25. veebruaril jõudsid saksa väed - 8. armee Tallinnasse ning 4. märtsiks Narva (Vt. lisa 8). Saksa okupatsioon kestis 1918.a. veebruarist novembrini. Ajutist Valitsust ei tunnustatud, saadeti laiali rahvusväeosad, osa riigitegelasi vangistati. Majandus allutati Saksamaa vajadustele. Kultuuripoliitika eesmärgiks sai eestlaste saksastamine. Eestis ja Lätis oli baltisakslastel kava moodustada Balti hertsogiriik. Saksa vägede juhatuse poolt määrati Eestimaad valitsema kindralkomando 60 (Lõuna- Eestis s.h. Viljandimaal) ja kindralkomando 68 (Põhja-Eestis s.h. Järvamaal). Maakonnavalitsuste juhiks määrati kindralkommandode käskkirjade alusel ohvitser, kui kreisipealik (Kreishauptmann). Tema oli kindralkomando otsealluvuses ning sai juhtnöörid sealt. Kreisipealiku juures funktsioneeris veel ka nõukogu (Beirat), mille liikmed kreisipealiku ettepanekul kindralkomando poolt nimetati. Kuipalju nõukogu maakonna
Pitka ning kindralid E. Põdder, A. Tõnisson ja A. Larka. Peale sakslaste täielikku lüüasaamist läänerindel hakkab okupatsiooni surve ka Eestis lõdvenema ja Kuperjanov asub elama Tartu, kus tema korterist kujuneb illegaalne kaitseliidu peastaap. 10 Saksa revolutsiooni järel tuleb Tallinnas kokku Eesti Ajutine Valitsus ning tegevust alustab Kaitseliit. Samal ajal püüab Tartus olev Saksa 60. kindralkomando hoida karmil käel võimu veel enda käes, ega taha kuuldagi eestlaste nõudmistest anda korravalve ja selleks vajalik arv relvi kaitseliidule. Olles nimetatud Ajutise Valitsuse poolt Tartumaa Kaitseliidu ülemaks, ilmub Kuperjanov ühel novembripäeval ratsakaitseliitlaste ja relvastatud koolipoiste salkadega Tartu raekoja ette, valmis alustama lahingut, kui sakslased peaksid tegema takistusi kaitseliidu salkade jäämiseks Tartusse. Saksa komandatuuri hoonest jookseb rüsinal välja
Tõnisson lasknud vangistada enamlaste poolt Haapsalusse saadetud sõjarevolutsioonilise komitee ). A. Tõnisson pääses mahalaskmisest vaid õnneliku juhuse tõttu ja sai Brest-Litovski rahu põhjal 1918. aasta märtsi alul tagasi Eestisse. Määrati siin Ajutise Valitsuse poolt Eesti sõjaväes brigadiiriülemaks ja ülendati 12. märtsil kindralmajoriks. Nagu samal päeval ülendatud A. Larka ja E. Põddergi, kuulutati A. Tõnisson ülendatuks Põhja- Eestit okupeeriva saksa 68. kindralkomando ülema kindral Adolf vabahärra von Seckendorffi päevakäsuga. Kohe peale seda aga eestlaste-sakslaste suhted halvenesid ja 5. aprillil tuli A. Tõnissonil seoses eesti sõjaväe laialisaatmisega reservi minna. Vähe sellest. Üha pea sai ta teada, et sakslased on otsustanud teda arreteerida. Kuna soe suvi oli alanud, varjas A. Tõnisson end esialgu metsades, siis aga põgenes Soome Saksa okupatsiooni kokkuvarisemisel tuli, A. Tõnisson 14. novembril 1918 tagasi
Eesti- ja Liivimaa kubermangude üle kehtis 8. Saksa armee võim (AOK 8). Selle armee staabis moodustati spetsiaalne haldusosakond, mis tegeles hõivatud alade juhtimisega, sinna kuulud ka nõukogu, kuhu kuulusid ka Liivimaa- ja Eestimaa baltisakslaste esindus?. Eesti- ja Liivimaa kubermangude ala jagati veel 2 piirkonnaks - piiriks vana Liivimaa ja Eestimaa piir: Eestimaa kubermang oli allutatud 68. AK, mille eesotsas seisis kindralkomando Adolf Seckendorf, Liivimaa kubermangus tegutses seevastu 60. AK (armeekorpus), eesotsas kindralleitnant Günther von Pappritz'iga. Tallinn, Narva ja Tartu - nimetati linnakreisideks. Beirat - nim ametisse Saksa sõjaväe käskimisel. Maakondadest väiksemad üksused hakkasid kandma nimetust Antsbezirk (ringkond, kihelkond - piirid kattusid kiriku kihelkondade piiridega). Igale ringkonnale määrati ringkonna eestseisja, kelleks sai selles paigas elanud baltisaksa mõisnik