immuunglobuliinide ja G-valkudega seotud retseptorite superperekond) Geeniperekondade organisatsioon genoomis: *Geeniperekondi jaotatakse ka klasterdumise järgi. Klastritest väljaspool asuvaid perekonna liikmeid nimetatakse orb geenideks (orphan gene). *Enamik klasterdatud geene on tekkinud tandeemsete duplikatsioonide tagajärjel. *Eristatakse geeniperekondi, mis esinevad genoomis: 1) ühe klastrina, 2)mitmete klastritena, 3)paiknevad hajutatult. 1)Ühe klastrina esinevad: *Tandeemse organisatsiooni puhul on geenid seotud nii funktsiooni kui ka järjestuse kaudu (peamiselt RNA geenid). *Klasterdumise puhul ei paikne geenid tandeemsete kordustena vaid on sageli reguleeritud ühe lookuskontrolli regiooni kaudu (locus controll region). Geenid on klastris lähedaselt seotud funktsiooni ja homoloogia kaudu, esineb ka arvuliselt pseudogeene. *Liitklastrites (compound clusters) paiknevad geeniperekonnad on füüsiliselt vähem seotud ning seal esineb ka eelmistega
valgud. Geeniperekondade organisatsioon genoomis: Geeniperekondi jaotatakse ka klasterdumise järgi. Klastritest väljaspool asuvaid perekonna liikmeid nimetatakse orb geenideks (orphan gene), Enamik klasterdatud geene on tekkinud tandeemsete duplikatsioonide tagajärjel. Eristatakse geeniperekondi, mis esinevad genoomis: ühe klastrina, esinevad mitmete klastritena, paiknevad hajutatult. Geeniperekonnad: Ühe klastrina esinevad geeniperekonnad: Tandeemse organisatsiooni puhul on geenid seotud nii funktsiooni kui ka järjestuse kaudu (peamiselt RNA geenid), Klasterdumise puhul ei paikne geenid tandeemsete kordustena vaid on sageli reguleeritud ühe lookuskontrolli regiooni kaudu (locus controll region). Geenid on klastris lähedaselt seotud funktsiooni ja homoloogia kaudu, esineb ka arvuliselt pseudogeene, Liitklastrites (compound clusters) paiknevad geeniperekonnad on
ligipääsetavates regioonides. Pärmis on kolme tüüpi hotspote: • α – korreleerub transkriptsioonifaktorite seostumissaitidega ehk eeldab transkriptsioonifaktori seondumist. • β – sisaldab nukleosoomidest vabat DNA järjestust ehk assotseerub nukleaasitundliku kromatiiniga • γ – on kõrge C+G nukleotiide koostisega, kõrge GC % • Pärmis rekombinatsiooni ja transkriptsiooni initsiatsioon on seotud 12-ne (CCGNN) tandeemse kordusega. See on väga tundlik DNaas I-le. Ainult transkriptsioon on seotud 48 CCGNN kordusega. • Kõrgemate eukarüootide puhul on pakutud, et rekombinatsiooni toimumist tõstab kõrgem GC sisaldus, kõrgem Alu elementide ja geeni sisaldus. χ-motiiv stimuleerib rekombinatsioonilist aktiivsest. Samuti palindroomsed järjestused, mis soodustavad sekundaarstruktuuride moodustamist stimuleerivad DSB teket – loop osa on tundlik
replikatsioonikahvel. Toimub DNA ahelate lahtikeerdumine ja praimeri süntees. DNA replikatsioonikahvli avamine toimub A-T rikastest regioonidest initsiaatorvalgu DnaA toimel. Järgnevalt toimub DnaA-valkude kooperatiivne liitumine, moodustub 20-40 polüpeptiidist koosnev valguline kompleks, mille ümber seondub oriC piirkond. ATP juuresolekul toimub avatud kompleksi moodustumine. Ahelate lahknemine algab kolme tandeemse 13bp oriC kordusjärjestuste piirkonnas ja levib seni, kuni on avanenud kogu 13bp korduste piirkond. DnaB helikaas ja DnaC moodustavad denatureerunud DNA-ga prepraimingkompleksi. SSB ja güraasi juuresolekul jätkub DNA ahelate lahtikeerdumine mõlemas suunas. Järgneb praimeri süntees primaasi DnaG poolt DNA polümeraas III moodustab replikatsioonikahvli 51. Erinevate DNA polümeraaside funktsioonid bakterites. Mis mehhanismidega on tagatud DNA replikatsiooni täpsus?
annaabi.ee 
