lühikesi, stabiilseid RNAsid. 27. Mille poolest RNA Pol I ja Pol III-seoseline transkriptsioon erinevad RNA Pol II- seoselisest transkriptsioonist? Erinevalt Pol II-st ei vaja teised kaks transkriptsiooni initsiatsiooniks ATP hüdrolüüsi. POST-TRANSKRIPTSIOONILINE GEENI REGULATSIOON 1. Eukarüootse pre-mRNA järeltöötlus (processing). 5'cap struktuuri lisamine toimub vahetult pärast transkriptsiooni initsiatsiooni, lisatakse metüülrühmad kaitsmaks mRNAd lagundamise (eksonukleaasse aktiivsuse) ja modifikatsioonide eest. RNAd-siduvad valgud. Pre-mRNA on kompleksis hnRNP valkudega, mis sisaldavad konserveerunud RNAga- seostumise domeene: (RRM on RNA rekognitsiooni (äratundmise) motiiv, enimlevinud hnRNP valkudel esinev RNAd-siduv domeen, KH esineb hnRNP K valkudel, domeeni struktuur sarnane RRMle, aga KH on väiksem, RGG box on teine hnRNP valkudel sagedasti esinev RNAga seostumise motiiv, sisaldab Arg-Gly-Gly kordusi, SR on domeen, mis sisaldab
DnaA toimel. Valk seostub kindlatele järjestustele oriC regioonis DNA on DnaA ümber krunditud. Liituvad ka DnaB tulikaas (abiks DNA lahtikeerutamiseks), lisanfub ka güraas (et ei tekiks superspiralisatsiooni). 51. Erinevate DNA polümeraaside funktsioonid bakterites. Mis mehhanismidega on tagatud DNA replikatsiooni täpsus? Soolekepikesel on leitud 5 DNA polümeraasi: Pol I – lagundab RNA praimeri 5’-3’ suunas eksonukleaasse aktiivsusega ja sünteesib ainult DNA ahela 5’-3’ polümeraasse aktiivsusega. Pol II – reparatsioond; DNA polümeraas pole võimelin edasi liikuma reaktivatsioon. Pol III – põhiline DNA replikatsiooni läbiviija. Pol IV ja Pol V – vea korral replikatiivne Pol III töötab väga täpselt, kuid kahjustuses pole võimalik tööd jätkata (spetsiifiline nukleosiidne liikumine). DNA replikatsiooni täpsus on tagatud: DNA polümeraasi korrigeeriva aktiivsusega
Okazaki fragmentide sünteesi intsiatsiooniks on vaja valkkompleksi praimosoomi, mis koosneb DNA helikaasist (keerab ahela lahti) ja primaasist (sünteesib praimeri). RNA praimeritelt jätkab sünteesi DNA pol III. DNA topoisomeerid teevad DNA ahelatesse ajutisi katkeid ja SSB valgud seonduvad üksikahelalisele DNA'le, et sea stabiliseerida. RNA praimerid asendatakse hiljem DNA pol I poolt (lagundab selle 5'->3' eksonukleaasse aktiivsusega ja sünteesib asemel DNA ahela 5'->3' polümeraasse aktiivsusega) ning DNA ahela jupid ühendatakse DNA ligaasi abil. 53. Võrrelge bakteri ja eukarüoodi kromosoomide replikatsiooni. Eukarüoot Prokarüoot Replikatsioon toimub ainult rakutsükli ühel etapil ja Replikatsioon algab vaid ühest ori'st ja toimub algab paljudest kohtadest korraga. pidevalt.
RNA praimeritelt jätkab sünteesi DNA polümeraas III. DNA topoisomeraasid teevad DNA ahelatesse ajutisi katkeid, et soodustada DNA ahelate lahtikeeramist. Üksikahelalist DNA-d stabiliseerivad sellele seonduvad SSB (single strand binding protein) valgud. RNA praimerid asendatakse hiljem DNA-ga DNA polümeraas I poolt ning DNA ahelad ühendatakse fosfodiestersidemete kaudu DNA ligaasi poolt. DNA polümeraas I lagundab RNA praimeri 5' 3' eksonukleaasse aktiivsusega ja sünteesib asemele DNA ahela 5' 3' polümeraasse aktiivsusega.Praimerit on vaja selleks, et sünteesitaval polünukleotiidahelal oleks vaba 3'-OH ots, kuhu DNA polümeraas saab liita nukleotiide. Praimeri sünteesib kas RNA polümeraas või primaas. RNA praimerid asendatakse hiljem DNA-ga DNA polümeraas I poolt ning 5
ja DNA primaas sünteesib praimeri. RNA praimeritelt jätkab sünteesi DNA polümeraas III. DNA topoisomeraasid teevad DNA ahelatesse ajutisi katkeid, et soodustada DNA ahelate lahtikeeramist. Üksikahelalist DNA-d stabiliseerivad sellele seonduvad SSB (single strand binding protein) valgud. RNA praimerid asendatakse hiljem DNA-ga DNA polümeraas I poolt ning DNA ahelad ühendatakse fosfodiestersidemete kaudu DNA ligaasi poolt. DNA polümeraas I lagundab RNA praimeri 5'® 3' eksonukleaasse aktiivsusega ja sünteesib asemele DNA ahela 5'® 3' polümeraasse aktiivsusega. 97. DNA güraas. Topoisomeraas II, mis osaleb DNA replikatsioonil. Seostub üheahelalise DNA-ga. Põhjustab ajutisi kaksikahelalisi katkemisi. Jääb DNA otstega kovalentselt seotuks ning hiljem taastab fosfodiestersidemed. Tetrameerne valk. Kõrvaldab superspiralisatsiooni- 2 spiraali korraga. Vajab ATP energiat. Soodustab negatiivset superspiraliseerumist, et hõlbustada lahtikeerdumist.
