DNA molekulidelt ja reaktsioonianumas tekib igas pikkuses fragmente. Igas reaktsioonisegus on madalas kontsentratsioonis ka üks terminaatornukleotiid, mis lõpetab DNA-fragmendi sünteesi kas A-, G-, C- või T-terminaatoriga. Ahela terminaatoritena kasutatakse enamasti ddTNP-sid, kus puuduvad 3-OH rühmad. 32. Kirjeldage pürosekveneerimise protseduuri. 4:15-22. DNA mass- sekveneerimise meetod, kus erinevalt Sangeri didesoksüribonukleotiididega DNA-ahela sünteesi terminatsioonist kasutatakse sünteesiga järjestamist, mispuhul detekteeritakse nukleotiidide lülitamisel toimuvat pürofosfaadi vabanemist. 33. Kirjeldage Illumina sekveneerimise protseduuri. 4:23. 5:5-10. Kiibil on nukleotiidid ja DNA polümeraas. Need nukleotiidid on fluorestsentsiga märgistatud, kus teatud värv vastab alusele. Neil on ka terminaator, nii et lisatakse ainult üks nukleotiid korraga. Kiipidest tehakse pilt. Igas lugemiskohas on fluorestsentssignaal, mis näitab lisatud nukleotiidi
transkriptsiooni alustamisel. Lisafaktorid osalevad promootori äratundises ja aitavad RNAP'il seonduda "õige" DNA piirkonnaga. Ka RNA ahela pikendamisel (elongatsioonil) osalevad mitmed lisafaktorid, millest teeme juttu allpool. RNA sünteesi lõpetamine võib vähemalt prokarüootides toimuda nii terminatsioonifaktorite osavõtul (-sõltuv terminatsioon) kui ilma nendeta (-sõltumatu terminatsioon). Eukarüootide transkriptsiooni terminatsioonist on vähem teada, kuid see toimub tõenäoliselt ainult terminatsioonifaktorite vahendusel. RNA polümeraasid Pro- ja eukarüootsete organismide ribosoomid on väga sarnased nii ehituselt kui talitluselt. RNA polümeraasid vahel on olulisi erinevusi pro- ja eukarüootide vahel, samuti on RNA sünteesi regulatsioonis suuri erinevusi. Kui prokarüootidel on üks aktiivne RNA polümeraas, siis eukarüootidel on neid kolm. Vaatleme kõigepealt prokarüootset RNA polümeraasi eubakterite näitel
määravaks osutuda eeskätt just kõrgemat järku struktuurid. RNaas III osalust on näidatud faagi T4 varajaste geenide mRNA protsessingul, kus mRNA muutub tranlatsiooniliselt aktiivseks alles pärast selle ensüümi lõiget algsesse mRNA molekuli. Faag lambda int geeni mRNA (kodeerib integraasi) puhul aga soodustab RNaas III selle edasist degradatsiooni. Vastava mRNA atakeeritavus RNaas III poolt sõltub int geeni transkriptsiooni terminatsioonist. int geeni transkriptsioon võib toimuda kahelt promootorilt: 1) Transkriptsioon promootorilt pI lõpeb terminaatoriga tI, mis kattub osaliselt järjestusega sib. Sellelt mRNA-lt sünteesitakse Int valk. 2) Transkriptsioon promootorilt pL, mis ei termineeru tänu N valgule (kuna transkribeeritakse ka N valgu geeni). Selle tulemusena transkribeeritakse sib järjestus, mis on atakeeritav RNaas III poolt.
annaabi.ee 
