Mõõgavendade Ordu rüütlite vahel pani kiriku ehituse seisma. Alles pärast vaenupoolte vahel rahu sõlmimist aastal 1240 valmis uus kivist kirikuhoone. Tallinna Toomkirik on pühitsetud Pühale Neitsi Maarjale. 1240. aastal nimetas Taani kuningas Valdemar II kiriku Tallinna piiskopkonna peakirikuks ning Tallinna Toomkirikust sai kogu Eesti kirikute emakirik. Olenemata Tallinna ja Eestimaa isandatest on toomkirik alati olnud kirikupeade kodukirikuks. Kuni Vene ajani olid toomkiriku ülemõpetajateks piiskopid. Vene ajal kaotati piiskoppide amet ja seati sisse kindralsuperintendentide institutsioon ning Tallinna Toomkirik muutus kindralsuperintendentide kirikuks. Kindralsuperintendent oli ühtlasi ka toomkiriku ülemõpetajaks. Alates kiriku ehitamisest kuni Eesti iseseisvumiseni kuulus toomkirik saksa kogudusele ja põhilisteks liikmeteks olid kohalik aadelkond ning saksa rahvusest kaupmehed. Kuid siiski on
mehe vaidluse, kes kõik uskusid erinevatesse asjadesse ning kuulusid erinevatesse institutsioonidesse. Nad vaidlesid selle üle, milline neist uskudest on see õige ning Zadig tegi neile oma lihtsa loogikaga selgeks, et nad kõik on võrdväärsed ning et ükski kirik ega institutsioon ei saa öelda, mida inimene võib või ei või teha. See otsus kuulub ainult ühele ja ainsale Jumalale, kes on kõik loonud. Kogu see jutt käis valgustusaegsete kirikupeade pihta, keda Voltaire osavalt laimas. ,,Zadig" oli kokkuvõtvalt paljuski osas õpetav teos. Voltaire püüdis oma filosoofiaga inimeste silmi avada, andes neile mõista kõigest sellest, mis maailmas puudu oli; kõigest sellest, mis maailma kui tervikut lõhestas. Ta mitte ainult ei kritiseerinud, vaid suunas inimesi õigele mõtlemisviisile, õigeid teadmisi omandama ning loomulikult ka vooruslikkusele. Justnimelt
1219. aastal kui taanlased saabusid Taanist Tallinna dominikaani mungad, kelle eesmärgiks oli Toompeale rajada uus klooster. Dominikaani mungad alustasid praeguse Toomkiriku kohale kivist klooster-kiriku ehitamist, kuid konflikt Taani kuninga vasallide ning Mõõgavendade Ordu rüütlite vahel pani kiriku ehituse seisma. Alles pärast vaenupoolte vahel rahu sõlmimist valmis uus kivist kirikuhoone. Olenemata Eestimaa ja Taani isandatest on Tallinna Toomkirik alati olnud kirikupeade kodukirikuks. Kuni vene ajani olid Toomkiriku ülemõpetajateks piiskopid. Vene ajal kaotati piiskoppide amet ja seati sisse kindral- superintendentide institutsioon ning seega muutus Toomkirik ka kindralsuperintendentide kirikuks. Kindralsuperintendent oli ühtlasi ka Toomkiriku ülemõpetajaks. Kiriku ehitamisest alates kuni Eesti iseseisvumiseni kuulus Toomkirik saksa kogudusele ning põhilisteks liikmeteks olid kohalik aadelkond ning saksa rahvusest kaupmehed. Siiski koguduse ajaloo
mängib ka Rooma autoriteet. Ka 381. a sinod on oluline, sest seal kinnitati üle, et metropoliitide ametitegevus peab piirduma nende oma kirikuga, mis justkui tähendaks, et Läänel puudub autoriteet kogu kiriku üle. Täpsustati ka spetsiifilisi otsuseid, nt et väljaspool oma kirikuid ei tohi ordineerida vaimulikke, mis signaliseerib seda, et ametipiirkonnad on olulised ja nende lõikes kehtivad kirikupeade volitused, mitte väljaspool neid. Konstantinoopolis võeti vastu n.ö Konstantinoopoli eristaatust käsitlev kaanon, kus Konstantinoopoli piiskop peab saama oma austuse ja eelistuse Rooma piiskopi eeskujul, ehk kinnitatakse, et Konstantinoopol on uus Rooma. Ida alade struktuur ei jää tegelikult toetuma sellele, et iga kirik on iseseisev, sest 451. a kontsiil Halkedonis otsustab, et Konstantinoopoli kiriku eriõigus on teostada kirikus
annaabi.ee 
