12. Analüüsige TCA tsükli seoseid rakkude teiste ainevahetusradadega ja nimetage, millised TCA intermediaadid on prekursoriteks a) aminohapete - oksaalatsetaat, fumaraat b) puriinide - alfa-ketoglutaraat c) pürimidiinide - fumaraat, oksaalatsetaat 14. Kõrgemad taimed ja mõningad mikroorganismid on võimelised sünteesima atsetüül-KoA baasil uusi glükoosi molekule. Selgitage a) kuidas seda reaktsioonitsüklit nimetatakse Krebs-Kornbergi tsükkel b) millistes rakuorganellides paiknevad reaktsioonitsükli ensü
7. Telomeeride replikatsioon Replikatsiooni alternatiivsed mudelid Ultratsentrifuugimine gradiendis 1958: Matthew Meselson ja Frank Stahli katse, milles näidati, et repliktsioon on poolkonservatiivne 1955: Arthur Kornberg Töötas E. coli'ga. Avastas DNA sünteesi mehhanismi in vitro Vajalik neli komponenti: 1. dNTPs: dATP, dTTP, dGTP, dCTP (deoxyribonukleosiid 5'trifosfosfaadid) (suhkuralus + 3 fosfaati) 2. DNA matriits 3. DNA polümeraas I (Kornbergi ensüüm) (DNA polymeraas II ja III avastati veidi hiljem) 4. Mg 2+ (optimeerib polümeraasi aktiivsuse) 1959: Arthur Kornberg (Stanford University) ja Severo Ochoa (NYU) DNA süntees: 1. DNA polümeraas I katalüüsib fosfodiester sideme moodustumist deoksüriboosi 3'OH (viimasel nukleotiidil) ja dNTP 5'fosfaadi vahel · Energia saadakse kahe fosfaatrühma vabanemisel 2. DNA polümeraas I "leiab ülesse" õige komplementaarse dNTP kogu
-ketoglutaraadi dehüdrogenaas NADH ja suktsinüül-CoA inhibeerivad, AMP + aktiveerib. Püruvaadi dehüdrogenaasi regulatsioon ATP, NADH, atsetüül-CoA inhibeerivad, NAD , CoA aktiveerivad. Lehekülg 6. Glüoksülaadi eKrebs-Kornbergi tsükkel TCA tsükli variant taimedes ja bakterites, mis võimaldab sünteesida 4C- dikarboksüülhappeid ja suhkruid atsetaadist. Atsetaadil, kui ainsal C allikal baseeruv kasv süsivesikute ja teiste vaheühendite süntees atsetaadist (mis ei ole võimalik (TCAs). Glüoksülaadi tsüklis jäetakse CO2 vabanemisega TCA tsükli etapid vahele. Glüoksülaadi tsükkel aitab taimedel kasvada pimedas. Toimib ka idanevates seemnetes, kus fotosüntees ei ole piisav.
omavahelise seondumise tulemusena, nim. ka valgu kvaternaarstruktuuriks b. mitokondri maatriks aeroobsetes rakkudes jätkub metabolism mitokondri maatriksis, kus toimub püruvaadi dekarboksüülimine, ühenduslüli glükolüüsi ja Krebsi tsükli vahel. c. anaplerootne reaktsioon ensüümkatalüüsitud reaktsioon, mis võib täiendada trikarboksüülhapete tsükli intermediaatide varu. d. glüoksülaadi tsükkel ehk Krebs-Kornbergi tsükkel TCA tsükli variant, mis võimaldab atsetaadist sünteesida 4C-dikarboksüülhappeid ja suhkruid. Süsivesikute süntees rasvhapete - oksüdatsioonil vabanevast atsetaadist kui ainsast süsinikuallikast, iseloomulik taimedele (kasv pimedas). 2. TCA tsükkel on aeroobne /anaeroobne (õige alla kriipsutada) reaktsiooniahel, mis toimub raku (kus?) ........mitokondris........................ ja mille ülesandeks on atsetüüljäägi lõplik
