Erinevate DNA molekulide replikatsiooni puhul võib praimeriks olla kas DNA või RNA, samuti valguga seondunud nukleotiid. Praimeri sünteesib kas RNA polümeraas või primaas (ingl. k. primase). DNA dupleksi avamine võib toimuda kas transkriptsiooni toimel või spetsiifiliste initsiaatorvalkude seondumise tulemusena (DnaA oriC puhul, O oril puhul). Kuna DNA dupleksi avamine on lihtsam A- T rikastest regioonidest, on ori regioonid alati A-T rikkad. DNA ahelate lahtisulamise tulemusena ilmneb struktuur, mida nimetatakse replikatsiooni mulliks ehk silmaks (lokaalne denaturatsiooni ala). E.Coli'l alguspunktiks oriC (13mer, 13bp jarjestus on 3-s tandeemses korduses ja 9-mer 4-s korduses replikatsioonivalkudega seondumiseks). Eukarüootidel algus on ARS (50 bp A:T rikast 11bp järjestust) 92. DNA tandeemsed ja palindroomsed järjestused. Mõõdukalt kordistunud DNA piirkonnad (12,5 % genoomist) on sellised, kus igat lõiku on 104 - 105 koopiat
molekuli raku kohta ning sel juhul peaks teoreetiliselt olema DNA-ga seondunud üks HU dimeer iga 300 400 bp tagant. Statsionaarses faasis langeb HU hulk raku kohta 1/3-le eksponentsiaalses faasis mõõdetust. IciA (inhibitor of chromosome initiation A) seondub spetsiifiliselt 3-le 13 nt pikkusele kordusjärjestusele DNA replikatsiooni alguspunkti oriC piirkonnas ning inhibeerib DNA replikatsiooni initsiatsiooni, blokeerides DnaA poolt vahendatud DNA ahelate lahtisulamise oriC regioonis. Eksponentsiaalselt kasvavates rakkudes on 400 IcaA dimeeri ja statsionaarses faasis on IcaA hulk langenud 250 dimeerile. IHF (integration host factor) seondub DNA-ga spetsiifiliselt heterodimeerina. Eksponentsiaalselt kasvavates rakkudes on üle 12000 IHF-i monomeeri raku kohta ning IHF-i hulk hakkab tõusma rakkude kasvu aeglustumisel, jõudes statsionaarses faasis 55000 monomeerini raku kohta. Sügavamas statsionaarses
1) DnaA boksid initsiaatorvalgu DnaA seondumiseks (4 koopiat) 5'-TTAT(C/A)CA(C/A)A-3' 2) 11 koopiat Dam metülaasi poolt äratuntavat järjestust 5'-GATC-3', nendest 8 asukoht on tugevalt konserveerunud. DNA metülatsiooni kaudu reguleeritakse replikatsiooni initsiatsiooni toimumist rakus. 3) DnaA boksidest vasakule jääb 3 A:T-rikast 13 nukleotiidi pikkust järjestust, mis on määrava tähtsusega DNA ahelate lokaalsel lahtisulamisel. DNA ahelate lahtisulamise tulemusena ilmneb struktuur, mida nimetatakse replikatsiooni mulliks. Lisaks seonduvad oriC-le mitmed DNA-d painutavad valgud (HU, IHF). DNA replikatsiooni alguspunktid eukarüootidel Erinevalt bakterikromosoomist on eukarüoodi kromosoomidel palju replikatsiooni alguspunkte. Need on jaotunud üle kromosoomi, paiknedes keskeltläbi iga 100 000 aluspaari tagant. Pärmil S. cerevisiae on isoleeritud ARS elemendid (Autonomously Replicating Sequences), mille olemasolu korral on tsirkulaarne
1) DnaA boksid initsiaatorvalgu DnaA seondumiseks (4 koopiat) 5'-TTAT(C/A)CA(C/A)A-3' 2) 11 koopiat Dam metülaasi poolt äratuntavat järjestust 5'-GATC-3', nendest 8 asukoht on tugevalt konserveerunud. DNA metülatsiooni kaudu reguleeritakse replikatsiooni initsiatsiooni toimumist rakus. 3) DnaA boksidest vasakule jääb 3 A:T-rikast 13 nukleotiidi pikkust järjestust, mis on määrava tähtsusega DNA ahelate lokaalsel lahtisulamisel. DNA ahelate lahtisulamise tulemusena ilmneb struktuur, mida nimetatakse replikatsiooni mulliks. Lisaks seonduvad oriC-le mitmed DNA-d painutavad valgud (HU, IHF). DNA replikatsiooni alguspunktid eukarüootidel Erinevalt bakterikromosoomist on eukarüoodi kromosoomidel palju replikatsiooni alguspunkte. Need on jaotunud üle kromosoomi, paiknedes keskeltläbi iga 100 000 aluspaari tagant. Pärmil S. cerevisiae on isoleeritud ARS elemendid (Autonomously Replicating Sequences), mille olemasolu korral on tsirkulaarne
regulaator aktiveerib või represseerib transkriptsiooni. Tavaliselt seonduvad transkriptsiooni repressorid promootorile või promootori ja geeni alguse vahele, takistades füüsiliselt RNAP seondumist promootorile. Aktivaatorid seevastu seonduvad promootoralast ülesvoolu ning on vajalikud RNAP -subühikuga seondumiseks või DNA painutamiseks, et RNAP seonduks DNA-ga või ülesvoolu asuva aktivaatoriga. Avatud kompleksi moodustumist saab takistada DNA ahelate lahtisulamise takistamisega. See saavutatakse tavaliselt regulaatorite seondumisel promootoralale nii, et muutub DNA lokaalne superspiralisatsioon, mis takistab ahelate lahtisulamist. (Aktivatsiooni korral soodustab lahtisulamist). Avatud kompleksi ülemineku heaks näiteks on E. coli gal operon, mille promootorist üles ja allavoolu seondub repressor GalR operaatoritele. Repressiooniks on vaja histoonilaadse valgu HU seondumist, selle tulemusena DNA paindub, ning GalR
annaabi.ee 
