Ideaalne kogum sisaldab kõiki ühe organismi või koe geeni. DNA kogum: sisaldab ideaalselt vähemalt iga geeni üht koopiat. cDNAd vastavad aktiisetele geenidele, mis kodeerivad valke. Võimaldab vaadata aktiivseid valke. Genoomne DNA kogum kõik geenid, geenipank. Saab identsifitseerida. Genoomse kogumi loomiseks, kasutatakse genoomse DNA lõikamist restriktaasiga ja selle ligeerimine vektorisse: bakteriofaagid, kosmiidid, BAC ja YAC (Võivad esineda probleemid: geeni lõikamine keskel; geen on suurem, kui vektor võib vastu võtta. Kasutatakse randoomset lõikamist; ~20kb) Esineb mitu varianti cDNA sünteesimiseks: 1. cDNA sünteesitakse mRNA järgi, mille otsas on Polü-A-saba, mille praimeriks on polü-T oligonukleatiidne järjestus. Süntees toimub 5 3 suunas. Protsessi viib läbi revertaas dNTP olemasolul
Alternatiiv geeni disain ja süntees (Venter, mükoplasma järgmine slaid). Oluline, et usaldusväärsed meetodid DNA eraldamine: Purusta rakud Lisa soolalahus, et DNA viia lahusesse Lisa orgaaniline lahus (kloroform), et valgud ja rasvad eralduks Lisa alkohol ja DNA sadestub välja Kloneerimine Vektor - DNA molekul mida kasutatakse geneetlise materjali kandjana (viib DNA teise rakku) Neli tüüpi: Plasmiid Bakteri või viiruse faag Kosmiidid Kunstlikud kromosoomid BAC, YAC) Sisaldab: OriC (Origin of replication) multikloneerimise koht (multiple cloning site) Marker geen Restriktsiooni ensüümid - Nö. ,,DNA käärid". Tunnevad ära teatud DNA järjestuse ja katkestavad ahela ( Eco Ri). Bakterid produtseerivad ensüüme nimega restriktsioonilised endonukleaasid. Need ensüümid lõikavad DNA ahelat kindlate 4 - 8 aluspaari pikkuste järjestuste juurest. Funktsioon: kaitsta baktereid faagide sissetungi eest,
Mikrosatelliitide põhine (1 iga cM kohta), SNP-de põhine (1 iga kb kohta). Kuigi kasutatakse erinevaid markereid on kaartide põhimõte sama (uuritakse markerite koospärandumist põlvkondade vahetumise käigus). Füüsiliste kaartide alused erinevad. Füüsilise kaardi koostamine kasutades kloonide kontiinuume: Kattuvad kloonid identifitseeritakse YAC-de puhul kloon-kloon hübridiseerimisega, või kloonide fingerprintinguga. Tavalisem (kosmiidid, fagemiidid, plasmiidid) STS-l põhinev. Erinevad genoomide sekveneerimise strateegiad: Hierarchical shotgun, Whole-genome shotgun. Esimesed geenikaardid põhinesid EST markeritel. Fenotüüpe põhjustavate geenide identifitseerimise strateegiad (mittemetüleeritud CpG saared!) NB! Geenid ise ei põhjusta midagi, vaid nendelt kodeeritavad polüpeptiidid. 10. Inimgenoomi ülesehitus ja üldine iseloomustus. Heterokromatiin on valdavalt läbi sekveneerimata
5. Horisontaalne geeniülekanne horisontaalne geeniülekanne (ingl. Horizontal gene transfer)- Liikidevaheline geeniülekanne isenditele, kes pole geenidoonori järglased. 6. Geenide kloonimine 1. Restriktaasid a. Kleepuvad ja tömbid otsad b. Restriktsiooni-modifikatsioonisüsteem 2. Rekombinantne DNA a. Kloonimisvektorid b. Multikloonimissait c. Fagemiidid (ekspressioonivektorid) d. Kosmiidid e. Süstikvektorid f. Kunstlikud kromosoomid 7. Restriktaasid, kloonimissait restriktaas (ingl. Restrictase)- Endonukleaas, mis tunneb ära lühikesi spetsiifilisi DNA-järjestusi ja lõikab DNA-molekuli selles restriktsioonisaidis või selle lähedalt katki. polülinker (polükloonimissait) (ingl. Polylinker, Polycloning site)- DNA-segment, mis sisaldab rea unikaalseid restriktaaside lõikesaite. 8
annaabi.ee 
