Genoomid valdavalt tsirkulaarsed, esineb ka lineaarseid sisaldades telomeere (B.burgdorferi). Tihti esineb ekstrakromosomaalseid geneetilisi elemente. Enamus baktereid haploidseid, mõned ka di-ja tetraploidsed (D.radiodurans). Teatavates situatsioonides ka 10 koopiat (M.jannaschi)! Genoomide suurus jääb 1-5Mb vahele. Väiksem genoom M.genitalium 517 geeni (genoomi suurus 580 kb), suurim M.xanthus 9,2 Mb. Genoomi suurus sõltub geeniduplikatsioonidest (sage arhebakteritel) ja korduselementide olemasolust ning arvust. ~85% genoomist valke kodeeriv (parasitaarsel M.lepraevaid 47,5%). GC hulk varieerub 67%-25%. Eukarüootidest erinev koodonite kasutamissagedus 5. Prokarüootsete mudelorganismide genoomiprojektid (E.coli, bakteriofaagid, multiresistentsuplasmiidid) Bakteriofaag X174 genoom: Bakteriofaagide genoom enamasti kaheahelaline DNA (ka üheahelaline DNA või RNA). Suurus 1.6 kb 150 kb, umbes 200 geeni, lugemisraamid tihti kattuvad. E. coli sekveneeritud 1997 a
kukkurloomadel on Y kromosoome limineeritud teatavates somaatilistes kudedes. *Molevoles (Ellobius) on kaotanud Y kromosoomi täielikult. *10 mln.aasta pärast on mees kui selline muutunud ajalooks. *Merohaplodiploidne (XX,X0) soode terminatsioon kujutab endast evolutsiooni lõppmängu Mis eristab meid genoomsel tasandil hiirtest? ·Töö hiire genoomiga Mouse Genome Sequencing Consortium (MGSC). Roti genoomiga RGSC ·Genoomide võrdlus üldiselt: Inimese genoom on veidi suurem, vahe korduselementide hulgast. Hiire intergeensed alad ja intronid (keskmiselt 16%) väiksemad. Esineb lokaalne erinevus. Eksonite ja kodeeriva DNA suurus (550 koodonit) sarnane, sarnane on ka ortoloogsete geenide hulk. G+C hulk hiirel suurem kui inimesel (42% versus 41%). Inimesel palju suurem CpG saarte hulk. Konserveerunud sünteensete piirkondade pikkus 10 Mb. Inimesel 5% genoomist suurte segmentaalsete duplikatsioonide tulemus, hiirel 1% (rott 3%)
sisaldades telomeere (B.burgdorferi), Tihti esineb ekstrakromosomaalseid geneetilisi elemente, Enamik baktereid haploidseid, mõned ka di- ja tetraploidsed (D.radiodurans). Teatavates situatsioonides ka 10 koopiat (M.jannaschi), Genoomide suurus jääb 1-5Mb vahele. Väiksem genoom M.genitalium 517 geeni (genoomi suurus 580 kb), suurim M.xanthus 9,2 Mb. Genoomi suurus sõltub geeniduplikatsioonidest (sage arhebakteritel) ja korduselementide olemasolust ning arvust, ~85% genoomist valke kodeeriv (parasitaarsel M.leprae vaid 47,5%), GC hulk varieerub 67%-25%, Eukarüootidest erinev koodonite kasutamissagedus. Geeniproduktide funktsionaalsed grupid: energiametabolismiga seotud, transportvalgud, valgusünteesiga seotud, rakuliste protsessidega seotud, regulatoorse funktsiooniga, rakukest, DNA metabolismiga seotud jne. 5. Prokarüootsete mudelorganismide genoomiprojektid (E.coli, bakteriofaagid, multiresistentsuplasmiidid)
Max Plancki Instituut (Leipzig, nemad rahastasid), mida juhtis Pääbo, veel olid Johannes Krause, Adrian Briggs, Richard E. Green. Koostöö Life Sciences’iga (presidendiks oli tollal Michael Egholm). 2006 avaldasid esimesed miljon aluspaari. Uurisid kolme Horvaatiast leitud fossiili, kasutati 454 sekveneerimist ja ja ka Solexat. Testisid lisaks nendele fossiilidele ka teisi, et kontrollida, kas teistel neandertaallastel samalaadne järjestus. 42. Mis on korduselementide funktsioonid genoomides? Nende funktsiooni ei teata, nimetatakse rämps DNA-ks. 43. Mis on SINE ja LINE? Kordusjärjestused (Short/Long Interspersed Nuclear Repeats), esimene 100-300 bp (13% meie genoomist), teine 6000- 8000 (21%). 44. Mis on SNP-d, nende tüübid ja tähtsus? Detailsed kirjeldused. Single Nucleotide Ploymorphysm – 1 1400 nukleotiidist on erinev indiviididel. Asukoha järgi on mittekodeerivas regioonis, kodeerivas regioonis:
Seonduvad PIWI perekonna valkudega, millede välja lülitamisel väljendub kordusjärjestuste kontrollimatu transkriptsioon. Esineb kahte tüüpi piRNAsid: varasemad pärinevad kordusjärjestustelt, hilisemad suurtest genoomsetest piRNA klastritest. Dicer ei osale piRNAde sünteesis. PIWI tüüpi valgud lõikavad märklaud-RNAd. piRNAd on vajalikud, et kaitsta genoomi mobiilsete elementide ja korduselementide plahvatusliku paljunemise eest. • • AGO valgud ja RISC kompleks • Argonaut valgud jaotatakse kolme rühma: 1. Argonaut sarnased valgud, mis sarnanevad arabidopsis thaliana AGO1 valguga 2. Piwi sarnased valgud, mis sarnanevad D.melanogaster PIWI valguga 3. C.elegansi spetsiifilised grupp 3 argonaudid. • • miRNAd, siRNAd ja piRNAd pakitakse koos Argonaut perekonna valkudega RISC kompleksi
annaabi.ee 
