Maakonnas on kaitse all 5 järve: Kuningvere järv, Jaanijärv, Elva Linajärv, Vellavere Külajärv ja Kogrejärv ning mitmeid järvi (Saadjärv, Soitsjärv, Pangodi, Koosa jt.) kaitstakse kaitsealade koosseisus. Natura 2000 võrgustikku kuuluvad kaitstavad veekogud: Emajõe suudmeala, Elva jõgi, Peeda jõgi, Idaoja, Ilusa oja, Lavatsi järv, Võrtsjärv, Mustjärv, Lisaks on 3 lõhilaste (lõhe, meriforelli, jõeforelli, harjuse, rääbise, merisiia, peipsi siia) elupaikadena kaitstavat veekogu: Ahja jõgi, Kääpa jõgi, Peipsi järv ning 3 karpkalalaste (tõugja, latika, vimma, teivi, turva, säina) elupaikadena kaitstavat veekogu: Emajõgi, Peipsi järv, Võrtsjärv. Lisaks eeltoodule on Tartumaal kümmekond jõge ja jõelõiku, millel on looduskaitseseaduse § 51 lg 1-ga keelatud uute paisude rajamine ning nende laiaulatuslik rekonstrueerimine, kuna nimetatud jõed ja
väljasuremist. Siinkohal tuleb meenutada tuurakala arvukuse katastroofilist vähenemist, mille tõttu see liik on Läänemeres ja Põhjameres väljasuremisel. Tööndusliku kalapüügi kahjulikkude tagajärgede ärahoidmiseks rakendatakse mitmesuguseid kaitseabinõusid, näiteks keelupiirkondade, keeluaegade, tööndusliku alammõõdu ja püügilimiidi kehtestamist. Need abinõud peavad kindlustama kalade küllaldase loodusliku järelkasvu. Kalakasvatuslikud tööd, nagu lõhe, meriforelli, merisiia jt. kalaliikide marja hautamine ja nende noorjärkude kasvatamine enne merre laskmist on kõige kujukamaks näiteks sellest, kuidas inimene aitab suurendada Läänemere kalavarusid. Kalavarude otsest suurust veekogudes, eriti meres, on võrdlemisi raske või isegi võimatu määrata. Tavaliselt tehakse mitmete meetodite abil kindlaks varude suhteline suurus, s. t. hinnatakse kalavarude olukorda. Seejuures on peamiseks meetodiks
soojaveeliste kalade jaoks pika perioodi vältel külmad. Sedapuhku on keskendatud just Eesti kliimas sobivate vesiviljeluskultuuride kasvatamisele. 53 Traditsioonilistest liikidest on läbi aegade Eestis kasvatatud kaubakalana vikerforelli ja karpkala ning lisaks veel angerjat, tuura, meriforelli, siiga ja haugi. Koorikloomadest kasvatatakse jõevähki. Taasasustamise eesmärgil on kasvatatud haugi, lõhe, jõeforelli, koha, linaski, meriforelli, merisiia, tõugja ja jõevähi noorjärke. Uutest liikidest on hakatud kasvatama aafrika angersäga ja arktika paaliat. Euroopas väga levinud molluskikasvatusalasid pole Eestis registreeritud. Kõige olulisem ja perspektiivikam on seni olnud vikerforelli kasvatamine. Vesiviljeluse toodang oli 2011. aastal 750 tonni (Tabel 9). See on küll väiksem võrreldes suurima mahuga, 1743 tonniga 1989. aastal, ent kui 2010. aasta kuum
mitu kalaliiki ohustatud. 1998. aasta Eesti punase raamatu nimekirjades on 22 liiki (26 variatsiooni) ohustatud kalu, neist enamik merekalad. Sel ajal kehtinud kategooriasüsteemi järgi jagunesid nad järgmistesse ohustatuse kategooriatesse: 0 (hävinud või tõenäoliselt hävinud) kategoorias oli atlandi tuur, 1. (eriti ohustatud) kategoorias mersiia siirdevormid, lõhi, säga ja harjus, 2. (ohualtid) kategoorias sügisräim, merisiia meres kudevad vormid ja meriforell, 4. (tähelepanu vajavad) kategoorias tippviidikas, rääbis, peipsi siig, võldas, ojasilm, meritint ja jõeforell, 5. (määratlemata) kategoorias tõugjas, hink, merivarblane, suurtobias, pullukala, suttlimusk, vingerjas, nolgus, võikala, meripühvel ja merihärg. 2008. aasta veebipõhises Eesti punases raamatus kasutati Maailma Looduskaitseliidu(IUCN) uut kategooriasüsteemi ja nii kuuluvad äärmiselt ohustatute kategooriasse peipsi siig ja peipsi
annaabi.ee 
