud ensüümid: DNA helikaas katalüüsib DNA ahelate üksteisest eraldumist Nukleaasid degradeerivad nukleiinhappeid, lõhkudes fosfodiestersidemeid Eksonukleaasid lagundavad nukleiinhappeid kas 5' või 3' otsast Endonukleaasid lõhuvad fosfodiestersidemeid ahelasiseselt DNA ligaas ensüüm, mis liidab DNA ahelate otsad, katalüüsides fosfodiestersideme moodustumist 5' fosfaadi ja 3' -OH rühma vahele 49. DNA replikatsiooni kolm mudelit konservatiivne, dispersiivne ja semikonservatiivne. Milline neist mudelitest leidis eksperimentaalselt kinnitust? · Konservatiivne mudel algselt kaksikheeliksilt sünteesitakse uus kaksikheeliks,
DNA kahjustused ja nende parandamine DNA-d kahjustavad tegurid ja kahjustuste tüübid. Tegurid: DNA replikatsiooni vead, ioniseeriv kiirgus (gamma ja röntgen), mitteioniseeriv kiirgus (UV), kemikaalid (bensopüreenid), keskkonnategurid, oksüdatiivne stress Kahjustuste tüübid: Lämmastikalsute eemaldamine DNA-st, nukleotiidi desamiinimine, nukleotiidi valesti paardumine (DNA polü. Halb proofreading), DNA ahela katkemine, kovalentse sideme teke (DNA ahelasiseselt või vaheliselt) DNA kahjustuste kõrvaldamise viisid ja mehhanismid. Viisid: kahjustatud või valede lämmastikaluste asendamine, DNA ahelate katkemiskohtade parandamine Mehhanismid: Otsesed keemilised pöördrekatsioonid (kahjustatud koha kõrvaldamine ja algse oleku taastamine, kahjustuse kõrvaldamine väljalõikega (lämmastikaluste, nukleotiidi väjalõige või valepaardumise parandamine), rekombinatsioonist sõltuv parandamine
(UV-kiirgus) Kemikaalid (bensopüreenid) ja keskkonnategurid Oksüdatiivne stress (superoksiid, O2-) 25. DNA kahjustuste tüübid Lämmastikaluste eemaldamine DNA-st Nukleotiidide desamiinimine (aminogrupi eemaldamine lämmastikalusest) ja nukleotiidide valesti paardumine [DNA polümeraas viib läbi ebakorrektse DNA korrektuuri (proofreading)] DNA-ahelate katkemine Kovalentsete ristsidemete teke (DNA ahelasiseselt või ahelate vaheliselt) 26. DNA kahjustuste kõrvaldamise viisid/mehhanismid sh kaks põhilist DNA parandamise viisi 1) Kahjustatud või valede lämmastikaluste asendamine 2) DNA ahelate katkemiskohtade parandamine Mehhanismid: Otsesed keemilised pöördreaktsioonid (kahjustatud koha kõrvaldamine ja algse oleku taastamine (nt T-T dimeeri kõrvaldamine) Kahjustuste kõrvaldamine väljalõikega (excision repair) a. Lämmastikaluste väljalõige
vesiniksidemed. Ei vaja initsiatsiooniks praimerit. 3. Pöördtranskriptaas e. revertaas ensüüm, mis sünteesib RNA ahelale komplementaarse DNA ahela. Vajab sünteesil paimerit. Nukleaasid Ensüümid, mis degradeerivad nukleiinhapet, lõhkudes fosfodiestersidemeid. 1. Eksonukleaasid lagundavad nukleiinhappe ahelat kas 5' või 3' otsast. 5'eksonukleaasid 3'eksonukleaasid 2. Endonukleaasid lagundavad nukleiinhapet, lõhkudes fosfodiestersidemeid ahelasiseselt Restriktsioonilised endonukleaasid e. restriktaasid DNA ligaas ensüüm, mis liidab DNA ahelate otsad, katalüüsides fosfodiestersideme moodustumist 5' fosfaadi ja 3'-OH rühma vahel. DNA replikatsiooni käigus lülitatakse kasvavasse DNA ahelasse inimesel 3000 nukleotiidi minutis, bakteril 30000 nukleotiidi minutis. DNA sünteesil eristatakse 3 etappi - initsiatsioon, elongatsioon ja terminatsioon.
vesiniksidemed. Ei vaja initsiatsiooniks praimerit. 3. Pöördtranskriptaas e. revertaas ensüüm, mis sünteesib RNA ahelale komplementaarse DNA ahela. Vajab sünteesil paimerit. Nukleaasid Ensüümid, mis degradeerivad nukleiinhapet, lõhkudes fosfodiestersidemeid. 1. Eksonukleaasid lagundavad nukleiinhappe ahelat kas 5' või 3' otsast. 5'eksonukleaasid 3'eksonukleaasid 2. Endonukleaasid lagundavad nukleiinhapet, lõhkudes fosfodiestersidemeid ahelasiseselt Restriktsioonilised endonukleaasid e. restriktaasid DNA ligaas ensüüm, mis liidab DNA ahelate otsad, katalüüsides fosfodiestersideme moodustumist 5' fosfaadi ja 3'-OH rühma vahel. DNA replikatsiooni käigus lülitatakse kasvavasse DNA ahelasse inimesel 3000 nukleotiidi minutis, bakteril 30000 nukleotiidi minutis. DNA sünteesil eristatakse 3 etappi - initsiatsioon, elongatsioon ja terminatsioon.
annaabi.ee 
