Farmakogenoomika Põhineb terve (üksiku) genoomi järjestuse ja sellest tulnevate kliiniliste väljundite uurimisel. Erineb farmakogeneetikast kolme aspekti poolest: 1. Kliiniliste fenotüüpide (vastus ravimitele ja ksenobiootikumidele) taandamine genoomile läbi SNP markerite analüüsi 2. Ravimite effekti uurimine geeniekspressioonile kasutades genoomika metodoloogiaid 3. Uute märklaudgeenide ja prognostiliste markerite leidmine Esimene etapp on kandidaatgeenide otsing, märklaua validatsioon ning keemilised testid. Järgnevad pre-kliinilised katsed (loomkatsed) määramaks ravimi toksilisust, kineetikat, metabolismi iseärasusi. Faas I inimkatsed- ohutuse ja doosi määramiseks. Faas IIA (otsustav) patsientidel, effektiivsuse ja ohutuse katsed (vähemalt sada patsienti, 10000$ patsiendi kohta). Faas IIB on laiendatud faas IIA. Faas III põhineb massilisel ravim versus placebo kontrollil
bakterite antibiootikumiresistentsus, herbitsiidiresistentsus põllumajanduses). 33. Farmakogenoomika. Põhineb terve (üksiku) genoomi järjestuse ja sellest tulenevate kliiniliste väljundite uurimisel. Erineb farmakogeneetikast kolme aspekti poolest: Kliiniliste fenotüüpide (vastus ravimitele ja ksenobiootikumidele) taandamine genoomile läbi SNP markerite analüüsi, Ravimite efekti uurimine geeniekspressioonile kasutades genoomika metodoloogiaid, Uute märklaudgeenide ja prognostiliste markerite leidmine. NB! Ärge võtke neid punkte sõna-sõnalt. Eksamiküsimused tulevad terve loengumaterjali kohta ja antud teemad on vaid orientiiripunktideks õppimisel. Jõudu tööle
DNA ahel märgistatakse ja hübridiseeritakse kiibile. Tundmatute eksonite identifitseerimine kiipidel: RNA või cDNA hübridiseeritakse kiibile seotud eksonispetsifiliste praimeritega. Amplifikatsioonisignaali tugevus kiibil näitab uute eksonite olemasolu. 9.Koekiibid Organiseeritud kudede parafiinlõigud (0,6mm).Koostatud sadadest prooviblokkidest . Kasutatavad metoodikad: 1.IHC 2.ISH 3.FISH 4.HC Koekiipide plussid ja miinused: -Uute antikehade sobivuse testimine -Uute prognostiliste antigeenide leidmine -Arengubioloogilised küsimused -Võimalus kiirpatoloogiliseks uuringuks -Võimalik edasiarendus rakukiip -Kudede omadused muutuvad sügavuti -Paljud antikehad ei tööta parafiinlõikudel -ICH on raskesti kvantifitseeritav -Suhteliselt kallid 10.Rakukiibid Transfekteeritud rakkude mikrokiibid: Positsionaalsed ja mittepositsionaalsed kiibid 25
Spotterid e tilgutusnõelad -> tilk klaasile, kus igas augus on järjestus. Kasutamine: SNPd mutatsioonid ekspressioonianalüüs interaktsioon Põhiplatvormid: cDNA kiibid lühikeste oligote kiibid pikkade oligodega kiibid Põhiprobleemid: 9. Koekiibid Organiseeritud kudede prafiinilõigud, koostatud sadadest prooviblokkidest. Metoodikad:IHC, ISH, FISH, HC. Uute antikehade sobivuse testimine, prognostiliste antigeenide leidmine, arengubioloogilised küsimused, võimalused kiirpatoloogilisteks uuringuteks, võimalik edasiarendus rakukiip, kudede omadused muutuvad sügavuti, paljud antikehad ei tööta parafiinilõikudel, ICH on raskesti kvantifitseeritavad. Koelõik tuleb fikseerida nii, et seal olevad koe molekulid ei laguneks: sisestatakse parafiini, lõigutakse mikrotoomiga, värvitakse antikehadega või in situ hübridisatsiooniga (RNA vaatlemine märgistatud cDNAga või RNAga)
annaabi.ee 
