a. Sidumine proksimaalse elemendi teatud järjestusele stimuleerib peatunud RNA-polII jätkama elongatsiooni ja indutseerib kiiret reinitsiatsiooni uute RNA-polII molekulidega. 19. Mida tähendab väljend "kasutades lacZ reporterina" ja mis analüüsi- meetodiga on tegu? Transgeenne analüüs. a. Reportergeen viiakse uuritavasse rakku... 20. Defineeri enhancer ja loetle enhanceri omadused. Missuguseid analüüsi-meetodeid kasutatakse enhanceralade tuvastamiseks? a. Enhancer lühike DNA ala, mis seob aktivaatoreid (valgud), initsieerib transkriptsiooni läbi mediaatorkompleksi. b. Tuvastamiseks kasutatakse linkerskaneeritud, mutatsioon analüüs/geelelektro-foreesi ja autoradiograafiat, footprinting. 21. Nimeta vähemalt 3 üldist bioloogilist protsessi, kus enhancerite aktiivsusega kontrollitakse geen ekspressiooni tasemeid? a. Splaissing, translatsioon, transkriptsioon. 22
a) mitmed TF'd, ntks STAT valgud, peavad olema fosforüülitud, et saaks DNA'ga siduda. 14. Mis on sidumissait? ja mille poolest ta a) sarnaneb, b) erineb TATAbox-st? DNA sidumissait on igasugune regioon DNA'l, kuhu teised molekulid võivad seonduda. Ka TATA-box on sidumissait, mis on alati promootor-regioonis ja on sidumissaidiks RNAPolII'le. 15. Defineeri enhancer ja loetle enhanceri omadused. Missuguseid analüüsimeetodeid kasutatakse enhanceralade tuvastamiseks? Enhancer on lühike DNA lõik, kuhu saavad seonduda valgud, et võimendada geenide transkriptsiooni taset geeniklastris. Asetsevad nad geenide proksimaalsest promootorist tuhandete aluspaaride kaugusel, võivad asuda intronites või isegi viimasest eksonist veel allavoolu. Enhancerid on eukarüootidele väga iseloomulikud, samas prokarüootides peaaegu puuduvad. Nad võivad käituda regulaatoritena ka ümberkeeratult (inverted) ja on tihti
6. Defineeri enhancer ja loetle enhanceri omadused. Enhancer on promootorist kaugelasuv transkriptsiooni regulaatorala. Tavaliselt 100-200bp pikad, sisaldavad hulgaliselt 8-20bp regulaatorelemente. Need võivad asuda 200bp kuni kümnete kbp kaugusel promootorist üles- või allavoolu, asuda nii intronis kui geeni viimasest eksonist veel allavoolu, on tihti rakutüüp-spetsiifilised, omades aktiivsust vaid kindlates rakutüüpides. Missuguseid analüüsimeetodeid kasutatakse enhanceralade tuvastamiseks? Linker-skaneerivat mutatsioon- ja 5'-deletsioonanalüüsi. 7. Regulatoorsete elementide tuvastamise meetodid: 5' deletsioon analüüs 5' otsast hakatakse deletsioone tegema ja linker skaneeriv mutatsioonanalüüs analüüsitakse kattuvate mutatsioonidega geeni promootor-reporter konstruktide rühma mõõtes rakus reportergeeni ekspressioonitaset või teatud kindla mRNA sünteesi taset. Kui tase on langenud, on mutatsioon regulaatorelemendis. 8. Mis on sidumissait
· Pöördtranskriptaasi käigus saab küpsest mRNA-st uue DNA, mida kutsutakse cDNA-ks (complementary), nii saab bakter sealt valku tootma hakata (bakterites puuduvad intronid) Transgeenne analüüs organismi viiakse sisse võõrgeen, mida seal hakatakse ekspresseerima, näiteks viirusvektorite abil saab; kui on vähe rakke, siis rekombinantse DNA meetod. 39. Defineeri enhancer ja loetle enhanceri omadused. Missuguseid analüüsimeetodeid kasutatakse enhanceralade tuvastamiseks? Kauguste-tagant mõjuvad regulaatorelemendid on enhancer-id, mis on eukarüootsetele genoomidele väga iseloomulikud, samas kui bakteris nad peaagu täielikult puuduvad. Asuvad sadade kuni tuhandeteid aluspaaride kaugusel start-saidist, võivad asuda nii ülavoolu, intronites kui ka allavoolu. Enhancer'id on üldreeglina 50bp kuni 200bp pikad DNA järjestused sisaldades hulgaliselt transkriptsioonifaktorite sidumissaite. Arvatakse, et
annaabi.ee 
