Enamasti pole teada. ÜKS ja ainus 54. rekonstrueeritud puu fülogeneesi kujutamisel (mõiste)fülogeneesi mudel, hüpotees. Konstrueeritakse olemasolevate andmete põhjal. Võib, kuid ei pruugi olla identne tegeliku puuga. Tavaliselt saab andmetest tuletada mitu puud. 55. plesiomorfne tunnus (mõiste ja näide) tunnuse vanem seisund, mis olemas juba ühisel eellasel 56. apomorfne tunnus (mõiste ja näide)ehk tunnuse evolutsiooniliselt uuem seisund, mis on kujunenud plesiomorfsest tunnusest ja annab infot põlvnemissuhete kohta 57. MRCA tähendus fülogeneesi rekonstruktsioonil Antud puud moodustavate taksonite kõige hiljutisem ühine eellane Most recent common ancestor 58. OTU organismid fülogeneesi rekonstruktsioonis, mille kohta on andmeid, k.a. fossiilseid 59. ortoloogsed geenid ühise päritoluga homoloogsed geenid erinevates organismides 60. paraloogsed geenid ühe organismi geenid, eellasliinides toimunud geeniduplikatsiooni tõttu on tekkinud
Samas alfa ja beeta geenid samades liikides on paraloogid. Kõik homoloogid. 11. Võrrelge homoloogse tunnuse seisundeid (plesiomorfne, apomorfne, autapomorfne, sünapomorfne). Tunnuse seisundeid saab jagada vanemateks ja uuemateks. See on fülogeneesi rekonstrueerimisel hädavajalik. Vanemad homoloogiad on need tunnusseisundid, mis olid olemas juba ühisel eellasel. Vanemaid tunnuseid nim plesiomorfseteks. Uuem seisund on kujunenud plesiomorfsest tunnusest ja annab infot põlvnemissuhte kohta. evolutsiooniliselt nooremat seisundit nim apomorfseks. Plesiomorfne ehk vanem seisund. Apomorfne ehk uuem seisund. Autapomorfne – unikaalne Sünapomorfne – ühine apomorfne apomorfne 12. Mis on mono-, para- ja polüfüleetiline rühm? (Tooge näiteid!) Milline neist on fülogeneesipuu oluline koostisosa? Monofüleetiline rühm ehk klaad on rühm, millesse
programmile vastava käsu anname, neid lihtsalt ignoreeritakse. See lihtsus- tab ja ka kiirendab analüüsi. 8.4. Kladogrammide koostamisel "joonistatakse" tunnuste ajas muutumist rekonstrueerides selline puu, mille harutippudeks on uuritavad taksonid ja mille tüve alusel (juuritud puu puhul) on hüpoteetiline ühiseellane - liik. Ühise päritoluga (sünapomorfidega iseloomustatud) liigirühmad moodustavad puu ühe "oksa" ehk klaadi. Iga tunnusemuutust (üleminekut plesiomorfsest tunnusest apomorfseks, reversiooni ehk taandarengut tagasi plesiomorfseks, sama tunnuse paralleelset teket arengupuu eri harudes (parallelismi) loen- dame ühe sammuna; sammude koguarv näitab kladogrammi (puu) pikkust. 8.4.1. Olenevalt uuritavate taksonite (harutippude) arvust võime konst- rueerida suure hulga erineva harunemisega puid. Kui kasutame binaarseid (kaheastmelisi) tunnuseid, on võimalike puude arv: taksonite arv - puude arv 2 2 3 9
annaabi.ee 
