Peipsi järv kogub oma vee ulatuslikult alalt. Järve suubub umbes 30 jõge, neist suuremad on Velikaja ja suur Emajõgi. Väljavool toimub Narva jõe kaudu. Peipsis ei ole eriti taimestikku. Üksnes varjatud lahesoppides ja saarte varjus leidub suuremaid taimekogumikke. Kõige taimestikurikkamad on lõuna pool olevad osad. Siiski on Peipsi taimestik erakordselt liigirikas selles esineb 66 liiki. Järve kaldavöötmes leidub kõige rohkem pilliroogu, kõõluslehte, harilikku konnarohtu, luigelille, konnaosja jne. Peipsi on üks paremaid kalajärvi terves Euroopas. Peipsis esineb 36 kalaliiki. Põhilised kalad on peipsi tint, rääbis, ahven, haug, latikas, kiisk, särg, luts, peipsi siig. Vähem leidub koha, linaskit, vimba, angerjat, kokre jt. Peipsi on ka üsna linnurikas järv. Siin on nähtud üle saja liigi vee- ja soolinde. Pesitsejatest leidub seal rohkesti naerukajakaid, sinikael-parte, tuttpütte, roolinde jt. Eesti ajaloos on Peipsi järv olnud väga tähtis
oktoobrini. Vee temperatuur on suvel pinnakihis ranniku lähedal kuni 26°C, avajärvel kuni 22°C Tugev tuul tekitab järske ja lühikesi laineid (tavaliselt alla 1,5 meetri) Suuri taimekogumikke leidub saarte varjus, eelkõige järve lõunapoolses osas. Taimestik on väga liigirikas. Suurtaimi on täheldatud 115 liiki. Järve kaldavöötmes leidub kõige rohkem pilliroogu, kõõluslehte, harilikku konnarohtu, luigelille ja konnaosja Esinevad haruldased taimed nagu väike konnarohi, väike penikeel, vesinaaskelleht, mõru vesipipar, punakas penikeel. Vetikaid üle 900 liigi. Zooplanktoneid on vähemalt 160 liiki. Rohke planktoni ja põhjaloomastiku tõttu on järv kalarohke Järves elab 37 liiki kalu. Nendest iseloomulikumad on rääbis, ahven, peipsi tint ja haug. 9 liiki kahepaikseid (nt. veekonn ja järvekonn)
Sellele arvule võib veel lisada ligi 20 liiki üleujutatavatel aladel kasvavaid kalda- ja sootaimi. Järve taimestikku uurides võib seal enamasti eristada vööndeid. Järve kaldaribal kasvavad kaldataimed, mis taluvad ajutist üleujutust. . Tavalise veeseisu korral nad vees ei ole, kuid kevadel lume sulamise ajal või tugevate vihmade tagajärjel tekkiv kõrgvesi võib nad üle ujutada. Peipsi järve kaldavöötmes leidub kõige rohkem pilliroogu, kõõluslehte, harilikku konnarohtu, konnaosja, luigelille jne. Teiste taimede seas kasvab Peipsis ka hulk haruldasi veetaimi, nagu näiteks väike konnarohi, väike penikeel, vesi-naaskelleht, mõru vesipipar, punakas penikeel, ahtalehine penikeel, muda-lahnarohi, ujuv-jõgitakjas jt. Linde on järvedel ja nende ääres mitmesuguseid. Samuti on ka Peipsi üsna linnurikas järv. Siin on nähtud üle 100 liigi vee- ja soolinde. Neist on pesitsejaid ligi 40 liiki, arvukalt esineb ka toitekülalisi ja läbirändajaid
ning üks punavetikas. Huvitav on see, et suurvetikategi hulgas on sääraseid, mida oli seni Eestis leitud vaid riimveest: rohevetikas ja punavetikas. Taimeliikidest, mille esinemissagedus uuritud 77 Suurjärve ja Lämmijärve punktis oli 5%, leidus peaaegu kõikjal harilikku pilliroogu (u 83%) ning kaelus-penikeelt (u 79%). Ka varasematel aegadel on need kaks liiki kõige tähtsamad olnud. Umbes pooltest Eesti osas uuritud paigust leiti harilikku konnarohtu ja kamm-penikeelt. Sageli kohatavad on veel luigelikk, nõelalss, valge kastehein, kõõlusleht, vesikatk, vesikerss ja tarnad, eriti sale tarn. (J. Haberman, T. Timm, A. Raukas, 2008, ,,PEIPSI", lk 234) 2.2 Bakerid ja algloomad Baktereid leidub Peipsi järve vees hulgal, mis on tüüpiline ka teistele järvedele Eestis ja mujal. Tavaliselt mõõdetakse nende arvukust miljonites rakkudes milliliitris. Üldine bakterite
Jõgede kalda ehitusest ja koostisest oleneb kaldataimekoosluste laius ja ilme. Kaldaid palistavad pajustikud ja lepikud. Jõekallastele on iseloomulikud päideroog, allikmailane, luigelill, konnaosi ja laialehine hundinui. Kaldaribast kaugemal esinevad järvkaisel, jõgi-kõõlusleht ja haruline jõgitakjas. Jõgede kaldalähedases ribas esineb sageli suurtest tarnadest koosnev vöönd, samuti ka roogheina, mürkputke, jõgiputke, konnarohtu. Seisva veega soodid e. jõekoolmed sarnanevad taimestikult eutroofsete järvedega, kus kasvab vesiroose ja kollaseid vesikuppe. Jõgede ja ojade vees võib rohkesti leida penikeele liike, nt ujuv penikeel ja hein-penikeel, mis on üsna olulised veekogude kinnikasvamisel, räni-kardheina jt. Kiirema vooluga vetes ka tüüpilisi kividele kinnitunud veesamblaid ja vetikaid (rohe-, sini- ja ränivetikaid) JÕGEDE LOOMASTIK Jõgedes elavad selgrootud on tihti lameda kehaga