Vastukaaluks allakäigule tekkis kiriku sees uuendusliikumine. Paavst Gregorius VII eestvedamisel vabastati kirik ilmaliku võimu mõju alt, keelati vaimulikel elada perekonnaelu. Paavsti järgi nimetatakse kogu uuendusliikumist Gregoriuse reformideks. Hiliskeskajal hakkas kiriku mõju vähenema. Seda põhjustas osaliselt kiriku aktiivsuse ja teojõu langus, osaliselt aga ilmaliku võimu tugevnemine ja ilmaliku hariduse areng. Roomas paavstiks valitud Urbanus VI nõudis oma kuurialt kommete rangust ja puhtust, kuid talle tekkis luksusliku eluga harjunud kuurias vastuseis. Urbanuse vaenlased valisid paavstiks Clemens VII. Seda sündmust nimeteatakse suureks skismaks. Kristlik maailm ei saanud sellise olukorraga leppida ning otsustas 1409. aastal kutsuda kokku Pisasse üldise kirikukogu. Kirikukogu ehk kontsiil on tähtsamate vaimulike koosolek, kus arutatakse peamiselt kiriku sisemist korraldust ja ristiusu õpetust puudutavaid küsimusi. Kahjuks, 15. sajandi
Avignoni vangipõlv 1305-1378 Rooma kodusõdade tõttu asus Paavst Clemens V elama Avignoni linna, kus valitses Prantsuse kuningas Philippe IV. Elu oli luksuslik. Itaallased olid rahulolematud, sest paavsti viibimine Roomast eemal rikkus traditsioone ja rahvas kaotas tulud, mis varem olid tulnud palveränduritelt, kes Rooma saabusid. Suur skisma 1378-1409 Urbanus VI valiti ametisse Roomas ja sinna ta ka jäi. Ta hakkas nõudma oma kuurialt kommete rangust ja puhtust ja seetõttu tekkis kuurias talle tugev vastuseis. Urbanuse vaenlased valisid uue paavsti Clemens VII. Katoliku kiriku jagunemine kaheks: Prantsusmaa liitlased tunnistasid Avignoni paavsti, Prantsusmaa vaenlased Rooma paavsti. 1409 Pisas kutsuti kokku üldine kirikukogu, et valida ühine paavst. See aga ei läinud läbi. Kirikukogud e -kontsiilid on tähtsamate vaimulike koosolek, kus arutatakse üldiseid kirikuasju
Jeruusalemm ja Püha Maa jäi muhamedlaste valdusesse ning ülemaailmset paavstiriiki ei tekkinud. Paavsti võim nõrgenes ning läänemaailma, Bütsantsi ja islamimaade vahel hakkas kasvama vaen. Ristisõde tagajärjed olid kindlasti hea õppetund paavstivõimule, et ei ole hea muutuda liigselt ahneks. Hiliskeskaja üheks kõige tähtsamaks sündmuseks kirikuelus võib pidada suurt skismat ehk kirikulõhet ( 1378-1409). Paavst Urbanus VI hakkas oma kuurialt nõudma kommete rangust, tekkis aga luksusliku eluga harjunud kuurias talle vastuseis. Urbanuse vaenlased valisid paavstiks Clemens VII ning naasid temaga koos Avignoni. Seda katoliku kiriku lõhenemist nimetataksegi suureks skismaks. Suure skisma mõju kirikule oli kindlasti laastav ning sellised vastuseisud viisid vaimuliku võimu alla ja paavstide tähtsus vähenes. Kõrg- ja hiliskeskajal probleemideks võib pidada vaimuliku- ja ilmaliku võimu
Kui 1305. aastal valiti paavstiks Clemens V, Itaalias toimusid rahutused. Kuna paavstil ei olnud võimalik Rooma minna, jäi ta Avignoni. Järgmisedki paavstid jäid Avignoni. Kuid see tekitas itaallastele pahameelt, sest enam ei käidud Roomas palverännakutel ja kaupmehed jäid tuluta. Alles pärast Saja-aastase sõja puhkemist tegi paavst Urbanus VI otsuse jääda Rooma, kuna ta oli seal ametisse valitud, mitte minna sõdivale Prantsusmaale. Kuna Urbanus VI nõudis oma kuurialt kommete rangust ja puhtust, tekkis luksusliku eluga harjunud kuurias talle tugev vastuseis. Urbanuse vaenlased valisid paavstiks Clemens VII ja naasid temaga Avignoni. Seda sündmust nimetatakse suureks skismaks. Alles 1417. aastal, kui Konstanzis valiti paavstiks Martinus V, võidi kirikulõhet pidada lõplikuks. Vaimulikku seisusesse kuulusid peale paavsti, piiskoppide ja preestrite ka mungad ja nunnad, kes olid kogunenud kindlate reeglite järgi toimivatesse vaimulikesse ordudesse. 520
ususle põõrdumiseks. 13. sajandist alates hakatakse üha rohkem kasutama surmanuhtlust. Paavstide Avignoni vangipõlv ja Suur skisma 1305. aastal sai paavstiks Clemens V. Valitud paavst oli prantslane ja Itaalias valitsevate segaste olude tõttu ta Rooma ei läinud. Avignoni eksiilis peavad paavstid ülal luksuslikku õukonda ja haldusaparaati. Paavst Urbanus VI (1378-1389) valiti Roomas ja jäi Rooma, sest nüüd olid Itaalia olud paranenud ja segased ajad tulnud Prantsusmaale. Ta nõudis kuurialt vahepeal tekkinud mittekristlike kommete kaotamist ja luksusliku eluviisi piiramist. Kuuriale see ei sobinud ja nad valisid uueks paavstiks Clemens VII (1378-1394), kellega nad läksid Avignoni. Nüüd on korraga kaks paavsti. Seda olukorda nimetataksegi Suureks skismaks. Kristluse jaoks olid sellisel olukorral halvad tagajärjed. Tuli võimule saada ainult üks paavst ja kuna mainitutest kumbki tagasi ei astunud, tuli 1409. aastal Pisas kokku kirikukogu. Uus kirikukogu kogunes 1414-1418