EVGVDVVAEATGLNFDKYAGQDIVSNASCTTNCLAPLAKVINDNFGIIEGLMTTVHATTATQKTVDGPSHKDWRG GRGASQNIIPSSTGAAKAVGKVLPELNGKLTGMAFRVPTPNVSVVDFRVPTPNVSVVDFRVPTPNVSVVDLTVRL EKAATYEQIKAAVKAAAEGEMKGVLGYTEDDVVSTDFNGEVCTSVFDAKAGIALNDNFVKLVSWYDNETGYSN b. Milline on uuritav valk, millised ortoloogid ja paraloogid leiti erinevatel otsingutel? . ortoloog eri liikidest pärit järjestused, millel on üks ühine eellane 4 paraloog samast liigist pärit järjestused, millel on üks ühine eellane Uuritav valk: Glyceraldehyde 3-phosphate E. Colide puhul esineb nii ortolooge kui paralooge. Näiteks paraloogid: >>UNIPROT:Q6WAN9_ECOLX Q6WAN9 Glyceraldehyde phosphate d (220 aa) initn: 1051 init1: 715 opt: 721 Z-score: 859.5 bits: 166.6 E(): 2.7e-39 Smith-Waterman score: 1058; 75.8% identity (75.8% similar) in 244 aa overlap (36-244:1-220) 10 20 30 40 50 60
t. samaseid funktsioone kannavad mitteortoloogsed geenid). Minimaalse genoomi mõiste seotud ortoloogsete geenide klastrite mõistega (COG), sisaldavad ka erinevaid paralooge. Genoomide võrdlemine toob esile 327 universaalset COG-d, defineerides ka organismile vajaliku minimaalse geenide hulga. Genoomi suurust peegeldab ka genoomi asendatavus (redundancy), mis on võrdne paraloogia tasemega. Seda omakorda defineeritakse geenide fraktsiooni järgi, millel on genoomis vähemalt üks paraloog. Paraloogia suhteline tase kahe genoomi vahel on võrdne RLP12=ruutjuur N1/N2. N1 ja N2 on geenide arv kahes erinevas genoomis. Paraloogia tase E.coli ja H.influenza jaoks on vastavalt 50% ja 33% ning RLP=1.52, kui geenide arvu vaheline suhe on 2.5. Mutatsioonimehhanismid, mis otseselt mõjutavad genoomi suuruse arengut: Kombinatoorne mutatsioonide ja selektsioonirõhu efekt viib genoomi suuruse kasvule, vähenemisele või stabiilsusele. 25. Prokarüootide genoomide evolutsioon
Koosnevad alati valgulisest toksiinist ja selle valgulise toksiini omadusi/võimeid neutraliseerivast antitoksiinist (valk või RNA). Toksiin on enamasti stabiilne, antitoksiin on ebastabiilne ning seda peab koguaeg juurde sünteesima. - 100S ribosoomid dimerisatsioon Translatsioonilised GTPaasid Mis on ortoloogid ja mis on paraloogid. Ortoloog - eri liikidest pärit järjestused, millel on üks ühine eellane. Paraloog - samast liigist pärit järjestused, millel on üks ühine eellane. geenid mis on tekkinud geeniduplikatsiooni tulemusena sama liigi piires Kas EF-Tu/eEF1A/aEF1A on ortoloogid/paraloogid IF2/eIF5B/aIF5B on ortoloogid/paraloogid EF-G/eEF2/aEF2 on ortoloogid/paraloogid RF3/eRF3 on ortoloogid/paraloogid Järgmiste valkude funktsioon 26
GacS-GacA süsteem on vajalik virulentsusgeenide aktiveerimiseks, kui ka kroonilise infektsiooni korral biofilmi ja N-atsüül-homoseriini (hulgatunnetuse signaalmolekul) geenide aktiveerimiseks ja liikumisgeenide transkriptsiooni pärssimiseks. Vaatamata sellele, et GacS-GacA on põhjalikult uuritud kahekomponentne signaalsüsteem, pole pseudomoonastes teada, mis on signaaliks, mida GacS vastu võtab. Sugukonna Enterobacteriaceae liikidel on teada, et GacS paraloog BarA tunnetab orgaaniliste hapete nagu atsetaadi kogunemist keskkonda. GacS on hübriidne sensorkinaas, mis kannab fosfaatjäägi GacA-le, mis on transkriptsiooni regulaator. GacS-i N-terminuses on kaks transmembraanset domeeni, millele järgneb tsütoplasmaatiline HAMP-domeen ning tüüpiline HisKa- 90 HATPaasne domeen. Lisaks on GacS-l veel regulaatori vastuvõttev domeen REC
annaabi.ee 
