seotud kromosoomi topoloogiaga. DNA-ga on üle genoomi pidevalt seondunud ligikaudu 10 valku, mille hulk varieerub rakus kasvufaas-sõltuvalt. Need valgud muudavad nii lokaalselt kui ka globaalselt kromosoomi struktuuri ja osalevad sel viisil globaalses geeniregulatsioonis. Statsionaarses faasis pole peaaegu detekteeritavat Fis valku, ei toimu ribosomaalsete RNA geenide ekspressiooni. Dps-i hulk suureneb 30 korda statsionaarses faasis. Lisaks üleüldistele muutustele DNA superspiralisatsioonis (näiteks statsionaarse faasi rakkudes suureneb negatiivne superspiralisatsioon) ja DNA kompaktsuse astmes mõjutab transkriptsiooni regulaatorite seondumisefektiivsust DNA-le ka spetsiifiliste DNA regioonide lokaalne konformatsiooni muutus. Stressipromootorid - promootorid, millelt lähtuv transkriptsioonitase on kõrgem rakkude kasvukiiruse aeglustumisel ja statsionaarse faasi rakkudes. Statsionaarse faasi faktor S, geeni rpoS produkt on oluline
(stats. faasis detekteerimatu). Ta reguleerib positiivselt rRNA ja tRNA-de transkriptsiooni, kuid negatiivselt neid geene, mis aktiveeruvad bakterite kehvades kasvutingimustes. Dps-i hulk suureneb 30 korda statsionaarses faasis (15000 molekuli rakus). Immunofluorestsentskatsed näitsid, et nii HU, IHF, H-NS, StpA kui ka Dps jaotuvad ühtlaselt üle nukleoidi, kuid Fis on eeskätt assotsieerunud rRNA operonidega. Vastavalt sellele muutub DNA konformatsioon. Lisaks üleüldistele muutustele DNA superspiralisatsioonis (näiteks statsionaarse faasi rakkudes suureneb negatiivne superspiralisatsioon) ja DNA kompaktsuse astmes mõjutab transkriptsiooni regulaatorite seondumisefektiivsust DNA-le ka spetsiifiliste DNA regioonide lokaalne konformatsiooni muutus. Järgnevalt on toodud detailsem informatsioon nukleoidi valkude kohta. CbpA (curved DNA-binding protein A) seondub DNA-ga mittespetsiifiliselt ja on detekteeritav alles hilises statsionaarses faasis
Lisaks assambleerimisele, osaleb -subühik ppGpp vahendatud transkriptsiooni regulatsioonis. RNAP, millel puudub -subühik, on ppGpp suhtes tundetud ega vahenda globaalse alarmooni regulatsiooni. Alarmoon ppGpp seondub ja ' subühiku vahele ning -subühiku N-terminus on vastutav ppGpp regulatsiooni vahendamise eest. Samas on pakutud, et -subühik ei oma in vivo nii suurt tähtsust ppGpp tundlikkuse vahendamises kui RNAP stabiliseerimises olukorras, kus DNA on tugevalt negatiivses superspiralisatsioonis (vt transkriptsiooni globaalne regulatsioon). RNAP kuues subühik -subühik ehk -faktor on vajalik ainult promootori äratundmiseks ning avatud kompleksi moodustumiseks. Esimeste RNA nukleotiidide sünteesimiste järel -faktor vabaneb ning RNAP apoensüüm jätkab transkriptsiooni elongatsiooni ning lõpetab RNA sünteesi. E. coli'l on 7 põhilist -faktorit, mida kasutatakse geenide ekspressiooni reguleerimiseks, kuna -subühikud tunnevad ära erinevaid DNA järjestusi ehk promootoreid
annaabi.ee 
