RNaas E poolne atakk on mRNA degradatsiooni kiirust mõjutav etapp. RNaas E tunneb ära spetsiifilisi sekundaarstruktuure, kuid lõikab nende kõrvalt üksikahelalist RNA-d, mille puhul on erinevate mRNA-de degradatsiooni uurides pakutud välja erinevaid konsensusjärjestusi. Enamasti pakutakse konsensuseks järjestust RAUUW, kus R = A või G ja W = A või U ning eelistatult toimub lõige AU dinukleotiidist 5' suunas. RNaas E lõikespetsiifikat on detailsemalt uuritud pBR322 108 nt-pikkuse mittetransleeritava RNA, RNA I puhul. Leiti, et RNA I 5' otsas olev juuksenõelastruktuur stabiliseerib RNA-d, kuid 5 mittepaardunud nt enne seda sruktuuri on destabiliseeriva toimega, võimaldades RNaas E-l mRNA 5' otsale seonduda ja RNA-d lõigata. Seega on RNaas E lõikamissaidi puhul olulised nii mRNA primaarjärjestus kui ka sekundaarstruktuurid. RNaas III RNaas III on rnc geeni produkt, mis lõikab peamiselt rRNA-d. Ensüüm tunneb ära lühikesi mittepaardunud
konstrueerimaks uusi DNA-vektoreid või bakteritüvesid. Kuigi bakterite transformatsioon on lihtne ja levinud metoodika, määrab transformatsioon paljuski ära, milliseid baktereid tänapäeval uuritakse. Bakterid, mida ei saa kunstlikult kompetentseks muuta, on üldiselt jäetud uurimise alt välja. Transformatsiooni efektiivsuseks nimetatakse transformantide arvu 1 g DNA kohta. E. coli puhul kasutatakse transformatsiooniefektiivsuse arvutamiseks pBR322 DNA-d. Transformatsiooni võivad takistada retsipientraku restriktaasid, mis tunnevad erinevalt metüleeritud DNA-d ära ning lõikavad transformeeritud DNA tükkideks. Selle vältimiseks kasutatakse metülatsioonidefektseid või restriktaaside defektseid tüvesid. Kunstlik kompetentsuse tekkimine on üsna segane ning sõltub bakteri liigist, puhvrist ning bakterite kasvatamisest. Sellest johtuvalt pole leitud universaalset metoodikat kõigi bakterite jaoks, vaid levinud metoodikaid
Therefore, most of the screening methodology that commonly detects regula- methods are based on the detection of P-35S, tory sequences or marker genes, and which T-nos, and bla and nptII genes. Another aims to detect the presence or absence of strategy is the use of regions from cloning GM-material; (2) GMO identification via the vectors regularly used for transformation identification of specific genes, detection of (i.e., plasmid sequences derived from pBR322 Assessment of Genetically Modified Organisms (GMO) in Meat Products by PCR 509 Table 29.2. PCR screening methods for GMO analysis. cPCR: conventional PCR; RTi-PCR: real-time PCR Modified from Hernandez et al. (2005) Target sequence Technique Reference T-nos cPCR Depicker et al., 1982
annaabi.ee 
