Naised lasti maha Rae metsas 2. novembril, kõik lapsed hukati samal ajal sünagoogis. Ligi tuhandest Eestisse jäänud juudist pääses vähem kui tosin inimest. "Hukkamisi korraldas Eesti Poliitiline Politsei," on ajaloolase Meelis Maripuu seisukoht. Maripuu osales Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Rahvusvahelise Komisjoni töös. "Juutide mahalaskmisi Pärnus teostasid poliitilise politsei eestlastest töötajad ja Omakaitse liikmed. Oli moodustatud 30meheline erikomando kapten Villem Raidi ja Arkadi Valdini juhtimisel, kes pidi poliitilise politsei määratud surmanuhtlused täide viima. Seitset selle komando liiget on karistatud surmanuhtlusega," teeb Maripuu kokkuvõtte. Päris esimene hukkamisteade pärineb aga 26. juunist. 11. septembril 1941, andis Saksa Julgeolekupolitsei ja SD Eestis korralduse, millega keelati juutidel "vahetada elukohta, käia kõnniteel, kasutada liiklusvahendeid, käia teatris, kinos, muuseumis, koolis"
Moodustati neli sellist üksust. Operatiivgrupp A SS-Brigadeführer dr. Walter Stahleckeri juhtimisel liikus koos väegrupiga „Nord“ ja oli ette nähtud tegutsema Balti riikides ning Põhja-Venemaal. Operatiivgrupp A jagunes neljaks komandoks, neist 31 Eestisse suundus erikomando (Sonderkommando) 1a SS-Sturmbanführer Martin Sandbergeri juhtimisel. Detsembrist 1941, kui Eesti territoorium anti Saksa sõjaväevõimudelt üle tsiviiladministratsiooni juhtida, formeeriti selle baasil Saksa Julgeolekupolitsei ja SD (Jupo ja SD) Eestis. 15. septembril 1941 asus Saksa sõjaväevõimude korraldusel tööle Hjalmar Mäe juhitav Eesti Omavalitsus. Üldise korra tagamiseks organiseeriti politseiaparaat, mille struktuuri ja koosseisu aluseks võeti üldjoontes
ütelnud seepeale, et kõrvade ja nina lõikamiseks peab esitama kirjaliku palve ja minema sellega pataljoni arsti juurde. Selgus, et küsija oli Leningradi kunstiüliõpilane (Sammet 1999, 163 jj.). Nii oli küsimus ehk põhjustatud Soome Talvesõjaaegsetest hirmulugudest Nõukogude Liidus. Dessandipäeva hommikul toimus punaarmeelaste segadusse ajamiseks ka pettemanööver ,,Südwind", mille käigus imiteeriti rünnakut Saaremaa lõunarannikul Kõiguste lahe piirkonnas. Samal päeval toimus erikomando ,,Benesch" dessant Kübassaare poolsaarele eesmärgiga hävitada seal paiknev kauglaskesuurtükkide patarei. Merelt lähenev dessant löödi Nõukogude vägede poolt tagasi. Osa dessandist maandati purilennukitel, kuid nende maandumine ebaõnnestus ja satuti valesse kohta. Nõukogude tagalasse tule alla jäänud üksusel õnnestus järgmisel päeval kummipaatidel saarelt lahkuda (Melzer 1960, 42 jj.).
Represseeriti Nõukogude okupatsioonivõimude kuritegude eest- Ulatuslikum kommunistide, komnoorte, täitevkomiteelaste, militsionääride, hävituspataljonlaste interneerimine ning hukkamine. Hiljem suunati repressioon rahvuslaste, anglofiilide, sõjavastaste ja sundnorme mittetäitvate talupoegade vangistamine. Repressiiviasutused: 1941. aasta suvel teostas Balti ruumis repressioone spetsiaalüksus, mille ülem oli Walter Stahlecker. 105-liikmeline erikomando kandis vastutust Eesti territooriumi puhastamise eest. Pärast tsiviilvalitsuse moodustamist loodi Eestis Julgeolekupolitsei ja SD, mis allus Heinrich Himmleri üldjuhtimisele. Sandberger oli Litzmanni järel tähtsuselt teine, kes otsustas elu ja surma üle. Juutide hävitamine: Natside rassiteooria lahutumatuks osaks oli aarialaste ja saksa rahva jaoks ohtlike ja tarbetute rahvusgruppide hävitamine. Esmaseks prioriteediks kujunes juutide tapmine
Andmed näitavad, et Eesti tootis tähelepanuväärsel hulgal toiduülejääke, kuid normaalseid sissetulekuid maha surudes tekitasid sakslased elanikkonna seas laialdase alatoitumuse. Repressiivasutused, juutide ja mustlaste hävitamine, repressioonid kommunistide ja rahvuslaste vastu, nõukogude sõjavangide olukord. 1941. aasta suvel-sügisel SS-Sturmbannführer Martin Sandbergeri juhtimisel tegutsenud erikomando Sonderkommando 1a osakomandod (Teilkommando) asutati kõigis Eesti piirkondades: Erinevus nõukogude NKVD ja Saksa Gestapo tegevuses seisnes aga selles, et NKVD kätte sattunuil ei olnud enam mitte mingisugust lootust enda süütust tõestada ja nende küüsist vabaneda. Gestapo aga võttis sageli tunnistajate ütlusi ja argumenteeritud süütuse tõendeid arvesse ja vabastas süüdistatava 1. juulil nimetas Saksa julgeolekupolitsei Eestit esimesena okupeeritud idaaladest juudivabaks