Agaroosi pulber: 300 × =4,5 g EtBr: =0,0015 ml=1,5 µ l 100 10000 , aga meie paneme EtBr 2x rohkem, kuna õppejõud ütles nii. Parem karta kui kahetseda. Töö käik: Lahustame agaroosi pulbri TAE puhvris Kuumutame seda mikrolaineahjus, et kõik pulber lahustuks Jahutame ja seejärel lisame EtBr. Kanname segu geelialusele, kuhu on eelnevalt lisatud hammaste tekkimiseks „kamm“ Jälgida, et mulle ei tekiks ja eemaldada need. Millise % geeli valasime? Miks? Vaatasime lk 32 olemat tabelit nr. 6 ja otsustasime teha 1,5% geeli. Tabel näitab, et see geel sobib DNA’le pikkuses 0,2-3kb ja see on igati sobilik kõigi grupis olevate inimeste DNA lahutamiseks, kuna meie DNA’de pikkused jäid vahemikku 0,3-1,6kb. Mis juhtub kui unustame EtBr lisada? Kas olukorda saaks parandada?
olema noolega märgitud kohas). Põhjuseks võib olla ebatäpsus. Edasiseks tööks sain L-Envo pEGFP-C2. 2. PCR-i produkti puhastamine a) Kaalusime 1,5g agaroosi, viisime mahu TAE puhvriga 100ml-ni ja kuumutasime segu mikrolaineahjus, kuni agaroos täielikult lahustus. Seejärel jahutasime lahust ringjate liigutustega loksutades. Jahtunud segule lisasime 0,5l EtBr, loksutasime ning valasime lahuse geelialusele. Lasime geelil tarduda. b) Kuna produktide pikkus varieerus 300-2000 bp vahel, siis valmistasime 1,5% agaroos geeli. Mida pikemad produktid, seda lahjem peab olema geel, ning vastupidi. c) Kontrollgeeli valasime selleks, et hinnata, kas puhastamine on olnud efektiivne. Kui segusse on jäänud peale soovitava produkti muid jääke, on kontrollgeeli pildil näha peale õige pikkusega lõigu ka teisi bände. Kui aga geelil õige pikkusega bänd puudub, võib arvata, et
DNA lahutamisel kasutatakse agaroosi (disahhariid, koosneb D-galaktoosist ja 3,6-anhüdro-L-galaktoosist). 1. päev: kasutatava agaroosgeeli kangust arvutatakse võttes arvesse oodatava produkti pikkust. Meie kasutasime 1% geeli. Segasime kokku 100 ml TAE puhvrit, 1 gr agaroosi ning kuumutasime mikholaineahjus sulamiseni. Jahtunud geelisegule lisasime1 μl EtBr, mida kasutatakse DNA visualiseerimiseks. Valasime lahus geelialusele ning jätsime tarduma järgmise praktikumini. 2. päev: lisasin PCR segule 4 μl 6x DNA värvi, et DNA nähtav oleks, ning kandsin kogu segu TAE geelile (hambasse). DNA lahutamine toimub elektrivoolu toimel (100 V 15 min) 25. 26. 27. 28. 29. 30. Kuna minu produkt ei ole üldse geelipildil nähtav, võin järeldada, et midagi tegin valesti PCR reaktsiooni teostamisel (nt. viga pipeteerimisel või mingi muu viga). Sain geelitükki teiste plasmiidi ja praimeritega. 31
Tausta helenduse vähendamiseks võib EtBr-ga värvitud geeli loputada 20 min toatemperatuuril destilleeritud vees. • Polüakrüülamiidgeelide hõbetamist. See on tehniliselt keerulisem kui EtBr-ga värvimine, kuid samas tundlikum. Geelelektroforeesi protokoll MATERJALID JA APARATUUR PUHVRID JA LAHUSED. • Agaroosgeel saadakse agaroosi kuumutamisel koos puhvriga, kuni lahus on selge ja läbipaistev. Seejärel valatakse agaroosilahus geelialusele ja lastakse tarduda. • Elektroforeesipuhver (tavaliselt 1× TAE või 0,5× TBE). • Etiidiumbromiid, • Geeli pealekandmispuhver (gel loading dye) MOLEKULMASSI MARKER. • DNA suurusmarker (size standard). Teadaoleva suurusega DNA proovid saadakse tavaliselt plasmiidi või bakteriofaagi DNA lõikamisel restriktsiooniensüümidega. Hea oleks omada nii kõrgmolekulaarmassiga 1 kb - >20 kb fragmendi pikkusega standardit kui ka madala
annaabi.ee 
