Siiski jäi talupoegade olukord maha kunagisest, Rootsi-aegsest tasemest. Ulatuslikud talurahvarahutused ehk nn pearaharahutused puhkesid 1784. aastal, kuna talupojad said asehalduskorrast aru kui mõisakoormistest vabastamisest. Ulatuslikumad väljaastumised leidsid aset Räpinas (Puuaiasõda) ja Karulas. Kirikuelu: Kiriku tegevust sätestas 1686. aasta Rootsi kirikuseadus. Kirikut juhtisid kirikuvalitsused provintsiaalkonsistooriumid Liivimaal, Eestimaal ja Saaremaal ning linnakonsistooriumid Tallinnas ja Narvas. Liivimaa ülemkonsistooriumile olid allutatud 5 Eesti 18. sajandil alamkonsistooriumid Tartus ja Pärnus. Piiskopi institutsioon Vene ajal kaotati. Kõrgeimaks Eestimaa vaimulikuks loeti Tallinna Toomkiriku ülemõpetajat. Liivimaal oli kõrgeim provintsi vaimulik kindralsuperintendent. Konsistoriaalpiirkonnad jagunesid praostkondadeks, mis omakorda jagunesid kihelkondadeks
Järelevalvet teostas kubermanguprokurör. Seoses talurahvaseaduste sisseseadmisega loodi spetsiaalne õukohtu departemang Saaremaale. Kahe maakonna kohta tegutses üks maakohus, neist jäid Eesti alale Saaremaa, Tartu ja Pärnu maakohtud. Maakohtud täitsid vaeslastekohtu ülesandeid aadlike suhtes. Linnades moodustas raad oma kohtuvõimu teostamiseks alamkohtuid. Luteri usu vaimulike jaoks olid konsistoriaalkohtud- Tartu, Pärnu ja Tallinna linnakonsistooriumid. Talupoegade probleeme lahendas vallakohus ja kihelkonnakohus. 1804 Liivimaa kubermangus loodi nelja-astmeline talurahvakohtute süsteem: vallakohtud, kihelkonnakohtud, maakohtute erikoosseisud, õuekohtu erikoosseis. Politsei: Maapiirkondades täitsid politseifunktsiooni Liivimaal sillakohtunikud ja Eestimaal adrakohtunikud koos oma abidega. Pärast pärisorjuse kaotamist nende vastutusala ja võim suurenes. Politseikohtute piirkondas hõlmas 3-5 kihelkonda.
kapitulatsiooniga, mis Harkus kokku lepiti, tuleb segakonsistoorium. Nimetus Eestimaa konsistoorium jääb püsima. Vaimulikuks juhiks piiskop. Presidendiks saab üks maanõunik ehk ilmalik inimene. Sama toimub ka Saaremaal, ehkki Saaremaa konsistooriumi taastamislugu on veidi keerulisem. Saaremaa konsistoorimi eesotsas on superintendent ja ametis on ka Saaremaa maanõunik, kes rüütelkonda konsistooriumis esindab. Säilivad ka mõned linnakonsistooriumid Riias oma konsistoorium ja konsistoriaalpiirkond, samuti Tallinnas (Tallinna all-linn moodustab omaette konsistoriaalpiirkonna). Tallinna konsistoorium kui selline oli alguse saanud juba seoses reformatsiooniga, selle oli sisse seadnud Tallinna raad. Selle etteotsa saab nüüd üks bürgermeistritest. Konsistooriumil on ka oma superintendent (tavaliselt Oleviste kiriku ülemõpetaja/pastor). Eestimaa konsistoorium oli aga seotud Toomkirikuga. Omaette iseseisev kirikupiirkond on Narva