Eksonukleaas Endonukleaas: üheahelaline DNA RecA (Rec51 eukarüoodil) vahendatud invasioon Äralõigatud osa resüntees homoloogse DNA alusel Holliday ristumine (crossover points) Ristumiskohad lõigatakse katki: kaks erinevat kleepumisvõimalust Holliday ristumine: a)Homoloogsed DNA-d joonduvad (b) Lõiked kummagi DNA ühes ahelas ( endonukleaas lõikab) (c) lõigatud ahelad ristuvad ja moodustub Holliday struktuur (d) DNA ahelate liikumisel moodustuvad heterodupleks regioon ( Holliday struktuur x-kujuline) (e) Holliday struktuuri lahenemine. DNA-d võidakse lõigata, nii horisontaal-, kui vertikaal suunas (f) vertikaalsel lõike tulemusena toimub f-f' and F-F' regioonide krossover. Heterodupleks piirkond likvideeritakse DNA reparatsiooni süsteemi poolt. (g) horisontaalse lõike puhul krossoverit ei toimu, kuid võib toimuda geeni konversioon (üks allel läheb kaotsi)
k. "mottled plaques"). T2 r ja r+ faagide ristamisel tekitas järglaskond ka laike, millel esines samaaegselt nii metsiktüübi kui ka mutantse faagi laikude omadusi. Selline morfoloogia saab ilmneda ainult siis, kui mõlemad alleelid on korraga esindatud. Heterodupleksi moodustumine on DNA rekombinatsiooni üks vaheetappe. Faagide ristamisel võib r ja r+ molekulide rekombinatsiooni tulemusena r lookuses moodustuda heterodupleks, kus üks DNA ahel sisaldab r alleeli ning teine r+ alleeli. Heterodupleksit sisaldava DNA molekuli replikatsioonil toimub lahknemine, üks tütarmolekul kannab r ja teine r+ alleeli. Eukarüootne viirus HIV. 1981. a. kirjeldati Los Angeleses ja New York'is homoseksuaalsetel meestel immuunpuudulikkusest põhjustatud haruldast kopsupõletiku vormi (haigustekitajaks parasiit Pneumocystis carinii, millega normaalne immuunsüsteem toime tuleb) ja Kaposi sarkoomi, mis on samuti haruldane haigus
SSCP punktmutatsioonide tuvastamiseks (90% 1 nukleotiidi vahetustest leiab üles). 1- ahelaline geenifragment amplifitseeritakse, denatureeritakse, kantakse mittedenatureerivale polüakrüülamiidgeelile, kus ta paardub iseendaga, võttes ühe neljast võimalikust kõige vähem energiat nõudvast konformatsioonist. Erineva konformatsiooni tõttu liiguvad liiguvad jupid geelis erinevalt kõige rohkem pakitud versioon kõige kiiremini. Heterodupleks test segad kontrollDNA paljude teistega kokku, kuumutad ja paned geelile. Ahelad hübridiseeruvad, mittesobivuse korral tekib ahelasse mull (mutatsioonide korral). Mulliga liiguvad tavaliselt aeglasemalt ja on geelis ootamatute kohtade peal. RFLP ensümaatilisel restriktsioonil põhinev polümorfismide analüüs. Esinevad polümorfismid, mis tekitavad või kaotavad restriktsioonisaite. Regioon amplifitseeritakse ja pannakse restriktaas juurde
Osa selliseid mutatsiooone olid kiiresti kaduvad, st terad muutusid jälle punasteks. Punase värvi kadumist põhjustab transposon Ac-Ds. Transposoonid sisaldavad 1-2 geeni (bakteritel tavaliselt mingi antibiootikumiresistentsuse geen, eukarüootidel introneid sisaldavad geenid). Transposonid sisaldavad ka transposaasi geeni. Transposaas lõikab elemendi välja ja seob transposooni uude sihtkohta DNA-s, st transpositsioon toimub cut-paste meetodil. (heterodupleks ei moodustu, pole vajalik transposooni tiibade ja insertsioonikoha nukleotiidse järjestuse homoloogsus) Samuti on võimalik elemendi kopeerimine ja uude kohta lülitamine (copy-paste meetod) Umbes pool spontaansetest mutatsioonidest Drosophila'l on põhjustatud mobiilsete elementide sisenemisest, millest suurem osa on retrotransposoonid aga mõned ka transposoonid. Pro- ja eukarüootide transposoonid ei
