Ala on rikas ka kaitsealuste liike ja nende elupaikade poolest. Telkimine ja lõkke tegemine on lubatud vaid selleks ette nähtud kohtades. Rohkem kui 20 osalejaga rahvaürituste korraldamiseks tuleb luba saada kaitseala valitsejalt. Kaitseala teedel on lubatud sõidukiga sõitmine, maastikusõidukiga sõitmiseks tuleb saada luba kaitseala valitsejalt. Matkarajad Endla järve matkarada (8,5 km) Rajale jäävad sellised loodusväärtused nagu Kaasikjärve raba, Endla järv (287 ha), lodukaasik, Endla puisniit, Mustjõgi, Kaasikjärv, Männikjärve raba, Männikjärv ning erinevad metsakooslused. 10 000 aastat tagasi oli ala üks suur veeväli, mis hakkas kliima soojenedes kinni kasvama. Endla järv on üks Suur-Endla järve jäänukeid. Järv on kala- ja linnurikas. Veetaseme alanemise tõttu on järvepõhi hakanud taimestuma ja soostumine kiireneb. Kaasikjärve raba ilu saab nautida ka linnuvaatlustornist. Rada kattub enne Toomale jõudmist Männikjärve raba õpperajaga.
Metsad hõlmavad Soomaa territooriumist kolmandiku. Oma mitmekesisuselt ulatuvad siinsed metsad luidetel kasvavatest kuivadest valgusküllastest nõmme- ja palumännikutest kuni erinevate mõnesse avasse mahub inimenegi seisma, arvatavasti on need õõnsused kujunenud tulekahju tagajärjel. Venesauna lammimets Venesauna lammimets on oma nime saanud läheduses asuva talu järgi. Halliste jõe üleujutatval alal kasvab lodu-salukaasik, vähemal määral ka lodukaasik ja lodu-sanglepik. Lammimetsale iseloomulikult kasvavad siin haab, arukask ja saar. Alusmetsas toomingas, lodjapuu jt. Puhma- ja rohurindes leidub mitmesuguseid taimi. Näiteks kasvavad siin maikelluke, angervaks, naat ja soo-koertubakas. Lemmjõe keelemets Lemmjõe keelemets on ligi 70 ha suurune lammimets Lemmjõe ja Raudna jõe vahelisel alal. Osa Lemmjõe keelemetsast on mõjutatud perioodilistest jõe tulvadest. Suurvee aegu tõuseb Raudna jõgi siin üle kallaste rohkem kui meetri
Mätastel laanik, palusammal, harilik kaksikhammas, kähar salusammal. Raiestikel on alustaimestu väga lopsakas. Märgatavalt suureneb sookastiku, metskõrkja, tarnade, luht-kastevarre, angervaksa ja kõrvenõgese osatähtsus. Metsauuenemine toimub peamiselt vegetatiivsel teel sanglepa ja sookasega. Levik: kõige enam Kirde-Eestis, rohkesti ka Kesk- ja Edela-Eestis. Tähtsamad taimekooslused: lodukaasik, lodu-sanglepik, lodukuusik. KAITSTAVAD TAIMELIIGID LAMMI- JA LODUMETSADES I kategooria: lääne-sõrmkäpp (Lääne-Hiiumaal), lehitu pisikäpp (Hiiumaal, Kirde-Eestis ja Emajõe ümbruses) II kategooria: laialehine nestik (Ida- ja Loode-Eestis), kõdu-koralljuur (üle Eesti), pori nõiakold (Abruka saarel ja Elistvere pargis), vahelmine lõokannus (v.a. Kesk- ja Kirde-Eestis), harilik kikkapuu (Lääne- ja Lõuna-Eestis), luuderohi (Saaremaal ja
tarnakaasik 12 sinilillekuusik 11 naadikuusik 2 sõnajalakuusik 2 lodukaasik 2 lodusanglepik 2 Tallamisõrnad madalsookuusik 2 kõdusookuusik 2 rabamännik 2
annaabi.ee 