Restriktaasid. Ekso- ja endonukleaasid. Nukleaasid - ensüümid, mis degradeerivad nukleiinhapet, lõhkudes fosfodiestersidemeid. Restriktaasid - rõngasmolekulist lineaarse vormi tagasi moodustumine alusspetsiifilise endonukleaasi toimel. Eksonukleaasid- eemaldavad nukleotiide DNA ahela otsast (lagundavad nukleiinhappe ahelat kas 5' või 3' otsast (5'eksonukleaasid ja 3'eksonukleaasid) Endonukleaasid- atakeerivad ja võtavad ära nukleotiide DNA ahela seest. 94. DNA polümeraas I omadused. Kornbergi polümeraas. 1) sünteesisuund 5'-3' (info loetakse matriitsahelast suunaga 3'-5') 2) 5'-3' eksonukleaasne aktiivsus. On reparatsiooniline polümeraas, kuna selle abil parandatakse ja korrigeeritakse geneetilise info paljundamisel, rekombinatsioonil ja mujal tekkivaid vigu. 95. DNA polümeraas III. Escherichia coli replikaas. Poolkonservatiivne süntees. Holoensüüm (katalüütiline südamik), 3 alaüksust, 900 000 daltonit, sisaldab vähemalt 20 erinevat polüpeptiidi
DNA replikatsioon DNA süntees toimub poolkonservatiivselt. Tõestati ära Watson.Cricki mudel. Kovalentse sideme tagamiseks nukleotiidide vahel on vajalik DNA polümeraas ning Mg ioon, mis aktiveerib polümeraasi. DNAd on võimalik paljundada ja ta säilitab oma stabiilsuse. 1955: Arthur Kornberg avastas DNA sünteesi mehhanismi in vitro. Vajalik neli komponenti: dNTPs: dATP, dTTP, dGTP, dCTP (deoxyribonukleosiid 5'-trifosfosfaadid) (suhkur-alus + 3 fosfaati) DNA matriits DNA polümeraas I (Kornbergi ensüüm)(DNA polymeraas II ja III avastati veidi hiljem) Mg 2+ (optimeerib polümeraasi aktiivsuse) DNA süntees: DNA polümeraas I katalüüsib fosfodiester sideme moodustumist deoksüriboosi 3'-OH (viimasel nukleotiidil) ja dNTP 5'-fosfaadi vahel. Energia saadakse kahe fosfaatrühma vabanemisel. DNA polümeraas I "leiab ülesse" õige komplementaarse dNTP kogu elongatsiooni vältel. Kiirus 800 dNTP/sekundis. Madal vale paardumiste määr. Sünteesi suund alati 5' 3' suunas.
blokeerunud DNA kahjustuste tõttu. Nendel ensüümidel puudub vigu korrigeeruv (proof reading) aktiivsus. Eukarüootsetes rakkudes on samuti mitmeid DNA polümeraase. Imetaja rakkudes on tuntumad 5 erinevat polümeraasi: , , , , ja . ja töötavad koos ning on seotud tuuma DNA replikatsiooniga ning mitokondriaalse DNA replikatsiooniga. ja osalevad tuuma DNA reparatsioonil. E. coli DNA polümeraas I Esimene DNA in vitro süntees viidi läbi 1957. a. Arthur Kornbergi laboris, kasutades E. coli DNA polümeraasi I. DNA polümeraasi I (Pol I) on seetõttu nimetatud ka Kornbergi ensüümiks. DNA replikatsioon toimus keskkonnas, kuhu olid lisatud desoksüribonukleosiid trifosfaadid, Mg 2+ ioonid, paljundatav DNA ja vaba 3'-OH otsaga oligonukleotiid - praimer, mis oli komplementaarne piirkonnaga matriitsina kasutavast DNA ahelast. DNA polümeraas I katalüüsis fosfodiestersideme moodustumise
blokeerunud DNA kahjustuste tõttu. Nendel ensüümidel puudub vigu korrigeeruv (proof reading) aktiivsus. Eukarüootsetes rakkudes on samuti mitmeid DNA polümeraase. Imetaja rakkudes on tuntumad 5 erinevat polümeraasi: , , , , ja . ja töötavad koos ning on seotud tuuma DNA replikatsiooniga ning mitokondriaalse DNA replikatsiooniga. ja osalevad tuuma DNA reparatsioonil. E. coli DNA polümeraas I Esimene DNA in vitro süntees viidi läbi 1957. a. Arthur Kornbergi laboris, kasutades E. coli DNA polümeraasi I. DNA polümeraasi I (Pol I) on seetõttu nimetatud ka Kornbergi ensüümiks. DNA replikatsioon toimus keskkonnas, kuhu olid lisatud desoksüribonukleosiid trifosfaadid, Mg2+ ioonid, paljundatav DNA ja vaba 3'-OH otsaga oligonukleotiid - praimer, mis oli komplementaarne piirkonnaga matriitsina kasutavast DNA ahelast. DNA polümeraas I katalüüsis fosfodiestersideme moodustumise
annaabi.ee 