· Ligaas ahelreaktsioon (LCR) · Valgu lühenemise test (PTT) · Otsene sekveneerimine 16.Dünaamiliste mutatsioonide tuvastamine 28 Dünaamiliste mutatsioonide tuvastamine(trinukleotiidkordused) Molekulaardiagnostiliste meetodite võrdlus: Southern blot: -eelised: Parim tuvastamaks suuri genoomseid muutusi -puudused: Töömahukas, vajab palju lähtematerjali Sekveneerimine: -eelised: Tuvastab kõik muutused -puudused: Kallis Heterodupleks analüüs: -eelised: Lihtne ja odav -puudused: Puudulik tundlikus,Väikesed fragmendid dHPLC: -eelised: Kiire ja kvantitatiivne -puudused: Kallis, ei selgu asukoht SSCP: -eelised: Lihtne ja odav -puudused: Väikesed fragmendid DGGE: -eelised: Kõrge tundlikus -puudused: Kallid praimerid 17.TaqMan ja Molecular Beacon töötamisprintsiip Homogeensed hübridisatsioonitestid kasutades reaalaja PCR-d ja fluorestsentsil põhinevat detektsiooni: -Tuntumad TaqMan ja Molecular Beacon proovid
Homoloogiliste kromosoomide vahel toimuva rekombinatsiooni käigus moodustub struktuur, kus tütarkromatiidide DNA ahelad on teineteisega risti Holliday struktuur. Tütarkromatiidide lahutamisel riststruktuur roteerub ja DNA ahelatesse tehakse kaks katket: Ristsiire toimub juhul, kui roteerunud Holliday struktuuri tehakse katked vastasahelatesse. Samasse ahelasse katkete tegemisel toimub vaid väike ülekanne (moodustub vaid väike heterodupleks). 79. Komplementatsioonitesti rakendus, selle erinevus rekombinatsioonitestist. Komplementatsioonitesti piirangud. · Komplementatsioonitest näitab kas mutatsioonid on alleelsed ehk kas nad paiknevad ühes ja samas geenis. Jälgitakse, kas ristamisel saadud heterosügoodid on mutantse fenotüübiga või komplementeeritud, metsiku fenotüübiga. · Rekombinatsioonitestis aga uuritakse, kas mutatsioonid on aheldunud (asuvad samas
trranskriptsioon. See peatub kui ahelas on üle 10 ribonukleotiidi. Promootori ülesvoolu järjestused täh. "-" märgiga; allavoolu "+" märgiga.Transkriptsiooni initsiatsiooni punkt on +1, milleks tavaliselt puriinalus. 111. RNA ahela elongatsioon prokarüootidel. Elongatsioon - RNA ahela pikendamine. Transkriptsiooni mull 18 nukleotiidi paari pikk; 40 ribonukleotiidi RNAsse sekundis. RNA polümeraas ise keerab ettepoole lahti ja sulgeb tagantpoolt jälle DNA kaksikheeliksi. Lühike DNA/RNA heterodupleks RNA sünteesi alguses. Ilmselt vaid 3 nukleotiidi paari. RNA sünteesi suund = DNA sünteesi suund. Prokarüootidel tihti transkriptsioon, translatsioon ja mRNA degradatsioon samaaegselt. 112. RNA ahela terminatsioon prokarüootidel. Rho sôltuv ja rho sôltumatu terminatsioon. Terminatsioon - RNA ahela sünteesi lôpetamine. Vajalik teminatsiooni siho sõltumatu terminatsion. G-C rikas piirkond, millele järgneb 6 või rohkem A:T paari, kus A-d on matriitsahelas.
