määramatus. Tuleb kasutada minimaalset arvu parameetreid, mis annavad mõistliku tulemuse. Fülogeneesipuude konstrueerimise meetodid 27. Võrrelge distantsmeetodeid meetoditega, mis kasutavad diskreetseid tunnuseid. Distantsmeetodid – kõigepealt arvutatakse järjestuste geneetilised kaugused, leitakse kõikide paaride kaugused, koostatakse kauguste maatriks ja selle põhjal arvutatakse puu: Arvutavad joondatud järjestuste paariviisiliste kauguste maatriksi Tuletavad puu topoloogia Hindavad iga haru pikkust Diskreetsetel tunnustel põhinevad meetodid: Võtavad vahetult arvesse igat nukleotiidipositsiooni Tuletavad puu topoloogia Hindavad iga haru pikkust Võimaldavad rekonstrueerida väljasurnud eellaste tunnused Annavad infot, millised asendused igal harul on toimunud. 28
o Valimiprotsent on ligikaudu normaaljaotusega o Kahe valimiprotsendi pa ja pb vahe dp on ligikaudu normaaljaotusega o Kahe valimisprotsendi vahe standardviga on arvutatav valimi põhjal kui: · Paariviisiline võrdlus Wilcoxoni astakmärgitest o Kasutatakse samadel subjektidel tehtud mõõtmiste võrdlemiseks juhul, kui valimite jaotus erineb oluliselt normaaljaotusest. o Wilcoxoni märgitesti jaoks arvutatakse paariviisiliste mõõtmiste vahed ja järjestatakse need sõltumata märgist ehk järjestame vahede absoluutväärtused. o Teststatistik W+ on positiivsete vahede astakute summa. · T-test keskmiste võrdlemiseks, kui võrdlusalune tunnus on normaaljaotusega o T-test kahe grupi keskmiste võrdlemiseks o Ühe valimi t-test ühe grupi keskmise võrdlemiseks kindla väärtusega
1. Võrdle populatsioonigeneetikas populatsioonide demograafilise ajaloo rekonstrueerimisel kasutatavaid geneetilise struktuuri kirjeldamise ja analüütilisi meetodeid üldiselt. 2. Kirjelda kuidas saab simulatsioone kasutades hinnata empiirilise populatsiooni sisese geneetilise varieeruvuse (π – keskmine paariviisiline erinevus) hinnangu usalduspiire. 3. Mida saab välja lugeda populatsiooni sisese paariviisiliste erinevuste jaotusest JÜRI 4. Mis asi on asenduste sagedusspekter (Site Frecuency Spectrum) ja mida võiks järeldada kui näeme populatsioonis palju rohkem haruldasi mutatsioone kui konstantset populatsioonisuurust eeldava koalesentsi mudeli põhjal simuleeritud andmetes? Kristine Asenduste sagedusspekter ehk haplotüüpide sageduste distributsioon. See näitab sekventside hulka populatsioonis, mis esindab igat vaadeldud sekventsi alleeli (eeldusel, et individuaalid on haploidsed või
Lähtuvalt koalesentsiteooriast simuleeritakse suur hulk koalesentsi puid eeldades lõputute saitide mudelit. Kasutades sedasama leitud π, paigutatakse puudele juhuslikult mutatsioonid (π/2 igale liinile – juurest tipuni). Nüüd on võimalik nende puude pealt tuletada DNA järjestused ja iga simulatsiooni kohta arvutada π. Nii same π hinnangute jaotuse millelt saame hinnata näiteks 95% usalduspiire. 3. Mida saab välja lugeda populatsiooni sisese paariviisiliste erinevuste jaotusest. Paasiviisiliste erinevuste jaotus kannab informatsiooni populatsiooni ajaloost. 4. Mis asi on asenduste sagedusspekter (Site Frecuency Spectrum) ja mida võiks järeldada kui näeme populatsioonis palju rohkem haruldasi mutatsioone kui konstantset populatsioonisuurust eeldava koalesentsi mudeli põhjal simuleeritud andmetes? Asenduste sagedusspekter on haplotüübi sagedusspekter. Kui näeme
annaabi.ee 