ahelate ülekannet, aitab neil paarduda ning osaleb DNA ahelate hargnemiskoha migratsioonil. Juhul, kui DNA-s on tekkinud kaksikahelaline katke, on lisaks RecA valgule vajalik RecBCD osalemine. RecBCD kompleksil on helikaasne aktiivsus, mis ilmneb dsDNA katke korral. Helikaasse aktiivsusega kaasneb ka eksonukleaasne aktiivsus, mis avaldub seni, kuni kompleks jõuab Chi saidini (asümeetriline 8-nukleotiidne järjestus) ning seal toimib RecBCD endonukleaasina. Chi sait inaktiveerib RecBCD eksonukleaasse aktiivsuse ning edasi käitub RecBCD kompleks ainult kui helikaas. RecA valgu abil moodustub dupleks homoloogilise alaga. Tekib "Holliday" struktuur kus DNA ahelad on risti. Kuna "Holliday" riststruktuur liigub helikaaside RuvA ja RuvB toimel edasi, võivad moodustuda dupleksid uuesti sünteesitud DNA ahelate vahel, mis ei ole veel metüleeritud. Sellistes regioonides on rohkem mutatsioone, kuna metülatsioonist sõltuv DNA "mismatch" reparatsioon ei toimi
DNA rekombinatsiooniline reparatsioon dsDNA katke puhul Juhul, kui DNA-s on tekkinud kaksikahelaline katke, on lisaks RecA valgule vajalik RecBCD osalemine. RecBCD kompleksil on helikaasne aktiivsus, mis ilmneb dsDNA katke korral. Helikaasse aktiivsusega kaasneb ka eksonukleaasne aktiivsus, mis avaldub seni, kuni kompleks jõuab Chi saidini (asümeetriline 8- nukleotiidne järjestus) ning seal toimib RecBCD endonukleaasina. Chi sait inaktiveerib RecBCD eksonukleaasse aktiivsuse ning edasi käitub RecBCD kompleks ainult kui helikaas. RecA valgu abil moodustub dupleks homoloogilise alaga. Tekib "Holliday" struktuur kus DNA ahelad on risti. Kuna "Holliday" riststruktuur liigub helikaaside RuvA ja RuvB toimel edasi, võivad moodustuda dupleksid uuesti sünteesitud DNA ahelate vahel, mis ei ole veel metüleeritud. Sellistes regioonides on rohkem mutatsioone, kuna metülatsioonist sõltuv DNA "mismatch" reparatsioon ei toimi. "Holliday" struktuuri
RNA praimeritelt jätkab sünteesi DNA polümeraas III. DNA topoisomeraasid teevad DNA ahelatesse ajutisi katkeid, et soodustada DNA ahelate lahtikeeramist. Üksikahelalist DNA-d stabiliseerivad sellele seonduvad SSB (single strand binding protein) valgud. RNA praimerid asendatakse hiljem DNA-ga DNA polümeraas I poolt ning DNA ahelad ühendatakse fosfodiestersidemete kaudu DNA ligaasi poolt. DNA polümeraas I lagundab RNA praimeri 5' 3' eksonukleaasse aktiivsusega ja sünteesib asemele DNA ahela 5' 3' polümeraasse aktiivsusega. DNA süntees Okazaki fragmentidena avastati 1960-ndatel aastatel Reiji ja Tuneko Okazaki poolt. Nad pulss-märkisid kasvavaid E. coli rakke väga lühikese aja vältel (15 sekundit) radioaktiivse 3H-tümidiiniga (pulse-labeling experiments). Seejärel eraldasid nad märgitud DNA, denatureerisid selle ja lahutasid tsenrtrifuugimisega sahharoosi gradiendis. Enamus märget oli lülitunud lühikestesse, 1000 kuni 2000
RNA praimeritelt jätkab sünteesi DNA polümeraas III. DNA topoisomeraasid teevad DNA ahelatesse ajutisi katkeid, et soodustada DNA ahelate lahtikeeramist. Üksikahelalist DNA-d stabiliseerivad sellele seonduvad SSB (single strand binding protein) valgud. RNA praimerid asendatakse hiljem DNA-ga DNA polümeraas I poolt ning DNA ahelad ühendatakse fosfodiestersidemete kaudu DNA ligaasi poolt. DNA polümeraas I lagundab RNA praimeri 5' 3' eksonukleaasse aktiivsusega ja sünteesib asemele DNA ahela 5' 3' polümeraasse aktiivsusega. DNA süntees Okazaki fragmentidena avastati 1960-ndatel aastatel Reiji ja Tuneko Okazaki poolt. Nad pulss-märkisid kasvavaid E. coli rakke väga lühikese aja vältel (15 sekundit) radioaktiivse 3H-tümidiiniga (pulse-labeling experiments). Seejärel eraldasid nad märgitud DNA, denatureerisid selle ja lahutasid tsenrtrifuugimisega sahharoosi gradiendis. Enamus märget oli lülitunud lühikestesse, 1000 kuni 2000
annaabi.ee 
