· Sigma-abifaktor prokarüootidel soodustab RNA-Pol seost DNA järjestustele · Eukarüootidel regulaatorvalkudeks TF transkriptsioonifaktorid · TF seostub cis-actingutega trans-acting Induktor repressoriga seostuja Attenuatsioon lisakontroll, fine-tuning, toimub translatsiooni tasemel Analüüsimeetodid võõrDNA jälgimiseks: · Hübridiseerimine: (kindla NA järjestuse tuvastamine NA molekulide segust kasutades komplementaarsusel põhinevat üksikahelate paardumist) o Geelis lahutatud DNA/RNA kantakse üle (nailon) membraanile nii , et nad oleksid üksikahelad. o Meid huvitav järjestus märgistatakse radioaktiivselt vm meetodil o Lastakse üksikahelatel omavahel paarduda o Mittepaardunud proov pestakse maha ja NA asukoht tuvastatakse märgise järgi · Sekveneerimine järjestuse määramine
positiivsed osakesed katoodile ja negatiivsed osakesed anoodile. Elektroforees on meetod, kus laetud osakesed liiguvad elektrijuhtivust omavas vedelas keskkonnas elektrivälja mõjul. Geel-elektroforees - DNA kaksikahel liigub geelis elektriväljas kiirusega, mis on pöördvõrdeline log10–ga tema massist (suurusest). 44. Nukleiinhapete hüdrediseerimine Kindla NA järjestuse tuvastamine NA molekulide segust kasutates komplementaarsusel põhinevat üksikahelate paardumist. - Geelis lahutatud DNA/RNA kantakse üle (nailon)membraanile, nii et nad oleksid üksikahelad - Meid huvitav järjestus märgistatakse radioaktiivselt vm meetodil (proov) - Lastakse üksikahelatel omavahel paarduda. - Mitteseostunud proov pestakse maha ja NA asukoht tuvastatakse märgise järgi. 45. Kromotograafia valkude puhastamisel 3 etappi: 1
42.Polümeraasi ahelreaktsioon. PCR. Võimaldab eksponentsiaalselt paljundada uuritavad DNA-d. Põhineb: termostabiilne DNA polümeraas; komplementaarsed praimerid meid huvitavale järjestusele; tsükleerimine (ahelate lahtisulatamine 95o 20 s; praimerite paardumine 50-650 20 s; ahelate sünteesimine 72o 1 min; seda kokku 30-40 korda). 43.Elektroforees. 44.Nukleiinhapete hübridiseerimine. Kindla NA järjestuse tuvastamine NA molekulide segust kasutades komplementaarsusel põhinevat üksikahelate paardumist. 1) geelis lahutatud DNA/RNA kantakse üle (nailon)membraanile, nii et nad oleksid üksikahelad. 2) meid huvitav järjestus märgistatakse radioaktiivselt või muul meetodil. 3) lastakse üksikahelatel omavahel paarduda. 4)mitteseostunud proov pestakse maha ja NA asukoht tuvastatakse märgiste järgi. Kromatograafia. Segu lahustatakse vedelikus - nn ‘’mobiilne faas’’, mis voolutatakse (flow)
elektrivälja mõjul. Geel-elektroforees - DNA kaksikahel liigub geelis elektriväljas kiirusega, mis on pöördvõrdeline log 10– ga tema massist (suurusest). 1. maatriks on agaroos või polüakrüülamiid 2. puhver tagab, et DNA on laetud negatiivselt 3. DNA liigub suunas - + (katoodilt anoodile). 45. Nukleiinhapete hübridiseerimine Kindla NA järjestuse tuvastamine NA molekulide segust kasutates komplementaarsusel põhinevat üksikahelate paardumist. - Geelis lahutatud DNA/RNA kantakse üle (nailon)membraanile, nii et nad oleksid üksikahelad - Meid huvitav järjestus märgistatakse radioaktiivselt vm meetodil (proov) - Lastakse üksikahelatel omavahel paarduda. - Mitteseostunud proov pestakse maha ja NA asukoht tuvastatakse märgise järgi. 46. Kromatograafia valkude puhastamisel Tamme loeng 4, slaid 61 3 etappi: 1
elektrivälja mõjul. Geel-elektroforees - DNA kaksikahel liigub geelis elektriväljas kiirusega, mis on pöördvõrdeline log 10 ga tema massist (suurusest). 1. maatriks on agaroos või polüakrüülamiid 2. puhver tagab, et DNA on laetud negatiivselt 3. DNA liigub suunas - + (katoodilt anoodile). 45. Nukleiinhapete hübridiseerimine Kindla NA järjestuse tuvastamine NA molekulide segust kasutates komplementaarsusel põhinevat üksikahelate paardumist. - Geelis lahutatud DNA/RNA kantakse üle (nailon)membraanile, nii et nad oleksid üksikahelad - Meid huvitav järjestus märgistatakse radioaktiivselt vm meetodil (proov) - Lastakse üksikahelatel omavahel paarduda. - Mitteseostunud proov pestakse maha ja NA asukoht tuvastatakse märgise järgi. 46. Kromatograafia valkude puhastamisel Tamme loeng 4, slaid 61 3 etappi: 1
Rohkem on kasutamist leidnud biotinülatsioon, mida on võimalik avastada avidiinile seotud ensüümi lisamisega. Hübriidi sedastatakse kromogeense substraadi lõhustamise käigus toimuva värvusreaktsiooni abil, mida hinnatakse visuaalselt või spektrofotomeetriliselt. Kemiluminestsentsi kasutatakse kommertsiaalses süsteemis Gen-Probe. ÜHEAHELALISE SIHTMÄRK-DNA VÕI -RNA VALMISTAMINE. Kuna hübridisatsioon baseerub komplementaarsusel, on vajalik, et uuritav nukleiinhape oleks üheahelaline. Samuti on oluline, et sihtmärgiks oleva DNA või RNA primaarne järjestus püsiks muutumatuna. HÜBRIDISATSIOONIREAKTSIOON LAHUSES. Selle formaadi korral on nii sondina kui ka sihtmärgina kasutatav nukleiinhappe ahel vedelas keskkonnas. Vedel keskkond soodustab hübriidide teket, mistõttu reaktsioon kulgeb kiiremini võrreldes tahke formaadiga. HÜBRIDISATSIOONIREAKTSIOON TAHKEL KANDJAL. Sellisel juhul seotakse kas sihtmärgina või
annaabi.ee 
