saadi mitu kaksikahelalist DNA-d üks neist sisaldas geeni GH1 Restriktaasid Et teada saada, milline DNA sisaldab GH1 geeni järjestust, geenid kloneeriti sisestati plasmiidi Paljunesid koos plasmiidiga Selleks: * eraldati bakteri plasmiidid * lõigati restriktaasidega Restriktaasid tunnevad ära teatud kindla järjestuse palindroomi: "Madam I´m Adam" Mõlemalt poolt lugedes sama info palindroom Ühe ahela 5`- 3` suunas GAATTC, vastasahela 5`- 3` suunas GAATTC Kõige tuntum restriktaas - EcoR1 Ei lõika DNA kahte ahelat korraga otse aluspaaride vahelt, vaid nii, et jäävad üksikahelalised osad kleepuvad otsad Need seonduvad teiste fragmentide kleepuvate otstega Restriktaasid Looduses restriktaasid bakterile vajalikud lõikavad katki rakku sisenenud viiruse DNA Bakteri kromosoomi ei lõika, see metüleeritud,
suurune kromosoom. Kromosoom ei jõua kaheahelaliseks minna. 10. Miks RNA töötlus? RNaasi töötlus aitab veelgi puhtamaks saada puhastatavat DNA lahust. RNaas lagundab RNA rakkudes. 11. Millist tüüpi restriktaase kasutame? tüüp 2 - lõike- ja seondumissait kattuvad. Lõikavad vaid dsDNA-d (ainult ds lineariseerub, ss jääb tsirkulaarseks - tsirkulaarne jookseb geelil kiiremini - saab neid eristada). Tunneb ära 6-nukleotiidilise järjestuse GAATTC. Vajab tööks Mg ++. Lõigatud otsad jäävad üheahelaliseks (aka. kleepuvad otsad). 12. Miks ei või geeli vette teha vaid peab puhvrisse panema? Agaroosgeel peab olema tehtud puhvrisse, sest kui seda jooksutada ka puhvris ja kui geel on tehtud vette, siis Tris puhver tõmbab geelist vee välja. Tagab stabiilse pH. Oluline, sest DNA/RNA laeng sõltub keskkonna pH-st. 13, Miks kasutatakse laadimispuhvrit ja mis on see tavaliselt?
DNA fragmentide katalüütiline HaeIII 5´...GGCC... 3´ fragmenteerimine leiab laialdaselt 3´...CCGG... 5´ rakendust DNA analüüsil baseeruv HinfI 5´...GANTC...3´ identifitseerimine 3´...CTNAG...5´ EcoRI 5´...GAATTC...3´ 3´...CTTAAG...5´ KpnI 5´...GGTACC...3´ 3´...CCATGG...5´ FokI 5´...GGATG(N)9...3´ 3´...CCTAC(N) ...5´ Nukleoproteiidsed kompleksid supramolekulaarsed valkude ja nukleiinhappe kompleksid Viirused Kromosoomid Ribosoomid Ribonukleoproteiidsed ensüümid jt Viirused Stabiilsed infektsioossed partiklid, mille koosseisu kuulub nii valk kui nukleiinhape
Rakus lagundatakse võõrast DNA-d, mis ei ole antud bakteritüve restriktaasi eest kaitstud E. coli tüves RI on kirjeldatud restriktaas EcoRI ja sellele vastav metülaas, mis metüleerib adeniini restriktaasi poolt äratuntavast järjestusest GAATTC Bakterifaagi DNA modifitseerimine Vahetult pärast faagi varajaste geenide avaldumist lagundatakse bakteri DNA faagi poolt kodeeritud endonukleaaside abil Faagi enda DNA on lagundamise eest kaitstud, kuna sisaldab hüdroksümetüültsütosiini (HMC) tsütosiini (C) asemel Faagi poolt kodeeritud ensüüm viib tsütosiini HMC-ks
● PCR puhver + vesi – keskkond reaktsiooni läbi viimiseks. 137. Restriktaasid, nende funktsioon bakterites ja nende kasutus DNA analüüsimisel Tegemist on bakteriaalset päritolu ensüümidega, mis on bakterites oluliseks viirusvastaseks kaitsemehhanismiks. Restriktaasid tunnevad ära kindlaid DNA järjestusi ja järjestusega seondumise järel lõikavad DNA ahela katki. Näiteks tunneb tuntumaid sedalaadi ensüüme EcorI DNA ahelas spetsiifiliselt ära järjestuse GAATTC, seondub ning lõikab DNA G ja A nukleotiidide vahelt katki. Kuna DNA koosneb kõigis organismides samadest nukleotiididest, on restriktaase võimalik kasutada ka imetajate genoomi analüüsimiseks. Restriktaasiga töödeldud DNA ahelast tekkinud erineva pikkusega fragmendid lahutatakse teineteisest geelelektroforeesi (vt allpool) abil. Sel moel on võimalik teha indiviiditi kindlaks, kas vaadeldud piirkonnas esineb indiviidide vahel erinevusi
annaabi.ee 
