.. g agaroosi. Keeta mikrolaineahjus kuni agaroos on lahustunud. Jahutada vesivannis ja lisada DNA nähtavaks tegemiseks 1 l EtBr (5 g/l). Valada geel vormi, kuhu on varem valmis pandud nn ,,kamm" või ,,hambad". ~30 min pärast on geel tardunud. 8 (9) Peale 30 min inkubatsiooni teosta DNA-le fenooltöötlus. See on vajalik RNaasi eemaldamiseks. Selleks: - lisa RNaasA-ga töödeldud DNA-le võrdses koguses fenooli (100 l) (tõmbe all!!!) - tsentrifuugi 1-2 min - kanna vesikiht uude tuubi (~100 l). Vesikihis on DNA ning valgud (RNaas) jäävad fenoolkihti ja vahekihti - DNA sadestamiseks lisa vesikihile 1/20 osa (5 l) NaOAc ja 3 mahtu (300 l) 95% etanooli - sega korralikult läbi - tsentrifuugi maksimaalsel kiirusel 8-10 min - eemalda supernatant - pesemiseks lisa sademele ~200 l 70% etanooliga ja tsentrifuugi uuesti 2-3 min
Selleks on vaja 80 ml TBE puhvrit ja ... g agaroosi. Keeta mikrolaineahjus kuni agaroos on lahustunud. Jahutada vesivannis ja lisada DNA nähtavaks tegemiseks 1 l EtBr (5 g/l). Valada geel vormi, kuhu on varem valmis pandud nn ,,kamm" või ,,hambad". ~30 min pärast on geel tardunud. Punkt 9 jääb vahele. (9) Peale 30 min inkubatsiooni teosta DNA-le fenooltöötlus. See on vajalik RNaasi eemaldamiseks. Selleks: - lisa RNaasA-ga töödeldud DNA-le võrdses koguses fenooli (100 l) (tõmbe all!!!) - tsentrifuugi 1-2 min - kanna vesikiht uude tuubi (~100 l). Vesikihis on DNA ning valgud (RNaas) jäävad fenoolkihti ja vahekihti - DNA sadestamiseks lisa vesikihile 1/20 osa (5 l) NaOAc ja 3 mahtu (300 l) 95% etanooli - sega korralikult läbi - tsentrifuugi maksimaalsel kiirusel 8-10 min - eemalda supernatant - pesemiseks lisa sademele ~200 l 70% etanooliga ja tsentrifuugi uuesti 2-3 min 7
Eesmärgiks on bakteris paljundatud plasmiidi välja puhastamine. Võtsin üleöö kasvanud bakterid ja fuugisin bakterid põhja Eemaldasin supernatanti Re-suspendeerisin pellet 0,2 ml-s E1 lahuses (50mM glükoos – teeb lahuse isotooniliseks, 25 mM Tris-HCl, pH 8,0, 10nM EDTA-Na2 – seob katioone, inhibeerides ensüüme(DNAaasid) ja destabiliseerib raku membraani, RnaasA 10 µl/ml – eemaldab bakteriaale RNA prepsist). Lisasin 0,2 ml E2 lahus(0,2 N NaOH, 1% SDS – detergent, lõhustab bakteriraku membraani, denatureerib valku ja laseb aluse DNAd degradeerima. Kuna plasmiidne DNA on tsirkulaarne, siis ahelad ei eralduvad), suspendeerisin. Inkubeerin laua peal 5 minutit. Lisasin peale 0,2 ml E3 lahus(5 M KOAc – peatab lüüsi, mille tagajärjel valgud ja
annaabi.ee 
