(joonised 8.23 ja 8.24). EF-G seostub G nukleotiididega nõrgalt ja ei vaja nukleotiidi vahetuseks lisafaktorit nagu seda vajab EF-Tu. Ribosoomi translokatsioon on huvitav ja kompleksne protsess, milles on veel palju ebaselget ja mille kohta on mitmeid 25 vasturääkivaid mudeleid. Muuhulgas on ebaselge GTP osa translokatsioonis. Üks huvitav fakt ribosoomi elongatsioonifaktoritega seotud reaktsioonides on EF-Tu ja EF- G seondumine ribosoomi sama piirkonnaga (faktorite sidumistsentriga). EF-G ruumiline struktuur on sarnane EF-Tu.GTP.aa-tRNA kompleksi struktuuriga, kusjuures üks EF-G struktuurne domään sarnaneb tRNA antikoodon ling-õlg omaga st. valguline EF-G osa meenutab RNA struktuuri. Sellist struktuurset sarnasust eri molekulide vahel nimetatakse molekulaarseks mimikriks. Translokatsiooni käigus asendab EF-G.GTP ribosoomi A saidis EF-Tu.GTP
ppGpp poolt negatiivselt reguleeritavate promootorite puhul põhjustab see nukleotiid RNA polümeraasi dissotseerumise avatud kompleksist. ppGpp mõju translatsioonile ppGpp translatsiooni pärssiv mõju ilmneb mitmeti. ppGpp interakteerub translatsiooni initsiatsioonifaktoriga IF-2 ning blokeerides initsiaator-tRNA-kompleksi seondumise ribosoomiga. ppGpp võib mõjutada ka translatsiooni elongatsiooni, seondudes elongatsioonifaktoritega EF-TU ja EF-G (seondub eeskätt EF-G-ga) ja inhibeerida sel viisil elongatsiooni. Translatsioonil kulutatakse GTP energiat. Kuna ppGpp on sünteesitud GTP-st, langeb rakkudes GTP kontsentratsioon ja ka see võib hakata translatsiooni piirama. 5. Selgitage geeniregulatsiooni mehhanisme, mida võimaldab transkriptsiooni ja translatsiooni samaaegne toimumine bakterirakus? Transkriptsiooni regulatsioon Parasjagu sünteesitavalt mRNA-lt algab kohe ka translatsioon
kusjuures üks EF-G struktuurne domään sarnaneb tRNA antikoodon ling-õlg omaga st valguline EF-G osa meenutab RNA struktuuri. - Struktuurne sarnasus eri molekulide vahel – molekulaarne mimikri. - Translokatsiooni käigus asendab EF-G GTP ribosoomi A saidis EF-Tu GTP aa-tRNA kompleksi, mis on tõenäoliselt üheks translokatsiooni molekulaarseks aluseks. - Ka teised GTP-d hüdrolüüsivad translatsioonifaktorid (IF-2, RF-3) sisaldavad elongatsioonifaktoritega sarnast domääni, mis tõenäoliselt seondub ribosoomis sama piirkonnaga kui EF-Tu ja EF-G. - Ribosoomi faktorite sidumistsenter koosneb nii valkudest (suurema subühiku valgud L7/12) kui kahest eri piirkonnast 23S rRNAs. Peptiidahela terminatsioon Pikem jutt: Valgu ahela sünteesi lõpetamiseks on eraldi signaalid – cis-järjestused, mis järjestavad 3-st nukleotiidist signaalid nii nagu vaja. Terminatsioonikoodonid: UAG, UGA ja UAA – nonsense-koodonid
dissotseerumise avatud kompleksist. ppGpp interaktsioone on näidatud RNA polümeraasi rinevate subühikute kindlate regioonidega (-subühiku C-terminus; ´-subühiku N-terminus; sigma faktori 70 regioon 3). ppGpp mõju translatsioonile ppGpp translatsiooni pärssiv mõju ilmneb mitmeti. ppGpp interakteerub translatsiooni initsiatsioonifaktoriga IF-2 ning blokeerides initsiaator-tRNA-kompleksi seondumise ribosoomiga. ppGpp võib mõjutada ka translatsiooni elongatsiooni, seondudes elongatsioonifaktoritega EF-TU ja EF-G (seondub eeskätt EF-G-ga) ja inhibeerida sel viisil elongatsiooni. Translatsioonil kulutatakse GTP energiat. Kuna ppGpp on sünteesitud GTP-st, langeb rakkudes GTP kontsentratsioon ja ka see võib hakata translatsiooni piirama. Statsionaarne faas Ebasoodsates tingimustes on bakteritel ellujäämiseks 2 strateegiat: 1. Sporulatsioon (Bacillus, Myxobacteria). Bacillus subtilis'e sporulatsiooniga on seotud üle 125 geeni.
annaabi.ee 
