Kristina Raud YAGB-41 060290 10.04.07 Bioinformaatika ülesanded Fülogeneetilised puud. 1. DNA järjestuste fülogeneetiliste puude käsitsi koostamine kasutades kaugusmeetodeid (UPGMA, NJ). a. Moodustada antud 5 järjestuse kaugusmaatriks ning joonistada kvantitatiivne juurtega fülogeneetiline puu kasutades UPGMA meetodit. 1 ACAAACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTGGG 2 ACAAACAGTT TCTAGCGATT GCAGTCAGGG 3 ACAGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTCGG 4 ACTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGAG 5 ATTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGGA Vastus: A B C D B 9 C 2 11 ...
Bioinformaatika ülesanded II Fülogeneetilised puud. 1. DNA järjestuste fülogeneetiliste puude käsitsi koostamine kasutades kaugusmeetodeid (UPGMA, NJ). a. Moodustada antud 5 järjestuse kaugusmaatriks ning joonistada kvantitatiivne juurtega fülogeneetiline puu kasutades UPGMA meetodit. 1 ACAAACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTGGG 2 ACAAACAGTT TCTAGCGATT GCAGTCAGGG 3 ACAGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTCGG 4 ACTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGAG 5 ATTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGGA b. Koostada eelpool toodud järjestuste fülogeneetiline puu kasutades Neighbour Joining meetodit. c. Valida 4 järjestust (ülevalt) ja leida informatiivsed positsioonid (ML meetod). Koostada kõik võimalikud sugupuud (ML meetod) kasutades ainult informatiivsetest positsioonidest koosnevaid järjestusi, märkida mutatsioonide arv igale puuharule, leida kõige tõenäolisem sugupuu. d. Võ...
Bioinformaatika ülesanded Järjestuste paaride joondamine (dot-plot, dünaamiline programmeerimine, skoorid). 1. Milliste ülesannete lahendamisel on vajalik järjestuste joondamine? 2. Kasutada suvalist dot ploti visualiseerimise programmi (näiteks DotMatcher http://mfgn.usm.edu/cgi-bin/emboss.pl?_action=input&_app=dotmatcher või DotPlot'i applet http://arbl.cvmbs.colostate.edu/molkit/dnadot/index.html). Leida järgnevate nukleotiidsete järjestuste paaride sarnased piirkonnad erinevatel raami suurustel ja sarnasuse piirväärtustel raam = 1, lim = 0. Leida kõik suuremad sarnased piirkonnad varieerides raami ja piirväärtuse suurust, põhjendada tulemuste seost parameetrite väärtustega. Millise nähtusega võiks tegemist olla? · atgttgatgattaaaggaattatttttgatatggacggtgttttatttgatacagaacctttttatctgaggcg acgagaagatttttttaagacaaagggaattcccatt...
Bioinformaatika 5 Andmebaasid (KEGG, NCBI, RCSB), järjestuste (SMS, BioEdit) ja struktuuride (SPdbV) analüüs 1. KEGG-i kasutamine (http://www.genome.jp/ a. Leida liikide Escherichia coli K12 MG1655, Drosophila melanogaster ja Homo sapiens glükolüüsi rajad ning ensüümid aldolaas ja püruvaatkinaas. Escherichia coli glükolüüsi rada: http://www.kegg.com/dbget-bin/get_pathway?org_name=eco&mapno=00010 Drosophila glükolüüsi rada: http://www.kegg.com/dbget-bin/get_pathway?org_name=dme&mapno=00010 Homo sapiens glükolüüsi rada: http://www.kegg.com/dbget-bin/get_pathway?org_name=hsa&mapno=00010 aldodaas: http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?enzyme+4.1.2.13 püruvaatkinees: http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?enzyme+2.7.1.40 b. Leida vastavad geenid KEGG-i entry numbrid, geeni nimed, nukleotiidsed järjestused ning asukohad geenikaardil. Aldolaas : Escherichia coli K12 MG165...
Bioinformaatika ülesanded Järjestuste võrdlemine, otsingud andmebaasidest (BLAST, FASTA, SW). 1. BLAST programmide kasutamine tundmatu valgujärjestuse identifitseerimiseks või sarnaste valgujärjestuste leidmiseks (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/). Programmide kasutamisel tutvuda tutorialite ja juhenditega!!! (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/information3.html). a. Otsida sarnaseid järjestusi antud valgujärjestusele. Valida sobiv programm vastavalt NCBI juhendile valgujärjestuse võrdlemiseks valgujärjestuste seast. Valida otsimiseks Refseq andmebaas, sooritada otsing, tulemuste formaat 500 joondamise jaoks. GTESPLLTDPSTPNFFWLAWQARDFMSKKYGQPVPDRAVSLAINSRTGRTQNHFHIHISCIRPDVRKQLDNNLAN ISSRWLPLPGGLRGHEYLARRVTESELVQRSPFMMLAEEVPEAREHMGRYGLAMVRQSDNSFVLLATQRNLLTLN RASAEEIQDHQCEILRMRHPLVMGNWKLNGSRHMVHELVSNLRKELAGVAGCAVAIAPPEM...
docstxt/1419191184674.txt
VAADELDAV VALK: Forkhead box protein O3 Transkriptide võrdlus Homo Sapiens FoxO3 järjestusega Kattuvad Organism Järjestuse ID Pikkus järjestused Identsed alused Tühikud Pan troglodytes Simpans ref|XM_003311514.2| 7946 1 7076/7133(99%) 18/7133(0%) Sumatra Pongo abelii Orangutan ref|XM_002817219.2| 7812 1 7190/7343(98%) 46/7343(0%) Gorilla gorilla gorilla Gorilla ref|XM_004044495.1| 7595 1 7024/7175(98%) 73/7175(1%) Macaca mulatta Reesusmakaak ref|XM_001093593.2| 7300 1 7079/7328(97%) 66/7328(0%) Papio anubis Anubis baboon ref|XM_003898343.1| 7775 1 7094/7353(96%) 60/7353(0%) Dasypus 4216/4873(8...
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
