IS elemendid ehk insertion sequences (800 2000 np), suht identse ehitusega, võivad lülituda väga erinevatesse kohtadesse bakteri kromosoomis või plasmiidis, näit. IS50.Iseloomustus: väikesed, alla 2500 np, suht identse ehitusega sisaldavad ainult transpositsiooniks vajalikke geene mõlemas otsas on IR järjestused (inverted repeat) ehk 9 50 bp otsmised pöördkordusjärjestused (vastassuunalised, palindroomsed) IS-elemendi insertsioonil tekivad elemendi otstes 2 13 bp pikad DR- (direct repeat) ehk otsekordusjärjestused. IS element kodeerib ensüümi transposaas, mis võimaldab transpositsiooni toimumist läbi lõika kleebi mehhanismi. Tn elemendid, iseloomustus: suuremad IS elementidest. kompleksed sisaldavad mõlemas otsas IS elementi. Tekivad, kui kaks IS elementi lülituvad lähestikku
Kuna DNA dupleksi avamine on lihtsam A- T rikastest regioonidest, on ori regioonid alati A-T rikkad. DNA ahelate lahtisulamise tulemusena ilmneb struktuur, mida nimetatakse replikatsiooni mulliks ehk silmaks (lokaalne denaturatsiooni ala). E.Coli'l alguspunktiks oriC (13mer, 13bp jarjestus on 3-s tandeemses korduses ja 9-mer 4-s korduses replikatsioonivalkudega seondumiseks). Eukarüootidel algus on ARS (50 bp A:T rikast 11bp järjestust) 92. DNA tandeemsed ja palindroomsed järjestused. Mõõdukalt kordistunud DNA piirkonnad (12,5 % genoomist) on sellised, kus igat lõiku on 104 - 105 koopiat. Siia kuulub geneetilist infot mittekodeerivaid alasid, mis asetsevad genoomis rühmiti (tandeemsed kordused) või ka hajusalt laiali (hajuskordused ehk polündroomsed kordused). Palindroomsed - geneetilised laused, kus teatud sümmeetriateljest paremale ja vasakule lugedes on järjestus sama. 93. Restriktaasid. Ekso- ja endonukleaasid.
• γ – on kõrge C+G nukleotiide koostisega, kõrge GC % • Pärmis rekombinatsiooni ja transkriptsiooni initsiatsioon on seotud 12-ne (CCGNN) tandeemse kordusega. See on väga tundlik DNaas I-le. Ainult transkriptsioon on seotud 48 CCGNN kordusega. • Kõrgemate eukarüootide puhul on pakutud, et rekombinatsiooni toimumist tõstab kõrgem GC sisaldus, kõrgem Alu elementide ja geeni sisaldus. χ-motiiv stimuleerib rekombinatsioonilist aktiivsest. Samuti palindroomsed järjestused, mis soodustavad sekundaarstruktuuride moodustamist stimuleerivad DSB teket – loop osa on tundlik endonukleaasidele ja seega toimub selles piirkonnas kromatiini lõikamine millele järgneb rekombinatsiooniline aktiivsus. • Alternatiivsed rekominatsiooni hotspotide mudelid imetajates: • Cis elementide mudel – hiirtes NID1 hotspotis CCCCACCCC põhjustab rekombinatsiooni. Inimestes CCTCCCT on rikastatud hotspotides.
Valkude aminohappejäägid interakteeruvad DNA alustega H-sidemete kaudu. 37.Rekombinantse DNA metoodika alused. Definitsioon-soovikohaselt muudetud DNA järjestus, selle ekspressioon, tulemus. DNA valgud on suured, monotoonsed, keemiliselt stabiilsed. 38.Restriktaasid. DNA molekulide lõikamine ja ühendamine. Restriktaasid lõikavad kindla DNA järjestuse (äratundmiskoht) katki, nii tekivad iseloomulikud otsad. Äratundmis kohad on tavaliselt palindroomsed, pikkusega 4-8 nukleotiidi. Restriktaasid, mis lõikavad erinevaid DNA järjestusi, võivad anda samad otsad (sarnased otsad paarduvad). DNA ligaas sünteesib paadunud otste vahele fosfodiestersideme. 39.Plasmiidid. Plasmiidi on iseseisvad DNA rõngasmolekulid, mis määrvad mitmesuguseid raku omadusi. Plasmiide kasutatakse siis kui nt tahetakse viia mõnd geeni teise organismi või tahetakse toota nt mõnd valku. 40. DNA kloneerimise etapid. 41
- E.coli rakkude transformatsioon võõrDNA-ga (ehk võõr-DNA viimine E.coli rakkudesse) – plasmiidid - DNA molekulide lõikamine ja ühendamine - restriktaasid, ligaas - analüüsimeetodid võõrDNA jälgimiseks - elektroforees, hübridiseerimine 39. Restriktaasid Restriktaasid- restriktaasid on ensüümid, mia lõikavad kindla DNA järjestuse(äratundmiskoht) katki nii, et tekivad iseloomulikud otsad. Äratundmiskohad on sageli palindroomsed, pikkusega 4-8 nt (AIAS SADAS SAIA) Restriktaasidel on omadus lõikata DNA topeltahel läbi kindlas piirkonnas (lõikepiirkond- ingl. k. cleavage site), mille määrab ära antud piirkonna DNA nukleiinhappeline-järjestus (äratundmis- järjestused; ingl. k. recognition sequences- koosnevad 4-8 nukleotiidipaarist), kusjuures iga ensüümi jaoks on see erinev. Kasutades erinevaid restriktaase, võime saada DNA fragmente, millel on kas tömbid (Hpa I) või siduvad otsad (ingl. k. cohesive ends)
- E.coli rakkude transformatsioon võõrDNA-ga (ehk võõr-DNA viimine E.coli rakkudesse) plasmiidid - DNA molekulide lõikamine ja ühendamine - restriktaasid, ligaas - analüüsimeetodid võõrDNA jälgimiseks - elektroforees, hübridiseerimine 39. Restriktaasid Restriktaasid- restriktaasid on ensüümid, mia lõikavad kindla DNA järjestuse(äratundmiskoht) katki nii, et tekivad iseloomulikud otsad. Äratundmiskohad on sageli palindroomsed, pikkusega 4-8 nt (AIAS SADAS SAIA) Restriktaasidel on omadus lõikata DNA topeltahel läbi kindlas piirkonnas (lõikepiirkond- ingl. k. cleavage site), mille määrab ära antud piirkonna DNA nukleiinhappeline-järjestus (äratundmis- järjestused; ingl. k. recognition sequences- koosnevad 4-8 nukleotiidipaarist), kusjuures iga ensüümi jaoks on see erinev. Kasutades erinevaid restriktaase, võime saada DNA fragmente, millel on kas tömbid (Hpa I) või siduvad otsad (ingl. k. cohesive ends)
annaabi.ee 
