seltsi piires). NPV-de genoomi struktuur Baculoviiruste genoomi mõõtmed on vahemikus 90-180 kbp; genoom on tsirkulaarne. Sekveneeritud on üle 30 bakuloviiruse genoomi AcMNPV genoom on 133,894 bp pikkune ja sisaldab: 1. 337 OFR-i (pikkusega üle 150 bp), lugemisraamid paiknevad mõlemas ahelas; funktsionaalset klasterdumist ei ole. Geenid paiknevad teineteise lähedal (vahed enamasti 2-200 bp), need vahealad on AT-rikkad ja toimivad promooterite ja terminaatoritena. Introneid on väga vähe. Transkriptid (eriti hilised) on sageli struktuurselt polütsistroonsed. 2. Peale selle paikneb AcMNPV genoomis veel 8 homoloogilist kordusjärjestust (hrs, pikkusega 30-800 bp). Hr järjestus koosneb nn 60 bp kordustest, millest igaüks koosneb väga konserveerunud mittetäiuslikest 28 bp palindroomidest. Hr elemendid toimivad geeniekspressioonil enhanseritena (seondavad viiruse trans-aktivaatoried) ja osalevad
vajalikud 3’-OH rühmad. Kõigepealt liituvad DNA praimerid DNA maatriksmolekuliga täpselt samast kohast, siis seondub sinna DNA polümeraas. Piisava koguse algmaterjali ja reaktsioonikemikaalide korral toimub süntees samaaegselt paljudelt DNA molekulidelt ja reaktsioonianumas tekib igas pikkuses fragmente. Igas reaktsioonisegus on madalas kontsentratsioonis ka üks terminaatornukleotiid, mis lõpetab DNA-fragmendi sünteesi kas A-, G-, C- või T-terminaatoriga. Ahela terminaatoritena kasutatakse enamasti ddTNP-sid, kus puuduvad 3-OH rühmad. 32. Kirjeldage pürosekveneerimise protseduuri. 4:15-22. DNA mass- sekveneerimise meetod, kus erinevalt Sangeri didesoksüribonukleotiididega DNA-ahela sünteesi terminatsioonist kasutatakse sünteesiga järjestamist, mispuhul detekteeritakse nukleotiidide lülitamisel toimuvat pürofosfaadi vabanemist. 33. Kirjeldage Illumina sekveneerimise protseduuri. 4:23. 5:5-10. Kiibil on nukleotiidid ja DNA polümeraas
promootoralale ja transkriptsiooni avatud kompleksi moodustumiseks. RNA polümeraasi subühikud on eraldivõttes inaktiivsed. Pärast esimese 10 nukleotiidi sünteesi vabaneb sigma faktor multiensüümkompleksist ning RNA polümeraas on võimeline DNA-l edasi liikuma. Toimub RNA ahela elongatsioon. RNA polümeraas võib transkriptsiooni käigus peatuda juuksenõelastruktuuride moodustumise tõttu vast- sünteesitud mRNA-s. Peatumise aeg varieerub, sõltudes RNA järjestusest. Terminaatoritena transkriptsioonil toimivate sekundaarstruktuuride puhul peatub RNA polümeraas ligikaudu 60 sekundit. RNA sekundaarstruktuuri tekkimine võib destabiliseerida DNA::RNA hübriidi. Selle tulemusena RNA dissotseerub ja transkriptsiooni elongatsioonikompleks laguneb. Terminatsiooni võib põhjustada ka spetsiifilise terminatsioonifaktori seondumine RNA-le. Sellest tulenevalt on bakterites kirjeldatud 2 erinevat terminatsioonimehhanismi: 1
DNA-ga võib pärssida ka osade geenide transkriptsiooni statsionaarses faasis. 10 3. Geeniekspressiooni regulatsioon transkriptsiooni terminatsiooni tasemel Transkriptsiooni elongatsioon ei toimu ühtlase kiirusega. RNA polümeraas võib transkriptsiooni käigus peatuda (ingl. k. "pausing") juuksenõelastruktuuride moodustumise tõttu vast-sünteesitud mRNA-s. Peatumise aeg varieerub, sõltudes RNA järjestusest. Terminaatoritena toimivate sekundaarstruktuuride puhul peatub RNA polümeraas ligikaudu 60 sekundit. RNA sekundaarstruktuuri tekkimine võib destabiliseerida DNA::RNA hübriidi. Selle tulemusena RNA dissotseerub ja transkriptsiooni elongatsioonikompleks laguneb. Terminatsiooni võib põhjustada ka spetsiifilise terminatsioonifaktori seondumine RNA-le. Sellest tulenevalt on bakterites kirjeldatud 2 erinevat terminatsioonimehhanismi:
annaabi.ee 
