genetics.washington.edu/phylip.html, tutvuda programmide dokumentatsiooniga, kasutusjuhend http://koti.mbnet.fi/tuimala/oppaat/phylip2.pdf) salvestatud MSA fail peab olema PHYLIP formaadis: 1. MP metoodi kasutamisel arvutada fülogeneetilised puud kasutades järgmisi programme: Vastus: a. DNAPARS DNA parsimony algorithm, version 3.66 One most parsimonious tree found: +spt_SPA025 +--3 +--2 +stm_STM024 | | | +sfl_SF4435 | 1-ece_Z0213 | +eco_b0201 requires a total of 82.000 between and length ------- --- ------ 1 2 0.006113 2 3 0.021879 3 spt_SPA025 0.003539 3 stm_STM024 0.015122 2 sfl_SF4435 0.004826 1 ece_Z0213 0.000644
pikkused ühendtaksonite vahendusel. 33. Iseloomustage vähimruutude (least squares) meetodit. Vähimruutude meetod mõõdab distantsmaatriksis toodud ja patristiliste kauguste erinevust. Valib puu, mille korral on nende kauguste erinevus kõige väiksem. Ehk eelistab sellist puud, mille paariviisiliste ja puu kauguste vahede ruutude summa on vähim. Vähimruutude meetod võimaldab leida harude pikkused mistahes topoloogiale. 34. Iseloomustage säästumeetodit (maximum parsimony). Puu konstrueeritakse kasutades vähimat võimalikku asenduste hulka. Kasutab DNA järjestusi otse. Tehakse mitu võimalikku puud ning nendest valitakse väiksema asenduste arvuga puu. Ehk valitakse kõige säästlikum puu. 35. Kuidas rekonstrueeritakse eellasjärjestused (säästureeglid, Farrise optimeerimine)? Säästumeetodil – ellasjärjestuse rekonstrueerimisel kasutatakse selle eellasjärjestuse vahetuid järglasi. Leitakse ühisosa – kui tunnuse
liku korrastamisega. 6.2.3. Fülogeneetilise süstemaatika (kladistika) eesmärgiks on klassi- fitseerida taksoneid nende ajaloolise kujunemise, nende fülogeneesi alusel. See põhineb ainult monofüleetiliste (mitte aga parafüleetiliste) rühmade tunnustamisel; tunnuste polariseerimisel (plesiomorfsete ja apomorfsete tunnuste eristamisvõimaluse möönmisel); võimalike evolutsioonipuude (klado- grammide) "joonistamisel" ja nendest säästuprintsiibi (parsimony) alusel kõige lühema, kõige väiksema tunnuste muutumise arvuga puu väljavalimisel. Saadud fülogeneesipuu on teaduslik hüpotees, mida on võimalik falsifitsee- rida ja/või kinnitada. Iga OTUde rühma (fülogeneesipuu haru ehk oksa) eris- tamise aluseks on teatud kindla tunnuse (tunnuste) kindlasuunaline muutus. 6.2.4. Evolutsiooniline süstemaatika taotleb kahe teineteist välistava, feneetilise ja fülogeneetilise metodoloogia sünteesi. Aluseks on püüd sel-
Induktsioon Deduktsioon < < ANDMED ennustatakse andmeid võimalike uute situatsioonide jaoks Hea teooria kriteeriumiteks on: "kokkuhoidlikkus" (parsimony). Mida vähem väiteid teoorias, seda parem; kui teooria vajab iga tulemuse jaoks, mida ta seletab, omaette väidet, siis ei saavuta teooria mingit kokkuhoidu. Võimsaim teooria on see, mis suudab väga väheste mõistete abil ära seletada võimalikult palju tulemusi. täpsus (precision). Mida formaliseeritum on teooria, seda parem. testitavus (tähtsaim tunnus!); näit. teooria võib olla väga täpne, kuid teda pole võimalik kontrollida. See on halb sp., et teooriat, mida
annaabi.ee 