Sellist protsessi nimetatakse DNA denaturatsiooniks. Kui üksikahelaid sisaldava lahuse temperatuuri uuesti langetada, paarduvad komplementaarsed ahelad uuesti. Sel juhul on tegemist renaturatsiooniga. Kui denatureeritakse ja renatureeritakse DNA molekulide segu, kus DNA molekulide nukleotiidses järjestuses on erinevusi, võivad renaturatsiooni käigus liituda DNA ahelad, mis ei ole teineteise suhtes täielikult komplementaarsed, s.t. nad ei ole 100%-liselt homoloogilised. Sel juhul moodustub heterodupleks, kus on paardunud ainult komplementaarsed lämmastikalused ning seal, kus homoloogia puudub, jäävad DNA ahelad üksikahelalisteks. Kromosoomide struktuur Viiruste genoom Üldjuhul on viiruse pärilik informatsioon säilitatud ühe nukleiinhappe molekulina, milleks on kas DNA või RNA. Seega võib öelda, et viirustel on üks kromosoom. Viiruse genoomiks on kas üksik- või kaksikahelaline DNA või RNA molekul. Erinevate viiruste genoom varieerub mõnest tuhandest kuni
Sellist protsessi nimetatakse DNA denaturatsiooniks. Kui üksikahelaid sisaldava lahuse temperatuuri uuesti langetada, paarduvad komplementaarsed ahelad uuesti. Sel juhul on tegemist renaturatsiooniga. Kui denatureeritakse ja renatureeritakse DNA molekulide segu, kus DNA molekulide nukleotiidses järjestuses on erinevusi, võivad renaturatsiooni käigus liituda DNA ahelad, mis ei ole teineteise suhtes täielikult komplementaarsed, s.t. nad ei ole 100%-liselt homoloogilised. Sel juhul moodustub heterodupleks, kus on paardunud ainult komplementaarsed lämmastikalused ning seal, kus homoloogia puudub, jäävad DNA ahelad üksikahelalisteks. Kromosoomide struktuur Viiruste genoom Üldjuhul on viiruse pärilik informatsioon säilitatud ühe nukleiinhappe molekulina, milleks on kas DNA või RNA. Seega võib öelda, et viirustel on üks kromosoom. Viiruse genoomiks on kas üksik- või kaksikahelaline DNA või RNA molekul. Erinevate viiruste genoom varieerub mõnest tuhandest kuni
RNA-sse lülitatav nukleotiid on U rikas. Võib moodustada juuksenõela struktuuri ja kui on piisavalt stabiilne, tekib kaheahelaline RNA aktiivtsentris - sellega RNA polümeraas ei seondu. Sünteesi käigus hoiab RNA polümeraas enda käes 8-nukleotiidilist heterodupleksi (RNA ja DNA hübriid). Juuksenõelastruktuur peab olema piisavalt pikk, et dissotseeruda RNA polümeraasi kompleks DNA-lt. Kaksikahel (RNA-RNA – juuksenõela moodustumisel) on stabiilsem kui RNA-DNA heterodupleks. Sellise järjestuse puhul kus on AT paar, selle koha pealt võib RNA kergelt dissotseeruda ja produkt vabaneb. Siis ka süntees katkeb. Rho sõltuv faktor moodustab heksameere ja seondub RNA-ga. Liigub mööda ahelat kuni RNA polümeraasini, kui selles on sünteesitud kindel järjestus (mis on rho-le ATP hüdrolüüsi signaaliks), tunneb järjestuse ära. Moodustab heksameerse kompleksi ja äratundmisjärjestusega suunab RNA ahela lõikamise. RNA ahel vabastatase transkriptsioonikompleksist
annaabi.ee 
