Esineb lokaalne erinevus. Eksonite ja kodeeriva DNA suurus (550 koodonit) sarnane, sarnane on ka ortoloogsete geenide hulk. G+C hulk hiirel suurem kui inimesel (42% versus 41%). Inimesel palju suurem CpG saarte hulk. Konserveerunud sünteensete piirkondade pikkus 10 Mb. Inimesel 5% genoomist suurte segmentaalsete duplikatsioonide tulemus, hiirel 1% (rott 3%) ·Divergents (lahknemine) geenide ja valkude järjestuses: Umbes 80% hiire geenidest omab ortolooge inimese genoomis, järjestuse sarnasusega 70-100%. Enim erinevad MHC geenid ja reproduktsiooniga seotud geenid. Põhjuseks positiivne selektsioon (selektsioon aminohapete asenduse suunas, et suurendada mitmekesisust). Divergents geenide arvus: Täpne arv pole teada, kuid arvatavasti väga sarnane. Mõnedes geeniperekondades on toimunud areng erinevates suundades. Näiteks olfaktoorsete retseptorite perekond, hiirel 3x rohkem kui inimesel (1200 vs. 400). Hiire genoomis on
EKAATYEQIKAAVKAAAEGEMKGVLGYTEDDVVSTDFNGEVCTSVFDAKAGIALNDNFVKLVSWYDNETGYSN b. Milline on uuritav valk, millised ortoloogid ja paraloogid leiti erinevatel otsingutel? . ortoloog eri liikidest pärit järjestused, millel on üks ühine eellane 4 paraloog samast liigist pärit järjestused, millel on üks ühine eellane Uuritav valk: Glyceraldehyde 3-phosphate E. Colide puhul esineb nii ortolooge kui paralooge. Näiteks paraloogid: >>UNIPROT:Q6WAN9_ECOLX Q6WAN9 Glyceraldehyde phosphate d (220 aa) initn: 1051 init1: 715 opt: 721 Z-score: 859.5 bits: 166.6 E(): 2.7e-39 Smith-Waterman score: 1058; 75.8% identity (75.8% similar) in 244 aa overlap (36-244:1-220) 10 20 30 40 50 60 Sequen VFRAAQKRSDIEIVAINDLLDADYMAYMLKYDSTHGRFDGTVEVKDGHLIVNGKKIRVTA ::::::::::::::::::::::::::::::
(keskmiselt 16%) väiksemad. Esineb lokaalne erinevus. Eksonite ja kodeeriva DNA suurus (550 koodonit) sarnane, sarnane on ka ortoloogsete geenide hulk. G+C hulk hiirel suurem kui inimesel (42% versus 41%). Inimesel palju suurem CpG saarte hulk. Konserveerunud sünteensete piirkondade pikkus 10 Mb. Inimesel 5% genoomist suurte segmentaalsete duplikatsioonide tulemus, hiirel 1% (rotil 3%); Divergents (lahknemine) geenide ja valkude järjestuses: Umbes 80% hiire geenidest omab ortolooge inimese genoomis, järjestuse sarnasusega 70-100%. Enim erinevad MHC geenid ja reproduktsiooniga seotud geenid. Põhjuseks positiivne selektsioon (selektsioon aminohapete asenduse suunas, et suurendada mitmekesisust). Divergents geenide arvus: Täpne arv pole teada, kuid arvatavasti väga sarnane. Mõnedes geeniperekondades on toimunud areng erinevates suundades. Näiteks olfaktoorsete (haistmisega seotud) retseptorite perekond, hiirel 3x rohkem kui inimesel (1200 vs. 400)
Rekombinatsioon 19. Iseloomustage homoloogsete geenide tüüpe (orto-, para- ja ksenoloogsed geenid). Milliseid neist eelistatakse fülogeneesipuu konstrueerimisel ja miks? Ortoloogsed geenid on homoloogsed geenid, mis on tekkinud liigitekke teel ühisest eellasgeenist. Ehk geenid kahest eri liigist, mis pärinevad ÜHEST geenist nende liikide viimases ühises eellases. Liikidevaheliste genealoogiliste suhete rekonstrueerimiseks tuleb võrrelda ortolooge. Paraloogsed geenid on homoloogsed geenid, mis on tekkinud eellasgeeni duplitseerumise tulemusel. Paraloogid on samast liigist pärit järjestused, millel on üks ühine eellane. Vt küs.10. Ksenoloogsed geenid on homoloogsed geenid, mis on tekkinud horisontaalse geeniülekande tulemusena. DNA evolutsiooni mudelid 20. Mis on DNA järjestuste mutatsiooniline küllastumine ja kuidas see mõjutab fülogeneesipuude konstrueerimist?
selleks, et tuua ekstratsellulaarne dsDNA retseptorini ComEA. DNA sisenemine rakku. Tõenäoliselt esitleb ComEA dsDNA nukleaasile, mis lagundab dsDNA üheahelaliseks, sisestamaks DNA-d rakku. S. pneumonia'l on nukleaasiks EndA, mis lagundab DNA üheahelaliseks ning suunab ComEC 109 kaudu ssDNA rakku. Teistel bakteritel pole EndA ortolooge siiani suudetud tuvastada. Lisaks on näidatud, et ComEA on G(+) bakteritel transformatsiooniks hädavajalik, samas kui ComEC pole. ComEC ortolooge on leitud kõigist looduslikult transformeeruvatest bakteriliikidest. ComFA on ATPst sõltuv translokaas, mis tagab ssDNA sisenemise rakku. 13.2. Transformatsiooni teine etapp võõr-DNA integreerimine genoomi Üheahelaline DNA initseerib kõigis bakterites homoloogilise
annaabi.ee 
