nukleosoomi. Need keerduvad solenoidideks moodustades 30 nm läbomõõduga filamente, mis omakorda moodustavad silmuseid. 18 silmust keerduvad rosettideks, reastatud rosetid = kromosoom 11. Kuidas mõjutab kromatiini struktuur transkriptsiooni? a. Mida tihedamalt on kromatiin kromosoomis pakitud, seda raskem on tema pealt DNAd transkribeerida. 12. Kirjelda DNA struktuuri mõju geenide aktivatsioonile/inhibitsioonile. 13. Kirjelada kromatiini immunosadestamismeetodit. 14. Mis on kromatiini metüleerimise tähtsus? a. Selleks, et lõdvendada sidemeid on vaja kromatiini metüleerida et tekiks null- b. laeng ja sidemed katkevad, suht palju mängivad rolli ka nõrgad laengud, aga nii c. pea kui tugevad laengud on ära lõigatud, siis kromatiini sidemed lõdvened, ja bio- d. molekulid saavad siis sinna ligi pugeda. 15. Milleks kasutatakse FISH analüüsi? a
Heterokromatiini-seoseline repression toimub telomeeridel, kus erinevad valgud, mis interakteeruvad üksteisega ja histoonide H3 ja H4 hüpoatsetüleeritud N- terminustega, moodustavad neis alades represseeriva kromatiini struktuuri. Vms. 6 29. Kirjelda DNA struktuuri mõju geenide aktivatsioonile/inhibitsioonile. Jälle ei saa aru, mida siin tahetakse (kas kaksiheeliksi mõju v?) pmst nagu eelmine küsimus... 30. Kirjelda kromatiini immunosadestamismeetodit. Kromatiini immunosadestamine (Chromatin immunopresipitation) võimaldab jälgida valk-DNA interaktsioone üle terve genoomi ning seeläbi võimaldab leida transkriptsioonifaktorite seostumisi in vivo ja seeläbi anlüüsida regulatoorseid võrke. Valk koos kromatiiniga on rakulüsaadis ajutiselt seotud, siis DNA-valk kompleks lõigutakse ja DNA fragmendid seotud uuritava valguga seejärel immunosadestatakse. Siis need DNA lõigud puhastatakse ja leitakse nukleotiidne järjestus
Histooni atsetüleerimine on ka oluline protsess. HAT (ja näiteks ka CREB-siduv valk) dissotsieerivad DNA histoonikompleksi küljest, aktiveerides nii transkiptsiooni. DNA metülatsioon ja HDAC aga põhjustavad geenidde vaigistamist. Nende kahe kombinatsioon tundub olevat signaal DNA-le, et see pakiks end rohkem kokku ja inhibeeriks geenide ekspressiooni. 9 32. Kirjelda kromatiini immunosadestamismeetodit. Kromatiini immunosadestamise meetod paljastab atsetüleeritud staadiumi kromatiini histoonides. Histoonid on in vivo kergelt risti DNA-sse lülitatud kasutades rakku läbistavat, pööravat, keemiliselt ristilülitavat ainet. Nukleosoomid atsetüleeritud histoonide sabadega on näidatud rohelisega. 1. Ristilülituv kromatiin isoleeritakse ja lõigatakse keskmise pikkusega kaks kuni kolm nukleosoomi. 2. Lisatakse antikeha, mis on konkreetse atsetüleeritud histooni saba järjestuse vastu ja (3
multivalkkomplekse sellel geeniregulaatoralal ja replikatsioonile osalevad eukarüootse rakutsükli regulatsioonis. Mis on MARid ja nende tähtsus? Matrix-attachment regions, alad kromatiinikiududel, mis seonduvad võrgustikule (maatriksile), organiseerivad kromatiini struktuurseteks domeenideks (lingudeks), neil on oluline roll geeniekspressiooni reguleerimisel, hoiavad ära DNA vaba liikumise tuumas. 15. Kirjelda kromatiini immunosadestamismeetodit. Kromatiinseoseliste valkude ja DNA vahele luuakse ristsidemed, rakud lüüsitakse, neis olev DNA tükeldatakse restriktaasidega, lüsaadile lisatakse huvitava valgu spetsiifiline antikeha, moodustub stabiilne antikeha-valk- DNA kompleks, mida on lihtne eraldada, seejärel eemaldatakse valk-DNA kompleks ja nende vahel olevad ristsidemed lõhutakse, proteinaasiga töötlemise järel on lahuses valgud ja DNA
annaabi.ee 
