liidese vahetus 3' läheduses Stop koodoni sissetuleku. Kõigi korrektselt splaisitud mRNAde puhul Stop koodon on viimases eksonis. Nonsense mediated decay vahendab kiiret mRNAde lgundamist, kus Stop koodonid esinevad mRNAs enne viimast splaisiliidest. Muteerides uuritavat transkriptsiooni regulaatorit nii, et see enam ei funktsioneeri, tuleb kaardistada muutus geeniekspressioonis. Geenid, mille ekspressioon on selle tagajärjel muutunud, ongi antud transkriptsiooniregulaatori märklaud geenid. Heat-shock geenid - Nende geenide ekspressiooni regulatsiooni mehhanism on evolutsiooniliselt kujunenud selliseks, et ekstremaalsetes tingimustes on transkriptsiooniks kõik olemas, st pole vaja kromatiini lahti pakkida ega transkriptsiooni preinitsiatsiooni kompleksi kokku panna. Peaagu kõik mRNAd sisaldavad järjestust AUAAA, mis asub polü(A) sabast 10-35bp ülavoolu. Kui see AUAAA ära muteerida, siis RNA transkriptide polüadenüülimist peaagu ei esine. Muteerimisel
Katalaasid on esindatud nii aeroobsetes kui ka fakultatiivselt anaeroobsetes bakterites. Bakteris E. coli asuvad reaktiivse hapniku kahjutustamisel osalevaid ensüüme kodeerivad geenid kahes oksüdatiivse stressi modulonis, mida kontrollivad SoxS ja OxyR. SoxS modulon soxSR geenid on vastassuunaliselt transkribeeritavad. SoxR on FeS-sisaldav valk, mis kontrollib SoxS geeni transkriptsiooni. SoxR aktiveerub vastusena signaalile, milleks on kas O 2- või NO. Seejärel aktiveerib SoxR globaalse transkriptsiooniregulaatori SoxS, mis kontrollib ligikaudu 40 geeni transkriptsiooni. Enamus neid geene kodeerivad valke, mis kaitsevad rakku oksüdatiivse stressi puhul ja peaaegu kõik neist on SoxS poolt positiivselt reguleeritavad. SoxS moduloni kuulub ka SodA Mn-seoseline superoksiidi dismutaas, millest oli juttu eelpool. SodA-d kodeeriva operoni transkriptsioon on tegelikult väga kompleksselt reguleeritud praeguseks on kirjeldatud vähemalt 6 regulaatorit. OxyR modulon
tuvastada (tekitatakse radioaktiivne DNA ja seotakse sellega valgulüsaat, pärast lahustatakse geelis kompleks liigub aeglasemalt)) nii, et see enam ei funktsioneeri, tuleb kaardistada muutus geeniekspressioonis (DNA 10 microarray analüüsi abil). Geenid, mille ekspressioon on selle tagajärjel muutunud, ongi antud transkriptsiooniregulaatori märklaud geenid. 37. Miks kasutatakse "heat-shock" geenide promootoreid? Heat-shock geenide (näit hsp70) transkriptsioonil, peatub RNAPolII pärast esimese 25bp sünteesi, aga ei termineeri transkriptsiooni. Peatunud polümeraas jääb vastsünteesitud transkripti ja DNA matriitsiga seotuks kuni tingimuste avaldumiseni, mis indutseeruvad HSTF (heat-shock transkriptsiooni faktoreid). Aktiveeritud
bakterites. Bakteris E. coli asuvad reaktiivse hapniku kahjutustamisel osalevaid ensüüme kodeerivad geenid kahes oksüdatiivse stressi modulonis, mida kontrollivad SoxS ja OxyR. SoxS modulon soxSR geenid on vastassuunaliselt transkribeeritavad. SoxR on FeS-sisaldav valk, mis kontrollib SoxS geeni transkriptsiooni. SoxR aktiveerub vastusena signaalile, milleks on kas O 2- · või NO·. Seejärel aktiveerib SoxR globaalse transkriptsiooniregulaatori SoxS, mis kontrollib ligikaudu 40 geeni transkriptsiooni. Enamus neid geene kodeerivad valke, mis kaitsevad rakku oksüdatiivse stressi puhul ja peaaegu kõik neist on SoxS poolt positiivselt reguleeritavad. SoxS moduloni kuulub ka SodA Mn- seoseline superoksiidi dismutaas, millest oli juttu eelpool. SodA-d kodeeriva operoni transkriptsioon on tegelikult väga kompleksselt reguleeritud praeguseks on kirjeldatud vähemalt 6 regulaatorit. OxyR modulon
annaabi.ee 
