Moduloniks nimetatakse regulone, operone ja geene, mida reguleerib globaalne regulaatorvalk nagu näiteks Crp. Erinevus regulonidest on signaali ulatus. Moduloni korral on muudetavate geenide avaldumise arv suurem ning vastus üldisem kui regulonide puhul. Moduloni korral kasutatakse signaaliks alarmoone, mis on väikesed efektormolekulid, mis kogunevad rakus stressi korral. Näiteks Crp moduloni alarmooniks on cAMP. Stimuloni alla kuuluvad geenid, operonid, regulonid ja modulonid, mis on aktiveeritud ühe üldise keskkonnasignaali korral. Stimuloni korral on reguleeritud geenide avaldumine, mille produktid on väga erinevate funktsioonidega, ega ole omavahel seotud otseselt nagu näiteks DNA replikatsioon ja glükolüüs. Osa teadlasi ei erista moduloni ja stimuloni ning võrdustavad need stimuloniks. Regulonid võivad kuuluda erinevatesse stimulonidesse, mis näitab veelkord geenide transkriptsiooni regulatsiooni keerukust.
Samasse reguloni kuuluvate operonide induktsioon võib üsna ulatuslikult varieeruda. Erinevatesse regulonidesse kuuluvad operonid või geenid võivad kuuluda modulonidesse. Samasse moduloni kuuluvaid geene/operone kontrollib lisaks nende erinevatele regulaatoritele ka ühine globaalne regulaator (näiteks cAMP retseptorvalk CRP e. CAP). Globaalse regulatsiooni kirjeldamiseks on võetud kasutusele veel mõiste stimulon. Stimuloni kuuluvad geenid, operonid, regulonid ja modulonid, mille tööd mõjutab üks ja sama keskkonnastiimul. Suur osa neist stiimulitest on tunnetatavad rakusiseselt. Samasse stimuloni kuuluvate regulatoorsete üksuste tööd kontrollivad erinevad regulaatorid. Stiimulite mõjul võidakse sünteesida väikeseid signaalmolekule nagu näiteks cAMP, ppGpp või homoseriin laktoon, mis mõjutavad transkriptsiooni kas otseselt või interakteerudes transkriptsioonifaktoritega.
Bakteris E. coli on kirjeldatud ligikaudu 1000 erinevat operoni ning paarsada erinevat reguloni. Erinevatesse regulonidesse kuuluvad operonid või geenid võivad kuuluda modulonidesse. Samasse moduloni kuuluvaid geene/operone kontrollib lisaks nende erinevatele regulaatoritele ka ühine globaalne regulaator (näiteks cAMP retseptorvalk CRP e. CAP). Globaalse regulatsiooni kirjeldamiseks on võetud kasutusele veel mõiste stimulon. Stimuloni kuuluvad geenid, operonid, regulonid ja modulonid, mille tööd mõjutab üks ja sama keskkonnastiimul. Samasse stimuloni kuuluvate regulatoorsete üksuste tööd kontrollivad erinevad regulaatorid. Näiteks temperatuuri tõusu korral aktiveerub Htp (RpoH) regulon ja P-nälja puhul PhoB regulon, kuid lisaks nendesse regulonidesse kuuluvatele geenidele aktiveeruvad veel paljud teised. Näiteks P-nälja puhul on indutseeritud 145 erinevat valku, millest ainult 38 on kodeeritud PhoB reguloni kuuluvate geenide poolt.