Puhaskultuuri isoleerimine. 2. Mis on puhaskultuur ja kuidas on seda võimalik saada? Puhaskultuur – kindla mikroobitüve rakkudest koosnev kultuur. Tehakse tardsöötmele lahjenduskülv (joonkülvina). 3. Mis on polüfaasiline klassifikatsioon? Tehakse kindlaks tuvastatava mikroobi fenotüübilised ja genotüübilised tunnused ja võrreldakse andmebaasis olevate tuntud tüvede omadustega. 4. Millised geenid sobivad nn molekulaarseteks kronomeetriteks? housekeeping geenid ehk siis konseveerunud järjestused. 5. Millised kulturaalsed omadused on abiks mikroobide indentifitseerimisel? Koloonia kuju, suurus, värvus, konsistents, pind, läbilõige. 6. Kuidas on võimalik testuda kultuuris liikuvust ja endospooride esinemist? Liikuvus – ripptilgas. Hugh-Leifsoni sööde/süsivesikute kasutamise põhisööde – tehakse pistekülv. Endospooride esinemine – külvatakse toitepuljongiga katseklaasi, inkubeerida 80 kraadi juures ja inkubeerida termostaadis, et spoorid idaneksid
peptiidide suhet LQC/MS abil. Võimaldab analüüsida paljude valkude sünteesi kineetikat samades rakkudes. Näide: hiire fibroplastide kultuur – globaalne geeniekspressiooni regulatsioon. mRNA ja valkude eluead ning koopiaarvud. Aminoatsüül-tRNA süntetaasid Aminoatsüül-tRNA süntetaaside jaotus kahte klassi. aaRS-id jagatakse kahte klassi (I ja II) ja kummassegi klassi kuulub 10 liiget. Klassidesse jagamise aluseks on konseveerunud ah järjestused ja iseloomulikud struktuursed motiivid. Erinevused järjestustes annavad tulemuseks aktiivsaidi erineva 3D struktuuri ja erineva tRNA ja aaRS-i molekulide stereomeetrilise seondamise. Klassid jaotakse omakorda kolme alamklassi nende homoloogia ja domäänide struktuuri alusel. Klass I süntetaaside katalüütiline sait sisaldab Rossmanni volti (beeta-paralleelne kiht). Seal leidub kaks konserveerunud järjestusmotiivi-
Need kaks piirkonda on süntetaasidega tihedas kompleksis, kusjuures ülejäänud tRNA molekul moodustab süntetaasiga vaid üksikuid kontakte (vt. joonised 9.9-9.11). Süntetaasid jaotuvad järjestuse homoloogia alusel kahte klassi. Klass 1 süntetaasidel on N-terminaalne katalüütiline domään aminohappe ja nukleotiidi sidumiseks. Sama domään sisaldab ka kaheosalist osaliselt konserveerunud järjestust mis on sarnane kõigil klass 1 süntetaasidel. Seda konseveerunud järjestust kutsutakse ka allkirjajärjestuseks (signature sequence). Nukleotiidi siduva domääni tertsiaar-struktuur on sarnane pea kõigil nukleotiidi siduvatel valkudel ja see koosneb tavaliselt 4-6 antiparalleelsest -ahelast ja 2-4 -heeliksist, mis on kihiga risti. Ülejäänud osas on klass 1 süntetaaside nii primaar- kui tertsiaar-struktuur varieeruv. Ka klass 2 süntetaasidel on katalüütilises domäänis homoloogne osa, aga see on varieeruvam kui
annaabi.ee 
