seondumisega. Toxin-antitoxin systems and trans-translation. Koosnevad alati valgulisest toksiinist ja selle valgulise toksiini omadusi/võimeid neutraliseerivast antitoksiinist (valk või RNA). Toksiin on enamasti stabiilne, antitoksiin on ebastabiilne ning seda peab koguaeg juurde sünteesima. - 100S ribosoomid dimerisatsioon Translatsioonilised GTPaasid Mis on ortoloogid ja mis on paraloogid. Ortoloog - eri liikidest pärit järjestused, millel on üks ühine eellane. Paraloog - samast liigist pärit järjestused, millel on üks ühine eellane. geenid mis on tekkinud geeniduplikatsiooni tulemusena sama liigi piires Kas EF-Tu/eEF1A/aEF1A on ortoloogid/paraloogid IF2/eIF5B/aIF5B on ortoloogid/paraloogid EF-G/eEF2/aEF2 on ortoloogid/paraloogid RF3/eRF3 on ortoloogid/paraloogid Järgmiste valkude funktsioon
ebi.ac.uk/Tools/similarity.html). Parema tulemuse saamiseks varieerida vajaduse korral parameetreid. RIGRIVFRAAQKRSDIEIVAINDLLDADYMAYMLKYDSTHGRFDGTVEVKDGHLIVNGKKIRVTAERDPANLKWD EVGVDVVAEATGLNFDKYAGQDIVSNASCTTNCLAPLAKVINDNFGIIEGLMTTVHATTATQKTVDGPSHKDWRG GRGASQNIIPSSTGAAKAVGKVLPELNGKLTGMAFRVPTPNVSVVDFRVPTPNVSVVDFRVPTPNVSVVDLTVRL EKAATYEQIKAAVKAAAEGEMKGVLGYTEDDVVSTDFNGEVCTSVFDAKAGIALNDNFVKLVSWYDNETGYSN b. Milline on uuritav valk, millised ortoloogid ja paraloogid leiti erinevatel otsingutel? . ortoloog eri liikidest pärit järjestused, millel on üks ühine eellane 4 paraloog samast liigist pärit järjestused, millel on üks ühine eellane Uuritav valk: Glyceraldehyde 3-phosphate E. Colide puhul esineb nii ortolooge kui paralooge. Näiteks paraloogid: >>UNIPROT:Q6WAN9_ECOLX Q6WAN9 Glyceraldehyde phosphate d (220 aa) initn: 1051 init1: 715 opt: 721 Z-score: 859.5 bits: 166.6 E(): 2.7e-39
geenidele, mis kaotasid splaisingu võites efektiivse geeniekspressiooni, Intronid teisena (introns late hypothesis) väidab, et introniteta (prokarüootne) geen on ürgne ja intronite insertsioon on hilisem näht, mis kestab siiani. Intronid on tekkinud täiustamaks funktsionaalset mitmekesisust. Intronite asukoha konserveerumine globiini superperekonnas viitab ürgsele intronite insertsioonidele (algselt kaks intronit ~800 milj. a. tagasi). 23. Homoloogid, ortoloogid ja paraloogid. Homoloogid on väga sarnase järjestusega liigisisesed geenid ( ja globiinid). Ortoloogid on erinevate genoomide geenid, mis on seotud ühise eellase kaudu (inimese ja hiire müoglobiinid). Paraloogid on ühe genoomi geenid, mis on tekkinud duplikatsiooni tulemusena (inimese müoglobiin ja tsütoglobiin). Geeniduplikatsioonide tekkemehhanismid: Tandeemne geeniduplikatsioon ebavõrdse ristsiirde või õdekromatiidide vahetuse kaudu,
ühinevad üheks geeniks või üks geen eraldub kaheks. • • Võrdlev genoomika, fülogeneetika – mis eesmärgid? 1. pikad fülogeneetilised distantsid – võrrelda organisme mis on kaua aega tagasi lahknenud 2. vahepealsed distantsid – võrrelda inimest hiirt, bakteri liike omavahel jne. 3. lähedasi liike positiivse valiku korral – nt inimene ja šimpans • • Ortoloogi ja paraloogi mõiste • Ortoloogid on erinevates liikides, pärit samast esivanemast. Paraloogid on tekkinud duplikatsiooni tagajärjel, ühes liigis. • • • Homoloogsete genoomilõikude liikidevaheline võrdlus: etapid, väljakutsed • • Konserveerunud genoomilõigud ja suured nn. ‘homoloogia blokid’ liikide vahel • • Klassikaliste mudelorganismid geneetikas/genoomikas (iseseisev materjali omandamine, sest 03.04 on lihavõttereede ja loengut ei ole) – teada
d DNA heterodimeer CbpM-ga CbpB - - - Paindunu 33 kDa monomeer d DNA H-NS (inglise keeles histone-like nucleoid-structuring) on mittespetsiifiline transkriptsiooni repressor. H-NS-i homoloogid (sarnase funktsiooniga, järjestus pole sarnane) ja ortoloogid (järjestu-selt sarnased, sama funktsioon) on väga levinud bakterite hulgas. Tõenäoliselt ongi konserveerunud funktsioon siduda DNA-d valguliste sildade abil, mitte aminohappeline järjestus. H-NS seondub superspiraliseeritud DNA-le, tal pole väga tugevalt konserveerunud DNA järjestust, millega valk seonduks. Eelistab AT-rikast järjestust. Aminohappelise sarnasuse tõttu võib moodustada StpA-ga või teiste sarnaste valkudega
annaabi.ee 
