Alates 1991. aastast on Piirissaar looduskaitseala ning kuulub Natura 2000 alade hulka. 1997 aastal arvati Emajõe suursoo ja Piirissaar rahvusvahelise tähtsusega märgalade ehk Ramsari alade hulka. 1994.a loodi Emajõe - Suursoo maastikukaitse ala, et kaitsta Emajõe deltasoostikku, tagada selle ohustatud ja haruldaste koosluste ning liikide säilitamine, kaitse ja uurimine. Emajõe - Suursoo, Piirissaar koos Peipsi kaldaroostike ja luhtadega on sobivaks pesitsus- ja toitumispaigaks paljudele linnuliikidele - meri-, kala-, kalju-, konnakotkastele, must- toonekurgedele, luikedele, partlastele, neppidele, hüüpidele, rukkirääkudele jt. See piirkond on arvatud rahvusvahelise tähtsusega linnualade hulka. Endla Looduskaitseala Endla looduskaitseala asub Kesk-Eestis, Põltsamaa (Piibe) jõe keskjooksul, Järva, Jõgeva ning Lääne-Viru maakonna piirimail.
metsakuivendamine. Liik eelistab soiseid metsi, kuivendamine kahjustab otseselt pesapaikasid läbi pesametsa struktuuri muutusele. Keskkonnaregistrisse kantud 27 pesa, 8 neist asuvad kaitsealadel ja 19-le pesale on moodustatud püsielupaigad. (Keskkonnaministeerium. s.a.). Suur- konnakotkas kasutab jahipidamiseks avamaastike. Nende pesitsus alasid iseloomustab mosaiiksus: pesametsad on ümbritsetud lagedate jahialadega- niitude ja luhtadega (Väli & Lõhmus 2000). Suur-konnakotka jahialad on viimastel aastakümnetel võsastunud ja on ka vähenenud kultuuriheinamaade ja niitude pindala. Aastast 2001 hakati toetama poollooduslike koosluste ja niitude, mida kasutavad suur-konnkotkad toiduotsingul, hooldamist, mis küündib kümnetele tuhandetele hetktaritele. See on vähendanud saagialade vähenemis ohutegurit. Konnakotkastele on oluliseks toitumisaladeks püsirohumaad.
Aastal 2011 on Keskkonnaregistrisse kantud 27 pesa, 8 neist asuvad kaitsealadel ja 19-le pesale on moodustatud püsielupaigad. 2006-2010 aastatel ei ole kantud Keskkonnaregistrisse ühtegi inimtegevust, mis oleks kahjustanud pesapaiku (Keskkonnaministeerium. s.a.). 2.3 Saagialade hävitamine Suur- konnakotkas kasutab jahipidamiseks avamaastike. Nende pesitsus alasid iseloomustab mosaiiksus: pesametsad on ümbritsetud lagedate jahialadega- niitude ja luhtadega (Väli & Lõhmus 2000). Suur-konnakotka jahialad on viimastel aastakümnetel võsastunud ja on ka vähenenud kultuuriheinamaade ja niitude pindala. Aastast 2001 hakati toetama poollooduslike koosluste ja niitude, mida kasutavad suur-konnkotkad toiduotsingul, hooldamist, mis küündib kümnetele tuhandetele hetktaritele. See on vähendanud saagialade vähenemis ohutegurit. Konnakotkastele on oluliseks toitumisaladeks püsirohumaad. Rohumaade kiire asendumine põllumaadeks, mida võis
annaabi.ee 
