8. Ribosoom a. Keemiline koostis: Koosnevad rRNA-st ja valkudest, mis moodustavad suure ja väikese subühiku. b. struktuur ja geomeetriline vorm: koosneb kahest subühikust suurest, mida läbib tunnel ja väikesest, erisatakse A, P ja E saite. Ribosoomi subühikud on omavahel seotud kahest kohast ja subühikute vahele jääb põhiline aktiivtsenter, mis moodustab tRNA'de sidumiskohad. Ribosoomis on kolm tRNA sidumispiirkonda, mida nimetatakse tRNA sidumis-saitideks. Saidid on nimetatud vastavalt tRNA liigile, mis põhiliselt seondub vastava ribosoomi piirkonnaga kuigi nagu kohe näeme, võivad A- ja P-saidid siduda mitut erinevat tRNA liiki. A-saiti seondub aminoatsüül-tRNA (millest ka nimi). Samas kohas toimub ka aa-tRNA'de valik mRNA koodoni alusel. A-saidis olev aa-tRNA reageerib ribosoomis peptidüül-tRNA'ga, mille tulemusena moodustub peptiidside
6 (2,5x10 D) Inimese väike 40S 18S - 1874 33 S-valgud ribosoom suur 60S 28S - 4718, 5,8S - 160, 5S - 120 49 L-valgud 6 (4,2x10 D) Ribosomaalne RNA (rRNA) moodustab bakteriaalsetes ribosoomides 66% massist ja eukarüootsetes ribosoomides 60% massist. Ribosoomid ise moodustavad bakterites 20-40% kuivmassist, eukarüootides tunduvalt väiksema osa. Ribosoomis on kolm tRNA sidumispiirkonda, mida nimetatakse tRNA sidumis-saitideks. A-saiti seondub aminoatsüül-tRNA (millest ka nimi). Samas kohas toimub ka aa-tRNA'de valik mRNA koodoni alusel. A- saidis olev aa-tRNA reageerib ribosoomis peptidüül-tRNA'ga, mille tulemusena moodustub peptiidside. P-saiti seondub peptidüül-tRNA. Saidi nimetus tulebki peptidüül-tRNA järgi. E-sait on deatsüleeritud tRNA spetsiifiline. Peale seda kui P-saidis tekkis deatsüül- tRNA liiguvad tRNA'd koos
kaudu. E. coli ribosoomis on suurema osa valkude sidumiskohad rRNA'l teada. Ribosoomi suuremas subühikus on kanal, mille kaudu ilmselt väljub kasvav peptiidahel. 21 Ribosoomi subühikud on omavahel seotud kahest kohast ja subühikute vahele jääb põhiline aktiivtsenter, mis moodustab tRNA'de sidumiskohad. Ribosoomis on kolm tRNA sidumispiirkonda, mida nimetatakse tRNA sidumis-saitideks. Saidid on nimetatud vastavalt tRNA liigile, mis põhiliselt seondub vastava ribosoomi piirkonnaga kuigi nagu kohe näeme, võivad A- ja P-saidid siduda mitut erinevat tRNA liiki. A-saiti seondub aminoatsüül-tRNA (millest ka nimi). Samas kohas toimub ka aa- tRNA'de valik mRNA koodoni alusel. A-saidis olev aa-tRNA reageerib ribosoomis peptidüül-tRNA'ga, mille tulemusena moodustub peptiidside. Peale peptiidsideme
ribosoomis kõige rohkem. r-valgud seonduvad rRNA kindlatesse kohtadesse ja stabiliseerivad rRNA ruumilist struktuuri ja ühendab erinevaid rRNA domääne omavahel, tekivad interaktsioonid: valk-valk, valk-RNA. Ribosoomi suures subühikus on kanal, mille kaudu väljub kasvav peptiidahel. EPA – tRNA seostumiskohad, mis ei vaja abivahendeid. Subühikud on omavahel seotud kahest kohast. Subühikute vahele jääb põhiline aktiivtsenter, mis moodustab tRNA-de sidumiskohad. Ribosoomis on 3 tRNA sidumispiirkonda –tRNA sidumissaidid. Kolmest saidist on alati täidetud kaks ja tühi üks. Polüsoom – ühe mRNA-ga on korraga ühendatud palju ribosoome, translatsioon käib mitmest kohast. 5’ ― ribosoom ― ribosoom ― ribosoom ― 3’. Tõenäoliselt on ribosoomid omavahel kompleksis (spiraalstruktuur) A sait: - seondub aminoatsüül-tRNA (aa-tRNA, sisaldab vaba aminogruppi) + peptidüül- tRNA. mRNA koodoni alusel valitakse aa-tRNA-sid. aa-tRNA reageerib peptidüül-