Intragenomic Profiling Using Multicopy Genes: The rDNA Internal Transcribed Spacer Sequences of the Freshwater Sponge Ephydatia fluviatilis Liisi Karlep, To~nu Reintamm, Merike Kelve* Department of Gene Technology, Tallinn University of Technology, Tallinn, Estonia Abstract Multicopy genes, like ribosomal RNA genes (rDNA), are widely used to describe and distinguish individuals. Despite concerted evolution that homogenizes a large number of rDNA gene copies, the presence of different gene variants within a genome has been reported. Characterization of an organism by defining every single variant of tens to thousands of rDNA repeat units present in a eukaryotic genome would be quite unreasonable. Here we provide an alternative approach for the characterization of a set of internal transcribed spacer sequences found within every rDNA repeat unit by implementing direct sequencing methodology. The promi...
genoomide) funktsioonis. • TET – ten-eleven translocation ensüüm oksüdeerib 5-metüültsütosiini 5- hüdroksümetüültsütosiiniks. Hüpoteesi järgi on 5hmC intermediaat 5mC eemaldamisel. TET üleekspressioon vähendab 5hC taset ja TET kaotamine viib 5mC akumuleerumisele. 5hmC geenikehades viitab aktiivsele geeniekspressioonile. 5-hmC eksisteerib peamiselt CG kontekstis. 5hmC on rikastatud aktiivselt transkribeeritavate geenide geenikehades ning 5mC on vastupidiselt seotud negatiivselt geeniekspressiooniga. • • Ten-eleven translocation (TET) ensüümid; nende avastamise revolutsioonilisus • TET ensüümid viivad läbi 5-metüültsütosiini oksüdatsiooni ning tekib 5- hüdroksümetüültsütosiin. 5-hmC on intermediaat 5mC eemaldamisel. TET üleekspressioon vähendab 5hC taset ja TET kaotamine viib 5mC akumuleerumisele. 5hmC geenikehades viitab aktiivsele geeniekspressioonile
Transkriptsiooni regulaatorite ja transkriptsioonifaktorite DNA-ga seostumise piirkondade erinevus Eukarüootidel võivad cis-regulatoorsed järjestused paikneda promootori lähedal, aga ka intronites või allavoolu geeni teistes piirkondades. Paljud transkriptsiooni regulaatorid toimivad mediaatori kaudu, mõned aga seostuvad otse transkriptsiooni faktoritele või RNA polümeraasile. Mediaator ja üldised transkriptsioonifaktorid on samad kõigi RNA polümeraas II abil transkribeeritavate geenide jaoks. Erinevad transkriptsiooni regulaatorid moodustavad komplekse vastavalt sellele, millise cis- reguleeriva järjestusega nad seostuvad. Kaasaktivaatorid ja kaasrepressorid ei seostu otse DNA-le, vaid DNA-ga seotud transkriptsiooni regulaatoritele. Transkriptsiooni aktivaatorite roll üldiste transkriptsioonifaktorite ja RNA polümeraasi DNA-le kinnitumise reguleerimises. Eukarüootide üldised transkriptsioonifaktorid ja RNA polümeraas ei suuda ise seostuda
Piliini kodeerivad mRNA segmendid on teistest tunduvalt stabiilsemad. Kuigi nad on 5' otstest heterogeensed, on kõigi segmentide 3' otsad identsed mRNA-d stabiliseeriva juuksenõelastruktuuri tõttu. 17 5. Translatsiooni regulatsioon Translatsiooni regulatsioon võib toimuda kas initsiatsiooni, elongatsiooni või terminatsiooni kaudu. Regulatsioon translatsiooni tasemel võimaldab samuti täpsemalt moduleerida polütsistroonse mRNA-na transkribeeritavate geenide avaldumist. Translatsiooni pärssimine valkude või antisens RNA poolt Translatsiooni initsiatsiooniks peab mRNA seonduma ribosoomis asuva 16S rRNA 3'otsaga. Seondumine toimub spetsiifilise järjestuse RBS (ribosome binding site) abil. Translatsiooni initsiatsiooni efektiivsust mõjutavad RBS-i homoloogia 16S rRNA-ga, RBS-i ja initsiaatorkoodoni vaheline kaugus ja teised mRNA järjestuse elemendid
annaabi.ee 
