Ehk mediaator mõjutab otseselt transkriptsiooni preinitsiatsiooni kompleksi kokkupanekut. (Mediaatorkonpleks on vajalik edukaks transkriptsiooniks peaaegu kõikides II klassi geeni promootorites pärmis) Mida reguleerib nonsense mediated decay pathway? NMD on rakumehhanism mRNA jälgimiseks, et tuvastada nonsense mutatsioone ja ära hoida vigaste valkude ekspressiooni. Imetajates vallandab NMD exonjunction kompleks (eksonintron liides) (EJC), mis on algselt hoiustatud premRNA splicingu ajal. Tavaliselt EJC eemaldatakse ribosoomi abil esimeses mRNA translatsiooni ringis. Samas kui EJC leidub allavoolu nonsense koodonit, siis EJC on ikka mRNA küljes kui ribosoom jõuab nonsense koodonini, seega ta võib toimida NMD vallapäästjana. Allavoolu EJC olemasolu tuvastatakse kui probleem NMD faktorite poolt ja RNA degradeeritakse. NMD toimub tsütoplasmas. nonsense mediated decay ühe või enam eksoni vahele jätmine, mis põhjustab ekson-
mis sisaldab ka operaatorit. See viib geenide väljalülitamisele. Kui regulaatorit pole, on operon aktiivne. Teine geeni regulatsiooni põhiline viis on positiivne transkriptsiooni regulatsioon. Regulaator paneb geenid tööle, kui regulaatorit pole, on geen välja lüliatud. RNA-d: - stabiilsed. preRNA → translatsioon → valk pretRNA → translatsioon → valk presnRNA → protsessimine → mRNA → translatsioon → valk - labiilsed. premRNA → protsessimine → mRNA → translatsioon → valk Labiilne RNA tuleb alati uuesti sünteesida. Stabiilne funktsioneerib mitmes rakupõlvkonnas. snRNA – palju erinevad RNA klasse, mõjutavad info ülekannet, väikese tuuma RNA, premRNA protsessing Labiilne RNA: mRNA ja mõned teised, miRNA (microRNA, seotud geenide vaigistamisega), siRNA (small interferingRNA) RNA sünteesitakse eelastena (preRNA). premRNA protsessingul muutub info oluliselt. Nt. ADAR – inimese KNS ensüüm, mis
endosümbioos kaks rakku ühinevad nii, et üks jääb teise sisse elama. Nii on tekkinud mitokondrid ja plastiidid. Ajapikku on liikunud mitokondrite ja plastiidide geenid peremeesraku genoomi. Tsütoplasmas tehakse valmis valgud ja seejärel transporditakse mitokondrisse. Esineb sagedasti prokarüootidel (arhed ja bakterid) 10. Millised on mittekodeeriva DNA olulisemad grupid inimesel? intronid mittekodeerivad järjestused kodeerivate (eksonite) vahel, splaissimisel kõrvaldatakse nad premRNA-st .pseudogeenid mittefunktsionaalsed koopiad kodeerivatest geenidest, pseudogeene on 1%. inaktiivsed transponeeruvad elemendid LINE, SINE, Alu, Sva 11. Mis on C-paradoks ja kuidas seda põhjendatakse? Kui prokarüootidel on genoomi suurus ja geenide arv hästi kooskõlas, siis eukarüootidel ei ole. Eukarüoodid võlgnevad oma genoomi suuruse mittekodeeruvale DNA-le (just transposoonidele). Genoomi suurus on oluliselt seotud mittekodeerivate geenide olemasoluga, kusjuures
Terminatsioon toimub pärast U-de lülitumist. Juuksenõela moodustumine viib RNA:DNA hübriidi lahutamisele U-rikkast järjestusest. Eukarüootsetes (päristuumsetes) rakkudes toimub transkriptsioon põhiliselt sama skeemi kohaselt nagu prokarüootideski kuid esineb siiski ka teatavaid erinevusi. Nagu eespool mainitud, on eukarüootidel kolm erinevat RNA polümeraasi, mis sünteesivad erinevaid RNA molekule. Transkriptsiooni esimeses etapis sünteesitakse nn. premRNA, mis sisaldab oma stuktuuris nii valgu sünteesi kodeerivaid piirkondi eksoneid- kui ka valgu sünteesiks mittevajalikke järjestusi introneid. RNA sünteesi järgmises etapis toimub mittekodeerivate järjestuste väljalõikamine ehk splaising. Selle tulemusena saadakse nn. küps-RNA. mRNA-de sünteesil esineb veel kaks olulist etappi. Transkriptsiooni käigus lisatakse eukarüootse pre-mRNA 5' cap (müts). Müts kujutab endast modifitseeritud struktuuriga guaniini jääki - m7G cap -
Branchpoint ise ei ole U2 snRNAga paardunud, vaid lingub välja, mis võimaldab tema 2' hüdroksüülrühmal osaleda RNA splaisingu esimeses transesterifikatsiooni reaktsioonis. Splaisosoomi kokku panemine algab snRNPde kompleksis olevate U1 ja U2 snRNAde paardumisest pre-mRNAga. Ulatuslik U4 ja U6 snRNAde omavaheline paardumine vastavates snRNP kompleksides tekitab multivalk-RNA kompleksi, mis interakteerub U5 snRNPga. U4/U5/U6 kompleks assotseerub seejärel eelnevalt moodustunud U1/U2/premRNA kompleksiga moodustades splaisosoomi. Pärast splaisosoomi moodustamist viib snRNPde ja pre-mRNA ulatuslik paardumine U1 ja U4 snRNPde vabastamiseni. 44. Mis on GT-AG reegel? Intron algab GU-ga ja lõppeb AG-ga, need on ainsad peaagu invariantsed nukleotiidid intronis. 45. Kirjelda mehanismi, mille abil tuumsest pre-mRNAst kõrvaldatakse intronid. Splaisingu vaheühendite analüüsi tulemusena on jõutud avastuseni, et eksonite splaising toimub kahe
annaabi.ee 
