Joonistada välja juurtega (DRAWGRAM) ja juurteta puu (DRAWTREE). 3. ML meetodi kasutamisel teha kõigepealt MSA-le bootstrapping (SEQBOOT) ning seejärel arvutada fülogeneetilised puud kasutades programme (mitte unustada, et meil on multiple datasets tuleb panna sama number (replicates), mis bootstrapi tegemisel): a. DNAML b. DNAMLK c. Konsensuspuu leidmisel kasutada programmi CONSENSE. d. Analüüsida tulemusi ning võrrelda omavahel lähtudes programmide algoritmidest (juhend!).
tilise korrelatsiooni koefitsient (cophenetic correlation coefficient) on seda suurem (teoreetiliselt kuni 1,0), mida vähem on klasterdamine moonuta- nud liikidevahelisi sarnasussuhteid. 7.3.2. Erinevatel meetoditel samade OTUde kohta saadud erineva informat- siooniga fenogramme võime liita üheks, konsensuspuuks (vt. joon. 3). Selles on omaette klastritena näidatud need harud (klastrid), mis on ühised kõi- gile eri fenogrammidele. Võime genereerida ka sellise konsensuspuu, kus on esitatud 50 %, 90 % jne. fenogrammidest esinevad klastrid. Selline konsen- sus näitab sarnasust OTUde vahel, mis ei olene kasutatud meetodite iseära- sustest. Väga sageli kaob aga konsensuspuus suur hulk klastreid: resolutsi- oon on sellisel juhul madal. 7.3.3. Fenogramm on nn. juurega puu (suunatud ehk orienteeritud graaf) - ta aheneb alusel ainsaks tüveks. Tüve asend ja harunemise viis ei sisalda aga informatsiooni kasvõi hüpoteetilise fülogeneesi kohta uuritavas rühmas:
Püsivusindeks mõõdab andmete ja puu sobivust. Ühe informatiivse positsiooni kohta: mj – minimaalne võimalik asenduste arv j-ndas positsioonis antud positsioonile kõige säästlikuma ci=mj/sj topoloogia korral sj – minimaalne võimalik asenduste arv j-ndas positsioonis antud topoloogia korral 45. Milleks kasutatakse konsensuspuid? Iseloomustage järgmisi konsensuspuude tüüpe: range, enamusreegli ja Adamsi konsensuspuu. Konsensuspuu esitab kõigi vaadedud puude ühisosa, puude vastuolu kujutab polütoomiana. Range konsensuspuu esitab klaadid, mis on kõigil vaadeldud puudel. Enamusreegli konsensuspuu esitab klaadid, mis on >50% vaadeldud puudest. Adamsi konsensus leiab kasutamist juuritud puude võrdlemisel, kui mõne taksoni asukoht on vaadeldud puudel väga erinev. Esitab alampuu, mis on kõigil vaadeldud puudel. 46. Mida mõõdab puude topoloogiline kaugus? Kuidas
panna sama number (replicates), mis bootstrapi tegemisel): a. DNAML b. DNAMLK Kristina Raud YAGB-41 060290 c. Konsensuspuu leidmisel kasutada programmi CONSENSE. Vastus: Nucleic acid sequence Maximum Likelihood method with molecular clock, version 3.66 Empirical Base Frequencies: A 0.24439 C 0.24556 G 0.30445 T(U) 0.20560 Transition/transversion ratio = 2.000000 +stm_STM024 +--4 ! +spt_SPA025 --3 ! +sfl_SF4435 +--2 ! +ece_Z0213 +--1 +eco_b0201 Ln Likelihood = -2440.90431
annaabi.ee 
