Fenool, tasakaalustatud TE-ga (NB! Fenooli pipeteerida ainult kummikinnastes ja tõmbe all!). 70% ja 95% Etanool. 1 M Na-atsetaat (NaOAc), pH 5,5 (lisatakse DNA sadestamiseks) Agaroos (FMC) 1 x TBE foreesi puhver (TBE, 50 mM Tris-boraat, pH 8,3; EDTA-Na2) 1 x TBE foreesi pealekandmis-puhver (5 x TBE, 20% glütserool, 0,01% Broomfenoolsinine) EtBr 5 g/l (pipeteerida kummikinnastega, kantserogeenne) NB! Enne tööle asumist lugeda läbi fenooli ja etiidiumbromiidiga töötamise ohutuseeskiri (http://geen.ttu.ee/?id=10705, vt punkt C6. Fenooli ja etiidiumbromiidiga (EtBr) töötamine). Töö käik: 7 (1) Vala ~1,4 ml bakteri ON kultuuri tuubi, sule tuub ja tsentrifuugi maksimaalsel kiirusel 1 min. Tuubid asetada tsentrifuugi nii, et tuubi ja kaant ühendav osa jääks väljapoole.
Fenool, tasakaalustatud TE-ga (NB! Fenooli pipeteerida ainult kummikinnastes ja tõmbe all!). 70% ja 95% Etanool. 1 M Na-atsetaat (NaOAc), pH 5,5 (lisatakse DNA sadestamiseks) Agaroos (FMC) 1 x TBE foreesi puhver (TBE, 50 mM Tris-boraat, pH 8,3; EDTA-Na2) 1 x TBE foreesi pealekandmis-puhver (5 x TBE, 20% glütserool, 0,01% Broomfenoolsinine) EtBr 5 g/l (pipeteerida kummikinnastega, kantserogeenne) NB! Enne tööle asumist lugeda läbi fenooli ja etiidiumbromiidiga töötamise ohutuseeskiri (http://geen.ttu.ee/?id=10705, vt punkt C6. Fenooli ja etiidiumbromiidiga (EtBr) töötamine). Töö käik: 6 (1) Vala ~1,4 ml bakteri ON kultuuri tuubi, sule tuub ja tsentrifuugi maksimaalsel kiirusel 1 min. Tuubid asetada tsentrifuugi nii, et tuubi ja kaant ühendav osa jääks väljapoole. Tuubi selline asetus on vajalik selleks, et pärast fuugimist meile oleks selge kus kohas tuubis on sade.
Need gelid on molekulaarseks sõelaks, kus suuremad fragmendid liiguvad aeglasemalt ja väiksemad kiiremini. Agaroosgeele on parem kasutada suuremate DNA fragmentide eraldamiseks, polüakrüülamiidgeele aga väikeste DNA lõikude ja valkude puhul. Polüakrüülamiidgeelis on nukleiinhappel laengu esinemise tõttu väikseimaks erustuvaks üksuseks üks nukleotiid, polüpeptiidahelal aga umbes 10 aminohapet. Agaroosgeeli värvimisel etiidiumbromiidiga läheb see interkaleeruv värvaine DNA kaksikheeliksi nukleotiidide vahele ning DNA fragmente UV valgusega valgustades on need geelis nähtavad roosade helendavate triipudena. 50. Nukleiinhapete hübridiseerimine. In situ koloonia- ja faagilaikude hübriidimine on teiseks käsitlusviisiks rekombinantse DNA selektsioonil. Kolooniahübridiseerimise meetodit kasutatakse peale plasmiidide ka kosmiididega konstrueeritud klonoteekide puhul. Faagilaikude
mis on suuteline sünteesima komplementaarset ahelat kõrgel temperatuuril (72ºC), samuti ei denatureeru ta korduvate tsüklite vältel 94ºC juures. Igast sihtmärk- DNA-st tekib esimese tsükli järel 2 ahelat, järgmises tsüklis tekib kahest ahelast 4, kolmanda tsükli ajal neljast ahelast 8 jne. Kasv toimub geomeetrilises progressioonis. 30-40 tsükli vältel tekib 107-108 uut koopiat. PCR PRODUKTI DETEKTEERIMINE toimub geel-elektroforeesiga. Peale elektroforeesi geel värvitakse etiidiumbromiidiga, mis DNAga seostudes helendab UV kiirtes. Elektroforeesi teostamisel lisatakse geelile molekulmassi marker, mis on kommertsiaalsed DNA fragmentide segud, mille iga lõigu pikkus on teada. Võrreldes amplikoni paiknemist molekulmassi markeri bändide suhtes on võimalik ligikaudselt hinnata amplikoni suurust. Joonis 2. PCR põhimõtteline skeem. (A) Esimeses
annaabi.ee 
