Southern blot: -eelised: Parim tuvastamaks suuri genoomseid muutusi -puudused: Töömahukas, vajab palju lähtematerjali Sekveneerimine: -eelised: Tuvastab kõik muutused -puudused: Kallis Heterodupleks analüüs: -eelised: Lihtne ja odav -puudused: Puudulik tundlikus,Väikesed fragmendid dHPLC: -eelised: Kiire ja kvantitatiivne -puudused: Kallis, ei selgu asukoht SSCP: -eelised: Lihtne ja odav -puudused: Väikesed fragmendid DGGE: -eelised: Kõrge tundlikus -puudused: Kallid praimerid 17.TaqMan ja Molecular Beacon töötamisprintsiip Homogeensed hübridisatsioonitestid kasutades reaalaja PCR-d ja fluorestsentsil põhinevat detektsiooni: -Tuntumad TaqMan ja Molecular Beacon proovid.Erinevad quencherid (TAMRA ja DABCYL) -Põhinevad energia ülekandel, kus fluorestsents detekteeritakse tänu muutusele füüsikalises distantsis fluorokroomi ja vaigistaja (quencher) vahel pärast proovide hübridisatsiooni. FRET (fluoresence resonance energy transfere) tehnika
Kontrolltöö 1. 1. Milline järgnevatest vektorsüsteemidest kasutab peremeesrakku sisestatud DNA konstrukti tsirkulariseerimiseks cre rekombinaasi ? a) Plasmiid b) Mitte ükski c) Kosmiid d) YAC e) P1 2. Üheks väga levinud viisiks reaalaja kvantitatiivse PCR-i (qPCR-i) tegemisel on TaqMan proovide kasutamine. Millisel DNA polümeraasi omadusel, lisaks 5'-3' sünteesi aktiivsusele, põhineb antud tehnoloogia? a) DNA polümeraasi 3'-5' eksonukleaassel aktiivsusel b) DNA polümeraasi 5'-3' eksonukleaassel aktiivsusel c) DNA polümeraasi termostabiilsusel 3. Milliseid mehhanisme kasutatakse rakus geeniekspressiooni inhibeerimisel antisense DNA oligonukleotiididega? a) Moodustuva antisense oligonukleotiid/mRNA kompleksi katkilõikamine restriktsioonilise
ApoE teatav haplotüüp (variant) on Alzheimerile väga soodus. Mis siis, et esmapilgul pole üldse seotud sellega. Mittekodeerivad SNPd võivad muuta ekspressioonitaset. Teatud genoomiblokid on konserveerunud SNPde poolest. · Minisekveneerimine: 1 kaupa märgistatud nukleotiidide lisamine. · Reaalaja PCR spetsproovidega, SNPde deletsiooniks. Mõõdetakse fluorestsentsi teket. · Polümeraasipõhine ekstensioonitehnika 17. TaqMan ja Molecular Beacon töötamisprintsiip Homogeensed hübridisatsioonitestid, kasutades reaalaja PCR-i ja fluorostsentsil põhinevat detektsiooni. Põhinevad energia ülekandel, kus fluorestsents detekteeritakse tänu muutusele füüsikalises distantsis fluorokroomi ja vaigistaja vahel pärast proovide hübridisatsiooni. Iga SNP vajab spetsiaalpraimerit. Kõige efektiivsemad väheste SNP-de ja suure hulga proovide puhul. 18. Suure võimsusega genotüpiseerimise võimalused 1
Gene-Trak®). PCR-tehnika on väga spetsiifiline ning kõrge tundlikkusega. Toimub spetsiifiliste geenide amplifitseerimine (kordades paljundamine) ning see metoodi- ka võimaldab määrata ka proovis väga vähesel hulgal esinevaid baktereid. Meetodi puuduseks on see, et teda võivad inhibeerida söötmetes ja toidus esinevad kompo- nendid, nt ensüümid ja hemoglobiini laguproduktid. Kaubanduses on saadaval PCR-l baseeruvad analüüsisüsteemid (nt Du Pont Bax®, Taqman®, Probelia®). Lisauuringuteks vajalikud toimingud. 1. Mikroskoopimine. Valgusmikroskoopiat kasutatakse: · bakterite identifitseerimiseks, põhinedes nende morfoloogial ja värvusreakt- sioonil; · otseseks bakterite loendamiseks (eeldab tavaliselt >105 rakku/ml olemasolu). 2. Värvimise meetodid. Lihtsad meetodid (nt grammeetod) ei võimalda eristada surnud rakke elusatest. Seda probleemi on võimalik osaliselt vältida, kasutades
is of special interest in GMO analysis, since necessary to add a target-specific fluorescent Assessment of Genetically Modified Organisms (GMO) in Meat Products by PCR 507 probe or specific DNA polymerases. However, FRET hybridization probes. Among the dif- the specificity is determined entirely by the ferent types of probes currently available in primers, as in conventional PCR, and thus the the market, the TaqMan probes are nowadays risk of amplifying nonspecific PCR products the probes of choice. increases (Simpson et al. 2000). It is possible The fluorescence is determined cycle-by- to verify the correct production of a given cycle by the RTi-PCR platform, and the PCR product by means of plotting fluores- result is an amplification plot. A typical cence as a function of temperature to generate amplification curve presents three different
annaabi.ee 
