mRNA eraldatakse, kantakse filterpaberile. Radioaktiivse sildiga DNA proov seob mRNA külge ja on nähtav. Western Blot - Testib valgu olemasolu Valgu proovid eraldatakse transgeensetest taimedest, denatureeritakse ja kantakse membraanile. Prooviks on antikehad, mis tunnevad ära eesmärk valgu. siRNA - RNA vaigistamine (RNA silencing) on mitme etapiline protsess, misläbi kaksikahelaline RNA (dsRNA) töödeldakse valgu Dicer poolt nii, et tekivad lühikesed RNA dupleksid. Need väikesed RNAd järgnevalt seonduvad valguperekonnaga Argonaute. Tulemuseks on geeni vaigistamine. siRNA ja miRNA loomisel Dicer või Dicerisarnased (DCL) valgud lõikavad pikad dsRNA (kaksikahelaline RNA) või tagasivolditud (linguvõi juuksenõela-kujuline) RNA väikesteks ~ 21 25 nt fragmentideks siRNA-d kaitsevad genoomi: · Löövad tagasi sissetungivad viirused · Vaigistavad ,,hälvik-transkripte · Vaigistavad transposoone ja korduselemente siRNAd samuti hoiavad mõnede geenide
Replikatsioonijärgne reparatsioon - DNA reparatsiooniprotsess, mis käivitatakse juhul, kui DNA polümeraas läheb mööda vigastatud kohast. Kasutatakse rec-ensüüme. Chi-struktuur - x-kujuline DNA struktuur, mis moodustub esimese ahela osade vahetuses krossingoveris. 146. Holliday mudel krossingoveri molekulaarse mehhanismi kohta. (vaata slaide!!!) Holliday mudel - geneetilise rekombinatsiooni molekulaarne mudel, kus osalevad dupleksid omavad ühe pikkusega heteroduplekseid alasid. Holliday struktuur - vaheolek kahesuunalises DNA replikatsioonis, mis elektromikroskoobist vaadatuna paistab x-kujulise struktuurina, kujutades nelja üheahelalist piirkonda. X-kujuline struktuur moodustub peale DNA molekulide üheahelalist vahetus rekombinatsiooni ajal. 147. Geeni konversioon. Mõnikord ei jagune alleelid võrdse arvu haploidsete rakkude vahel (st üks alleel satub rohkematesse haploidsetesse rakkudesse kui teine alleel)
eksonukleaasne aktiivsus, mis avaldub seni, kuni kompleks jõuab Chi saidini (asümeetriline 8-nukleotiidne järjestus) ning seal toimib RecBCD endonukleaasina. Chi sait inaktiveerib RecBCD eksonukleaasse aktiivsuse ning edasi käitub RecBCD kompleks ainult kui helikaas. RecA valgu abil moodustub dupleks homoloogilise alaga. Tekib "Holliday" struktuur kus DNA ahelad on risti. Kuna "Holliday" riststruktuur liigub helikaaside RuvA ja RuvB toimel edasi, võivad moodustuda dupleksid uuesti sünteesitud DNA ahelate vahel, mis ei ole veel metüleeritud. Sellistes regioonides on rohkem mutatsioone, kuna metülatsioonist sõltuv DNA "mismatch" reparatsioon ei toimi. "Holliday" struktuuri lahutab hiljem RuvC ning replikatsioonikahvel saab edasi liikuda. NHEJ nonhomologous end joining Kui bakterirakus on vaid üks kromosoomikoopia, ei saa kaksikahelalisi katkeid HR teel parandada.
kaasneb ka eksonukleaasne aktiivsus, mis avaldub seni, kuni kompleks jõuab Chi saidini (asümeetriline 8- nukleotiidne järjestus) ning seal toimib RecBCD endonukleaasina. Chi sait inaktiveerib RecBCD eksonukleaasse aktiivsuse ning edasi käitub RecBCD kompleks ainult kui helikaas. RecA valgu abil moodustub dupleks homoloogilise alaga. Tekib "Holliday" struktuur kus DNA ahelad on risti. Kuna "Holliday" riststruktuur liigub helikaaside RuvA ja RuvB toimel edasi, võivad moodustuda dupleksid uuesti sünteesitud DNA ahelate vahel, mis ei ole veel metüleeritud. Sellistes regioonides on rohkem mutatsioone, kuna metülatsioonist sõltuv DNA "mismatch" reparatsioon ei toimi. "Holliday" struktuuri lahutab hiljem RuvC ning replikatsioonikahvel saab edasi liikuda. RecBCD rekombinatsioonirada on aktiivselt kasutatav veel bakterite konjugatsiooniprotsessis, kus toimub geneetilise informatsiooni vahetus. Igas E
Teine ahel ikka samamoodi koos. Ahela ühendus liigub ja liikumise käigus aluspaarid ühelt poolt sulavad, teiselt poolt tekivad tagasi. Energeetiline efekt on väike. Ühendust katalüüsitakse ja liigutatakse. ATP hüdrolüüs toimub. Ühendus liigub nii kiiresti, kui kiiresti suudetakse topoloogilisi probleeme lahendada. Vesiniksidemed katkevad pidevalt oma algDNA-s ja tekivad edasi liikudes uues. Ühendus liigub nii kaua, kuni tekivad mitmed homoloogilised piirkonnad. Ühinenud uued dupleksid – lühem ja parem ahel. Pole enam päris komplementaarsed. Ühelt üksikult mismatchilt liigutakse üle. Mismatche – mittekomplementaarseid aluspaare tekib mitu. Holliday ühendus jääb pidama. Seal toimub ahelate lahutamine. Tekib selline ristvorm. Selle juures toimub Holliday ühenduse lagundamine. Seda saab kahte moodi – kummaltki risti keskelt erinevates suundades. Lõigatakse üksteisega vastavast kohast ahelad lahti. Ühe lõikamise puhul
annaabi.ee 
