Limused ja kaanid Karula veekogudes elab 11 liiki karpe, nendest õhuke järvekarp on Eesti Punase Raamatu liik. Kõige laiema levikuga on suur-järvekarp, keda esineb enamikus kalarikastes järvedes. Teiseks arvukamaks ja levinumaks liigiks on piklik jõekarp, keda esineb rahuliku vooluga jõelõikudel ja liivase põhjaga järvedes. Kiiljat jõekarpi leidub Ähijärves, Mikile järves ja Köstrejärves. Teod on esindatud 17 liigiga, neist lombi-keeristigu, keeris-lametigu ja manteltigu on Eesti Punase Raamatu liigid. Mageveetigude arvukus on kõrgem taimestikurikastes järvedes ja peaaegu kõikidest veekogudest võib leida järve-ematigu, mudakukke ja sarvtigu. Tigude fauna on liigirikkaim taimestikku täiskasvavas Köstrejärves. Kaane on Karulas teada kahte liiki. Neist apteegikaan on II kaitsekategooria liik. Köstrejärvest on leitud pisikaani. Limused on tundlikud veekogude seisundi halvenemise suhtes. Vee-elustikku mõjutab ka
Putukaid on Karula rahvuspargis registreeritud 518 liiki, millest suurema osa moodustavad liblikalised ning mardikalised. EPR'i on kantud 34 kaitsealsut liiki, millest suure osa moodutsab kiletiivalise selts. Tähelepanu väärib rahvuspragi palukuklase kolooniakompleks oma suure elujõulisuse ja eriliselt mahuka maa-aluse osa poolest (4). 2.6.2 Teised selgrootud Karula veekodudes elab 11 liiki karpe ja 26 liiki tigusid, neist haruldaste liikide alla kuuluvad õhuke järvekarp ja keeris-lametigu. Kaane on Karulas leitud kaheksa liiki, vähke kolme liiki, kellest suurim ja tuntuim on jõevähk (4). 2.6.3 Kalad Karula kalastikus domineerivad Eesti siseveekogudele omased liigid. Tänu sellele, et ala läbivad Väikese Emajõe ja Koiva jõgikonda kuuluva Mustjõe mitmed väiksed harujõed, on Karula kalastiku kujunemisel suur roll veevahetusel nende jõgikondadega. Kokku on rahvupargi alalt leitud 22 liiki kalu, millest kolm on Euroopa Loodusdirektiivi kalaliigid: harilik hink, harilik
Teiseks arvukamaks ja levinumaks liigiks on piklik jõekarp, keda esineb rahuliku vooluga jõelõikudel ja liivase põhjaga järvedes. Kiiljat jõekarpi leidub Ähijärves, Mikile järves ja Köstrejärves. [10] 1930. aastatel püüti järvest kuni 30 000 vähki aastas. Hiljem vähid hävisid vähikatku ja järve väetamise tõttu, kuid praegu on neid Ähijärves jälle. [1] Teod on esindatud 17 liigiga, neist lombi-keeristigu, keeris-lametigu ja manteltigu on Eesti Punase Raamatu liigid. Mageveetigude arvukus on kõrgem taimestikurikastes järvedes ja peaaegu kõikidest veekogudest võib leida järve-ematigu, mudakukke ja sarvtigu. Tigude fauna on liigirikkaim taimestikku täiskasvavas Köstrejärves. [10] Kaane on Karulas teada kahte liiki. Neist apteegikaan on II kaitsekategooria liik. Köstrejärvest on leitud pisikaani.[10] Kahepaikseid on leitud 7 liiki, siin eriti laialt levinud mudakonn on Eesti Punase Raamatu
Teiseks arvukamaks ja levinumaks liigiks on piklik jõekarp, keda esineb rahuliku vooluga jõelõikudel ja liivase põhjaga järvedes. Kiiljat jõekarpi leidub Ähijärves, Mikile järves ja Köstrejärves. [10] 1930. aastatel püüti järvest kuni 30 000 vähki aastas. Hiljem vähid hävisid vähikatku ja järve väetamise tõttu, kuid praegu on neid Ähijärves jälle. [1] Teod on esindatud 17 liigiga, neist lombi-keeristigu, keeris-lametigu ja manteltigu on Eesti Punase Raamatu liigid. Mageveetigude arvukus on kõrgem taimestikurikastes järvedes ja peaaegu kõikidest 9 veekogudest võib leida järve-ematigu, mudakukke ja sarvtigu. Tigude fauna on liigirikkaim taimestikku täiskasvavas Köstrejärves. [10] Kaane on Karulas teada kahte liiki. Neist apteegikaan on II kaitsekategooria liik. Köstrejärvest on leitud pisikaani.[10]
Ümarloomad – keriloomad on zooplanktoni tähtsaks komponendiks Kärssussid – elavad valdavalt meres, magevetest leitud üks liik Rõngussid Kaanidest on tavalisemad pisikaan, hobukaan, kalakaan ning perekondade ahaskaan ja lamekaan liigid. Haruldane on Punasesse raamatusse kantud apteegikaan. Limused – kiil-labatigu, harilik keeristigu, manteltigu, järve ematigu, punntigu, ribitigu, mudatibu, suur sootigu, koonujas sulgtigu, õhuke lametigu, harilik labatigu. Karbid Umbes 1850.a Eestisse sattunud rändkarp on praegu Peipsi järves väga massiline. Teda esineb ka mõnedes teistes järvedes. Paljudes siseveekogudes moodustavad karbid suurema osa põhjaloomastiku biomassist. (rändkarp, suur järvekarp, kiiljas jõekarp) Lülijalgsed Vesikirbulised etendavad tähtsat osa loomhõljumis ning kalade toidus Aerjalalised moodustavad loomhõljumi ühe komponendi ning nad on tähtsad kalatoiduna.