mis interakteerub teiste valkudega, et stimuleerida transkriptsiooni lähedaloleva promootori juurest. Kui N-terminaalne DNA-siduv domään siduda erinevate C-terminaalsete osade külge, siis tema funktsioon säilib. Kompleksid kas moodustuvad või ei moodustu. 5. Missugused TAFid on TBPga vahetus interaktsioonis? TBPga seonduvad TFIIB, TFIIA TBP is a subunit of the eukaryotic transcription factor TFIID. 6. Missugune TFII valk hüdrolüüsib ATPd ja mis protsessiga on tegu? ATPd hüdrolüüsib helikaasse aktiivsusega TFIIH, mis kasutab ATP hüdrolüüsi energiat selleks, et DNA dupleks startsaidis lahti kerida. 7. Võrdle transkriptsiooni initsitatsiooni protsesse prokarüootidel ja eukarüoo-tidel. Prokarüoodid toimuvad tsütoplasmas. *RNA polümeraasi holoensüümi (2 , ß, ß', ) seondumine DNA promootorpiirkonda
terminaatorjärjes-tuse juures. • RNA-pol. III (tRNA, rRNA, väikesed RNAd) Promootorjärjestus on asümmeetriline ja määrab RNA sünteesi suuna. Prokarüootidel on RNA polümeraasi II transkriptsiooni üks RNA-polümeraas, mis sünteesib alustamiseks on vaja alati kōiki RNA tüüpe transkriptsioonifaktoreid TFII, mis peavad enne transkriptsiooni algust seonduma polümeraasi ja promootori piirkonnas asuva TATA-boksiga (u.25nukl). Transkriptsiooni initsiatsioon: 1.Geeni aktivaator-valk seondub
In vivo on vaja multivalkset mediaator-kompleksi, mis assotseeruks mittefosforüülitud PolII CTD'ga (C-terminaalne-domään), moodustades väga suure holoensüümi, mis sisaldab enamuse GTF'dest. Arvatakse, et selline kompleks istub DNA'le ühe sündmusena. 9. Missugused TAFid on TBPga vahetus interaktsioonis? (TBP on eukarüootse transkriptsiooni faktori TFIID alaühik: TBP + 16 TAF'i = TFIID). Nime järgi võiks oletada, et kõik on. GTF'dest aga TFIIA. 10. Missugune TFII valk hüdrolüüsib ATPd ja mis protsessiga on tegu? TFIIH kahel alaühikul on helikaasi ja ATPaasi aktiivsus. Sellega aitab ta luua transkriptsioonimulli. TFIIH helikaasne aktiivsus saab oma energia ATP hüdrolüüsilt. Selle energia abil keerataksegi START-saidi piirkonnas DNA dupleksi lahti. (TFIIH ühe teise sub-kompleksi roll on fosforüleerida RNA polümeraasi suurima subühiku C-terminaalset domääni (CTD), mis on vajalik polümeraasi vabanemiseks PIC-ilt (pre-initsiatsiooni kompleks)
peamiste transkriptsiooni faktoritega või teiste valkudega. Repressorid ja aktivaatorid on trans-toimega nad mõjutavad nende poolt reguleeritud geenide ekspressiooni sõltumata sellest millises DNA molekulis need paiknevad. Transkriptsiooni faktorid klassifitseeritakse struktuuri alusel mitmesse rühma. Sisaldavad piirkonda DNA-ga (cis elemendiga) seostumiseks ja transkriptsiooni initsiatsiooni põhikompleksi (TFII A,B,D,E,F) valkudega seostumiseks. Konkreetsete cis elementide ja trans faktorite seostumise aluseks on tõmbejõud, mis tekivad H-sideme doonorite või aktseptorite, hüdrofoobsete vastasmõjude, elektriliste laengute ja teiste molekulaarset äratundmist tagavate faktorite poolt. Määratakse ära DNA nukleotiidse järjestusega, mis muudab DNA kaksikheeliksi struktuuri. Molekulaarseid kontakte ühe cis-trans seose piirides võib olla mitukümmend. Mõned peamised trans faktorite rühmad:
seondub TFIIB, sellele järgneb TFIIF ja RNA Pol II sidumine, viimase tulemusena seondub RNA Pol II startsaidile, lõpuks seonduvad veel TFIIE ja TFIIH. 18. Mis on TBP funktsioon initisiatsiooni kompleksi tekkes? Painutab DNA ahelat, et järgmine faktor saaks seonduda. 19. Kas transkriptsioonifaktorid (aktivaatorid) interakteeruvad otse(vahetult) TBPga? Mitte kõik. 20. Missugused TAFid on TBPga vahetus interaktsioonis? TFIIB, võib-olla ka TFIIF. 21. Missugune TFII kompleksi alaühik hüdrolüüsib ATPd ja mis protsessiga on tegu? TFIIH, selle energia abil keerataksegi startsaidi piirkonnas DNA kaksikahel lahti. 22. Transkriptsiooni repressioni ja aktivatsiooni molekulaarsed mehanismid in vivo. Heterokromatiinse vaigistamise mehanismid telomeeridel, tsentromeeri-alades ja muudes kromosoomi piirkondades. RAP1 seondub DNA järjestusele, mida nimetatakse vaigistajaks,
C- terminaalse domääni muteerimine vähendab transkriptsiooni aktiivsust. On leitud, et üks või enam transkriptsiooni aktivatsiooni domääni on seotud järjestus-spetsiifilise DNAd-siduva domääniga linkeralade abil. Mõnedel juhtudel laiub aktivatsioonidomään DNAd-siduva domääni sisse. 13. Missugused TAFid on TBPga vahetus interaktsioonis? Olemas on 13 TAF-i, TAF TBP associated factor. TAF-1, TAF-2, TAF-6 (nõrgalt), TAF-11, TAF-12, TAF-13 14. Missugune TFII valk hüdrolüüsib ATPd ja mis protsessiga on tegu? TFIIH helikaasne aktiivsus saab oma energia ATP hüdrolüüsilt. Selle energia abil keerataksegi START-saidi piirkonnas DNA dupleksi lahti. See võimaldab RNAPolII-l avatud kompleksi vormis istuda matriitsahela START-saidile. Kui ka rNTPd on keskkonnas, siis RNAPolII alustab matriitsahela transkribeerimist. Transkriptsiooni käigus teine TFIIH alaühik fosforüülib paljudest erinevatest positsioonidest RNAPolII CTDi.
annaabi.ee 
